Метагеноміка

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до: навігація, пошук

Метагеноміка (екологічна геноміка, метагеномний аналіз) — геномний аналіз ДНК організмів, виділеної безпосередньо з природних угрупувань, що не потребує ізоляції і культивування окремих різновидів. Восновному метагеномний аналіз використовується для дослідження прокаріот та їхніх спільнот, інколи вірусів, значно рідше еукаріот.


Історія виникнення метагеноміки[ред.ред. код]

  • Norman R. Pace — ПЛР вивчення різноманітності 16S рДНК бактерій в пробах навколишнього середовища.
  • 1985 р. Norman R. Pace — Ідея прямого клонування ДНК з природного середовища.
  • 1991р. Norman R. Pace — Перший аналіз 16S рДНК угрупування морського пікопланктону шляхом клонування у фаговий вектор і секвенування.
  • 1995р. Healy, F. G — Виділення функціонально активних генів з сконструйованої метагеномної бібліотеки.
  • 1996р. E. F. DeLong — Започаткування створення метагеномних бібліотек 16S рДНК морських прокаріотів.
  • 1998р. Jo Handelsman — Перші успішні конструювання бібліотек з ґрунтової ДНК. Впровадження терміну «метагеноміка».

Завдання метагеномного аналізу[ред.ред. код]

  • Дослідження некультивованих видів (99 % видів бактерій)
  • Філогенетичні зміни
  • Аналіз зміни метаболізму
  • Аналіз структури мікроорганізмених екосистем, симбіотичних взаємовідносин
  • Аналіз функцій спільноти
  • Пошук нових генів і молекул

Функціональна метагеноміка[ред.ред. код]

метод метагеномного аналізу, який базується на визначенні клонів, що експресуються. Принцип функціонального якоря дозволяє ідентифікувати гени чию функцію неможливо визначити на основі послідовності ДНК

  • Ідентифікація клонів, що проявляють відомі функції
  • Характеристика генів відповідальних за функції
  • Секвенування активних клонів і визначення філогенетичного функціонального і геномного контексту для функціональних генів


Методи метагеномного аналізу[ред.ред. код]

Традиційний метод[ред.ред. код]

Секвенування за Сенгером найпоширеніший спосіб в наш час.

Вектори що використовуються для метагеномного аналізу:

Нові методи[ред.ред. код]

Нові методи секвенування, є дуже перспективними, вони швидко поширюються. Для них характерним є висока швидкість зчитування послідовності ДНК, і відсутність векторів.