Відкрита рамка зчитування

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до: навігація, пошук

Відкрита рамка зчитування або ORF (від англ. open reading frame) — фрагмент геному організмів, який містить нуклеотидну послідовність, що потенційно могла би транслюватися в білок. Початок і кінець ORF не еквівалентні до кінців мРНК, але вони зазвичай містяться в межах мРНК. У гені, ORF розміщуються між кодом початку трансляції (старт-кодоном) і кодом зупинки (стоп-кодоном).

ORF зазвичай можна знайти, аналізуючи нуклеотидну послідовність ДНК (визначену за допомогою секвенування) у пошуках генів. У організмів, у яких генетична інформація міститься в дволанцюжковій ДНК, її послідовність може зчитуватися в шести рамках зчитування. Щонайдовша послідовність без стоп-кодонів зазвичай визначає ORF. Оскільки старт-кодони і генетичний код дещо відрізняються у різних організмів, при автоматичному визначенні ORF застосовуються алгоритми, що враховують ці відмінності і передбачають ORF у всіх можливих рамках зчитування. Проте, необхідність додаткових властивостей послідовості та регуляція транскрипції приводять до того, що не всі ORF є частинами генів. Існування довгої ORF є хорошим індикатором наявності гену, який транслюється рибосомами в білок, хоча у еукаріотів кодуюча послідовність (екзони) зазвичай переривається некодуючою (інтронами). Короткі, від декількох кодонів до декількох десятків кодонів, ORF можуть знаходитися поза послідовністю генів. Зазвичай такі короткі ORF не кодують функціональних білків.

Посилання[ред.ред. код]

  • Translation and Open Reading Frames — Пояснення відкритих рамок зчитування(англ.)
  • NCBI ORF finder — Інтерактивний веб-інструмент для передбачення ORF у нуклеотидних послідовностях (на сайті NCBI).(англ.)
  • ORF finder — Інтерактивний веб-інструмент для передбачення ORF у нуклеотидних послідовностях (на сайті bioinformatics.org).(англ.)
  • StarORF - Для мобільних платформ, Java основі GUI інструмент для прогнозування та аналізу ДСБ та отримання зворотного послідовності додатки. (англ.)
Сахарин Це незавершена стаття з молекулярної біології.
Ви можете допомогти проекту, виправивши або дописавши її.