Наноархеоти

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до: навігація, пошук

Наноархеоти (лат. Nanoarchaeota) — четвертий тип в домені Археї[1]. Відкритий в 2002 рік у[2].

Єдиний відомий на сьогодні вид — Nanoarchaeum equitans. Його представники можуть розвиватися тільки сукупно з археями роду Ignicoccus (що належить до типу Crenarchaeota), це є унікальне явище для архей. На одній клітці Ignicoccus селиться від 2 до 4 клітин Nanoarchaeum equitans, діаметр яких 0,35-0,50 мкм. У місці контакту клітин прикріпних структур не виявлено. Відділення Nanoarchaeum equitans від клітинIgnicoccusможе бути викликано м'яким впливом ультразвуку. При спільному культивуванні в штучних умовах на пізній експоненційної фазі росту спостерігалося самостійне відділення близько 80% клітин Nanoarchaeum equitans від Ignicoccus.
Метаболізм Nanoarchaeum equitans поки не відомий. Вони не розмножуються у відсутності живих клітин Ignicoccus. Nanoarchaeum equitansсуворі анаероби. Температура, при якій живуть ці археї становить 90 °C.
Їх геном відсеквентований і становить 490 885 пар основ. Це один з найменших клітинних геномів, який поки що вдалося знайти (менший геном у ендосімбіотіческой бактерії Carsonella). У Nanoarchaeum equitans залишилися тільки гени, що відповідають за біосинтез білка, реплікацію, транскрипцію і трансляцію, 95% геному кодує білки.
Nanoarchaeum equitans не можуть синтезувати ліпіди, нуклеотиди і амінокислоти, отримуючи їх від Ignicoccus. Можливо, вони також залежать від енергетичного метаболізму господаря. Швидкість зростання Ignicoccus у чистій культурі і змішаній культурі при невисокій чисельності Nanoarchaeum equitans не розрізняється, але дуже велике число наноархей (кілька на кожну клітину господаря) пригнічує розвиток Ignicoccus. У зв'язку з цим Nanoarchaeum equitans можна розглядати як паразитів, що робить їх єдиними відомими паразитами серед архей.[3]
Nanoarchaeum equitans, виділені з гарячих сірчаних джерел Серединно-Атлантичного хребта на глибині 106 метрів. Пізніше 16s рРНК наноархей з послідовностями, схожими на Nanoarchaeum equitans, виявили в Тихому океані, в гейзерах Йєллоустоуна і Камчатки. Методом FISH встановлено, що всі Nanoarchaeota прикріплюються до клітин інших архей.

Примітки[ред.ред. код]

  1. Див NCBI Nanoarchaeota. «NCBI taxonomy resources». National Center for Biotechnology Information. Процитовано 2008-01-28. 
  2. H. Huber,et al.(2002) «A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont»,Nature , 417: 63-7. PubMed entry: [1]
  3. E. Waters, et al. (2003) «The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism», PNAS, 100: 12984-8 .

Література[ред.ред. код]

  • Hohn MJ, Hedlund BP, Huber H Detection of 16S rDNA sequences representing the novel phylum 'Nanoarchaeota': indication for a wide distribution in high temperature biotopes // Syst. Appl. Microbiol.. — 25 (2002) (4) С. 551–554. DOI:10.1078/07232020260517698. PMID 12583716.
  • Huber H, Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont // Nature. — 417 (2002) (6884) С. 63–67. DOI:10.1038/417063a. PMID 11986665.
  • Stackebrandt E, Frederiksen W, Garrity GM, Grimont PA, Kampfer P, Maiden MC, Nesme X, Rossello-Mora R, Swings J, Truper HG, Vauterin L, Ward AC, Whitman WB Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 52 (2002) (Pt 3) С. 1043–1047. DOI:10.1099/ijs.0.02360-0. PMID 12054223.
  • Christensen H, Bisgaard M, Frederiksen W, Mutters R, Kuhnert P, Olsen JE Is characterization of a single isolate sufficient for valid publication of a new genus or species? Proposal to modify recommendation 30b of the Bacteriological Code (1990 Revision) // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 51 (2001) (Pt 6) С. 2221–2225. PMID 11760965.
  • Gurtler V, Mayall BC Genomic approaches to typing, taxonomy and evolution of bacterial isolates // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 51 (2001) (Pt 1) С. 3–16. PMID 11211268.
  • Dalevi D, Hugenholtz P, Blackall LL A multiple-outgroup approach to resolving division-level phylogenetic relationships using 16S rDNA data // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 51 (2001) (Pt 2) С. 385–391. PMID 11321083.
  • Keswani J, Whitman WB Relationship of 16S rRNA sequence similarity to DNA hybridization in prokaryotes // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 51 (2001) (Pt 2) С. 667–678. PMID 11321113.
  • Young JM Implications of alternative classifications and horizontal gene transfer for bacterial taxonomy // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 51 (2001) (Pt 3) С. 945–953. PMID 11411719.
  • Christensen H, Angen O, Mutters R, Olsen JE, Bisgaard M DNA-DNA hybridization determined in micro-wells using covalent attachment of DNA // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 50 (2000) С. 1095–1102. PMID 10843050.
  • Xu HX, Kawamura Y, Li N, Zhao L, Li TM, Li ZY, Shu S, Ezaki T A rapid method for determining the G+C content of bacterial chromosomes by monitoring fluorescence intensity during DNA denaturation in a capillary tube // Int. J. Syst.Evol. Microbiol.. — 50 (2000) С. 1463–1469. PMID 10939651.
  • Young JM Suggestions for avoiding on-going confusion from the Bacteriological Code // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 50 (2000) С. 1687–1689. PMID 10939677.
  • Hansmann S, Martin W Phylogeny of 33 ribosomal and six other proteins encoded in an ancient gene cluster that is conserved across prokaryotic genomes: influence of excluding poorly alignable sites from analysis // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.. — 50 (2000) С. 1655–1663. PMID 10939673.
  • Tindall BJ Proposal to change the Rule governing the designation of type strains deposited under culture collection numbers allocated for patent purposes // Int. J. Syst. Bacteriol.. — 49 (1999) С. 1317–1319. DOI:10.1099/00207713-49-3-1317. PMID 10490293.
  • Tindall BJ Proposal to change Rule 18a, Rule 18f and Rule 30 to limit the retroactive consequences of changes accepted by the ICSB // Int. J. Syst. Bacteriol.. — 49 (1999) С. 1321–1322. DOI:10.1099/00207713-49-3-1321. PMID 10425797.
  • Tindall BJ Proposals to update and make changes to the Bacteriological Code // Int. J. Syst. Bacteriol.. — 49 (1999) С. 1309–1312. DOI:10.1099/00207713-49-3-1309. PMID 10425795.
  • Palys T, Nakamura LK, Cohan FM Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: the role of DNA sequence data // Int. J. Syst. Bacteriol.. — 47 (1997) (4) С. 1145–1156. DOI:10.1099/00207713-47-4-1145. PMID 9336922.
  • Euzeby JP List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a folder available on the Internet // Int. J. Syst. Bacteriol.. — 47 (1997) (2) С. 590–592. DOI:10.1099/00207713-47-2-590. PMID 9103655.
  • Clayton RA, Sutton G, Hinkle PS Jr, Bult C, Fields C Intraspecific variation in small-subunit rRNA sequences in GenBank: why single sequences may not adequately represent prokaryotic taxa // Int. J. Syst. Bacteriol.. — 45 (1995) (3) С. 595–599. DOI:10.1099/00207713-45-3-595. PMID 8590690.
  • Murray RG, Schleifer KH Taxonomic notes: a proposal for recording the properties of putative taxa of procaryotes // Int. J. Syst. Bacteriol.. — 44 (1994) (1) С. 174–176. DOI:10.1099/00207713-44-1-174. PMID 8123559.
  • Winker S, Woese CR A definition of the domains Archaea, Bacteria and Eucarya in terms of small subunit ribosomal RNA characteristics // Syst. Appl. Microbiol.. — 14 (1991) (4) С. 305–310. PMID 11540071.
  • Woese CR, Kandler O, Wheelis ML Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 87 (1990) (12) С. 4576–4579. DOI:10.1073/pnas.87.12.4576. PMID 2112744.
  • Achenbach-Richter L, Woese CR The ribosomal gene spacer region in archaebacteria // Syst. Appl. Microbiol.. — 10 (1988) С. 211–214. PMID 11542149.
  • McGill TJ, Jurka J, Sobieski JM, Pickett MH, Woese CR, Fox GE Characteristic archaebacterial 16S rRNA oligonucleotides // Syst. Appl. Microbiol.. — 7 (1986) С. 194–197. PMID 11542064.
  • Woese CR, Olsen GJ The phylogenetic relationships of three sulfur dependent archaebacteria // Syst. Appl. Microbiol.. — 5 (1984) С. 97–105. PMID 11541975.
  • Woese CR, Fox GE Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. — 74 (1977) (11) С. 5088–5090. DOI:10.1073/pnas.74.11.5088. PMID 270744.