РНК-полімераза
РНК-полімераза — фермент, що здійснює синтез молекул РНК. У вузькому сенсі, РНК-полімеразою зазвичай назвають ДНК-залежні РНК-полімерази, що здійснюють синтез молекул РНК на матриці ДНК, тобто здійснюють транскрипцію. Ферменти класу РНК-полімераз дуже важливі для функціювання клітини, тому вони є у всіх організмах і в багатьох вірусах. Хімічно РНК-полімерази є нуклеотиділ-трансферазами, що полімеризують рибонуклеотиди на 3'-кінці ланцюжка РНК.
Зміст |
Історія дослідження [ред.]
РНК-полімераза була відкрита незалежно Семом Вайссом і Джерардом Хурвіцем в 1960 році[1]. До цього моменту Нобелівська премія з фізіології і медицини в 1959 році вже була присуджена Северо Очоа і Артуру Корнбергу за відкриття речовини, яку вважали РНК-полімеразою[2], що згодом виявилася рибонуклеазою.
Нобелівська премія з хімії в 2006 році була присуджена Роджеру Корнбергу за отримання точних зображень молекул РНК-полімерази в різні моменти процесу транскрипції[3].
Керування транскрипцією [ред.]
Керування процесом транскрипції генів дозволяє контролювати експресію генів і таким чином дозволяє клітині адаптуватися до змін умов зовнішнього середовища, підтримувати метаболічні процеси на належному рівні, а також виконувати специфічні функції, необхідні для існування організму. Не дивно, що дія РНК-полімерази дуже складна і залежить від безлічі факторів (так, у Escherichia coli ідентифіковано більше 100 факторів, що тим або іншим способом впливають на РНК-полімеразу[4]).
РНК-полімераза починає транскрипцію з особливих ділянок ДНК, які називаються промоторами, і синтезує ланцюжок РНК, комплементарний відповідній частині ланцюга ДНК.
Процес нарощування молекули РНК нуклеотидами називається елонгацією. У еукаріотичних клітинах РНК-полімераза може збирати ланцюжки довжиною більше 2,4 млн. елементів (наприклад, таку довжину має повний ген білка дістрофіну).
РНК-полімераза завершує формування ланцюжка РНК, коли зустрічає в ДНК специфічну послідовність, що називається термінатором.
РНК-полімераза синтезує такі типи РНК:
- Матрична РНК (мРНК) — шаблон для синтезу білків в рибосомах.
- Некодуюча РНК або «РНК-ген» — великий клас генів, що кодують РНК, на яких не може бути побудовано білок. Найвідоміші представники цього класу — транспортна РНК (тРНК) і рибосомна РНК (рРНК), що самі беруть участь в процесі синтезу білка. Проте, починаючи з пізніх 90-х років 20 століття було виявлено багато інших РНК-генів. Це дало можливість припустити, що РНК-гени відіграють значнішу роль в клітці, ніж вважалось раніше.
- Транспортна РНК (тРНК), що переносить амінокислоти до білкового ланцюжка, що росте на рибосомі, під час процесу трансляції.
- Рибосомна РНК (рРНК), що входить до складу рибосоми;
- МікроРНК, що регулює активність генів;
- Каталітична РНК, що має властивості ферментів.
РНК-полімераза здійснює синтез з нуля. Це можливо внаслідок того, що взаємодія початкового нуклеотиду гена і РНК-полімерази дозволяє їй закріпитися на ланцюжку і приєднатись до наступних нуклеотидів. Це частково пояснює, чому РНК-полімераза зазвичай починає транксріпцию з аденіну, за яким слідує гуанін, урацил і потім цитозин. На відміну від ДНК-полімерази РНК-полімеразі притаманна також геліказна активність, що не потребує додаткових ферментів для розкручування спіралі ДНК.
Дія РНК-полімерази [ред.]
Зв'язування і ініціація транскрипції [ред.]
В зв'язуванні РНК-полімерази бере участь α-субодиниця, що розпізнає елемент ДНК, який передує гену (-40…-70 кроків), і σ-фактор, ділянка, що розпізнає елемент на позиціях −10…-35. Існує велика кількість σ-факторов, які контролюють експресію генів. Наприклад: σ70, який синтезується в нормальних умовах і дозволяє РНК-полімеразі зв'язуватися з генами, що відповідають за метаболічні процеси клітини; або σ32, що блокує зв'язування РНК-полімерази з генами білків теплового шоку.
Після зв'язування з ДНК, структура РНК-полімерази перетворюється із закритої у відкриту. Це перетворення включає розділення моноспіралей ДНК з утворенням розкрученої ділянки довжиною близько 13 нуклеотидів. Рибонуклеотиди потім збираються в ланцюжок відповідно до базового ланцюгу ДНК, яка використовується як шаблон. Суперскрученість молекул ДНК відіграє важливу роль в активності РНК-полімерази: оскільки ділянка ДНК перед РНК-полімеразою розкручена, в ній існують позитивні компенсаційні супервитки. Ділянки ДНК позаду РНК-полімерази знову закручуються і в них присутні негативні супервитки.
Елонгація [ред.]
Під час елонгаційної фази транскрипції відбувається додавання рибонуклеотидів до ланцюжка і перехід структури РНК-полімеразного комплексу від відкритої до транскрипційної. По мірі збірки молекули РНК, ділянка ДНК перед РНК-полімеразою розкручується далі, і 13-парний відкритий комплекс перетворюється на 17-парний комплекс транскрипції. У цей момент промотор (ділянка ДНК −10…-35 нуклеотидів) завершується, і σ-фактор відділяється від РНК-полімерази. Це дозволяє РНК-полімеразному комплексу почати рух вперед, оскільки σ-фактор утримував його на місці.
17-парний комплекс транскрипції містить гібрид ДНК і РНК, що містить 8 пар нуклеотидів — 8-крокову ділянку РНК, сполучену з шаблонним ланцюжком ДНК. По мірі виконання транскрипції, рибонуклеотиди додаються до 3'-кінця збираної РНК, і РНК-полімеразний комплекс рухається ланцюжком ДНК. Хоча в РНК-полімеразі не виявлено властивостей, характерних для 3'-екзонуклеази, аналогічних перевірочній діяльності ДНК-полімерази, є свідоцтва того, що деякі РНК-полімерази зупиняються і коректують помилки у випадках помилкового формування пар нуклеотидів ДНК-РНК.
Додавання рибонуклеотидів до РНК має механізм, дуже близький до полімеризації ДНК. Вважається, що ДНК- і РНК-полімерази можуть бути еволюційно пов'язані. Аспарагінові залишки в РНК-полімеразі зв'язуються з іонами Mg2+, які, у свою чергу, здійснюють вирівнювання фосфатних груп рибонуклеотидів: перший Mg2+ утримує α-фосфат нуклеотидтрифосфату, що підлягає додаванню в ланцюжок. Це дозволяє здійснити зв'язування нуклеотида з 3' OH-групою кінця збираного ланцюжка і таким чином додати НТФ в ланцюжок. Другий Mg2+ утримує пірофосфат НТФ. Загальне рівняння реакції таким чином має вигляд:
(НМФ)n + НТФ --> (НМФ)n+1 + ПФi
Термінація [ред.]
Термінація транскрипції РНК може бути ρ-незалежною або ρ-залежною.
ρ-незалежна термінація здійснюється без допомоги ρ-фактора. Транскрипція паліндромної ділянки ДНК призводить до формування шпильки з РНК, яка зациклена і зв'язана сама на себе. Ця шпилька багата на гуанін і цитозин, що робить її стабільнішою, ніж гібрид ДНК-РНК. В результаті 8-парний гібрид ДНК-РНК в комплексі транскрипції скорочується до 4-парного. У випадку, якщо ці 4 останніх пари нуклеотидів ссформовані слабкими аденіном і урідином, молекула РНК відділяється. [5].
Бактеріальна РНК-полімераза [ред.]
У бактерій один і той самий фермент каталізує синтез трьох типів РНК: мРНК, рРНК і тРНК.
РНК-полімераза — чимала молекула. Основний фермент містить 5 субодиниць (~400 кДа):
- α2: дві α-субодиниці зв'язують решту елементів ферменту і розпізнають регулюючі чинники. Кожна субодиниця складається з двох доменів: αСКД (С-кінцевий домен) зв'язує перший елемент промотора, і αNКД (N-кінцевий домен) зв'язується з рештою компонентів полімерази.
- β: ця субодиниця має власне полімеразну дію, тобто каталізує синтез РНК. Вона здійснює ініціацію процесу і керує елонгацією.
- β': неспецифічно зв'язується з ДНК.
- ω: відновлює денатуровану РНК-полімеразу назад в дієздатну форму in vitro. Також виявлено її захисна/шаперонна дія на β'-субодиницю у Mycobacterium smegmatis.
Для зв'язування з промоторними областями ДНК, основний фермент потребує ще одну субодиницю — сігма (σ). Сігма-фактор значно знижує спорідненість РНК-полімерази до неспецифічних областей ДНК, і в той же час підвищує її чутливість до певних промоторів, залежно від своєї структури. З його допомогою транскрипція починається з потрібної ділянки ДНК.
Повний голофермент таким чином складається з 6 субодиниць: α2ββ'σω (~480 кДа).
У структурі РНК-полімерази присутня канавка 55 Å завдовжки (5,5 нм) і 25 Å завширшки (2,5 нм). Саме у цю канавку поміщається подвійна спіраль ДНК, що має ширину 20 Å (2 нм). На довжині канавки укладається 16 нуклеотидів.
Молекули РНК-полімерази не плавають вільно в цитоплазмі. Коли РНК-полімераза не використовується, вона зв'язується з неспецифічними областями ДНК в очікуванні відкриття активного промотора.
Транскрипційні кофактори [ред.]
Існують білки, що зв'язуються з РНК-полімеразою і впливають на її поведінку. Наприклад greA і greB з E. coli підсилюють здатність РНК-полімерази розщіпляти шаблон РНК з кінця ланцюжка, що росте. Таке розщеплення може «врятувати» застряглу молекулу РНК-полімерази, а також, ймовірно, бере участь в усуненні помилок збірки ланцюга РНК.
Окремий кофактор Mfd задіяний в транскрипційному відновленні ДНК. Під час цього процесу РНК-полімераза виявляє пошкоджені ділянки ДНК і привертає інші ферменти для її відновлення.
Багато інших кофакторів мають регулюючий вплив, примушуючи РНК-полімеразу експресувати або не експресувати певні гени.
РНК-полімераза в еукаріотичних клітинах [ред.]
Еукаріоти мають різні типи РНК-полімераз, що класифікуються за типами РНК, які вони синтезують:
- РНК-полімераза I, що синтезує 45S-попередника рРНК, що перетворюється потім на рРНК 28S, 18S і 5,8S, які вже утворюють головні РНК-секції рибосоми[6].
- РНК-полімераза II, що синтезує попередників для мРНК, а також для більшості мяРНК і міРНК[7]. Це найкраще вивчений тип РНК-полімерази. З огляду на те, що транскрипція повинна відбуватися під строгим контролем, РНК-полімеразі II для зв'язування з промоторами потрібний цілий набір факторів транскрипції.
- РНК-полімераза III, що синтезує тРНК, 5S рРНК та інші малі РНК, присутня в ядрі і цитозолі[8].
Існують також і інші типи РНК-полімерази, що використовуються в мітохондріях і хлоропластах.
РНК-полімераза у архей [ред.]
Археї використовують один вид РНК-полімерази, який проте дуже схожий на три основні типи РНК-полімераз у еукаріотів. Деякі вчені припускають, що архейна РНК-полімераза в певному наближенні може бути еволюційним предком спеціалізованих еукаріотичних полімераз[9].
РНК-полімераза у вірусів [ред.]
Багато вірусів містять РНК-полімеразу. Мабуть, найкраще вивчена вірусна РНК-полімераза бактеріофагу Т7. Ця РНК-полімераза, що складається з однієї субодиниці, схожа на мітохондріальну і хлоропластну, а також на ДНК-полімеразу[10].
Вважається, що більшість вірусних полімераз походять від ДНК-полімерази, а не від складних багатокомпонентних РНК-полімераз.
Вірусні полімерази дуже різноманітні. Деякі з них можуть використовувати як шаблон РНК, а не ДНК, як, наприклад, у вірусів з дволанцюжковою РНК або з одноланцюжковою РНК зі зворотною послідовністю. Деякі віруси з одноланцюжковою РНК з прямою послідовністю також містять РНК-залежні РНК-полімерази[11].
Функціональні області [ред.]
C'-кінцевий домен РНК-полімерази [ред.]
Ініціювання транскрипції [ред.]
Домен, розташований на карбоксильному кінці РНК-полімерази II здійснює ініціацію транскрипції ДНК. C'-кінцевий домен зазвичай складається з порядка 52 повторення послідовності Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser[12].
Фактор транскрипції TFIIH, що є кіназою, гіперфосфорилюрує C'-кінцевий домен РНК-полімерази, тим самим примушуючи полімеразний комплекс почати рух від місця ініціації транскрипції.
5'-кеппінг [ред.]
Домен карбоксильного кінця також явялєтся місцем зв'язування з комплексом кеп-синтезу і кеп-зв'язування. У еукаріотів після збірки 5'-кінця РНК, кеп-синтезуючий комлекс відщеплює гамма-фосфат від 5'-фосфата і приєднує до нього гуанозинмонофосфат з утворенням 5',5'-трифосфатного зв'язку. Синтезуючий комплекс потім відділяється і шапочка з ГТФ зв'язується з кеп-зв'язуючим комплексом, який у свою чергу зв'язаний з C'-кінцевим доменом РНК-полімерази. Шапочка на 5'-кінці еукаріотичних РНК важлива для зв'язування молекул РНК з рибосомами або з РНК-полімеразою, а також запобігає руйнуванню РНК.
Сплайсосома [ред.]
Вуглекисло-кінцевий домен РНК-полімерази також є областю зв'язування з сплайсосомними факторами, що беруть участь в процесі сплайсингу РНК. Ці фактори сприяють здійсненню сплайсинга і видалення інтронів в процесі транскрипції РНК.
Мутація в C'-кінцевому домені [ред.]
Проведено ряд досліджень поведінки РНК-полімерази при видаленні визначених амінокислот з її C'-кінцевого домену. Показано, що мутації усікання C'-кінцевого домену РНК-полімерази II впливають на її здатність починати транскрипцію набору генів in vivo, знижуючи чутливість до активаційних послідовностей цих генів.
Очищення РНК-полімерази [ред.]
РНК-полімераза може бути виділена такими способами:
- На фосфоцелюлозній колонці[13].
- За допомогою гліцеринового градієнтного центрифугування[14].
- З використанням колонки ДНК.
- На іонообмінній колонці[15].
А також комбінаціями вищезгаданих методів.
Див. також [ред.]
Примітки [ред.]
- ↑ Jerard Hurwitz The Discovery of RNA Polymerase // Journal of Biological Chemistry. — Т. 280. — (Dec 2005) (52) С. 42477-85. DOI:10.1074/jbc.X500006200. PMID .
- ↑ Nobel Prize 1959
- ↑ Nobel Prize in Chemistry 2006
- ↑ Akira Ishihama Functional modulation of Escherichia coli RNA polymerase Т. 54. — (2000) С. 499-518. PMID .
- ↑ Farnham PJ, Platt T. Rho-independent termination: dyad symmetry in DNA causes RNA polymerase to pause during transcription in vitro // Nucleic Acids Res.. — Т. 9. — (Feb 1981) (3) С. 563-77. PMID .
- ↑ Grummt I. Regulation of mammalian ribosomal gene transcription by RNA polymerase I. // Prog Nucleic Acid Res Mol Biol.. — Т. 62. — (1999) С. 109-54. PMID .
- ↑ Lee Y, Kim M; Han J; Yeom KH; Lee S; Baek SH; Kim VN. MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II // EMBO J.. — Т. 23. — (Oct 2004) (20) С. 4051-60. PMID .
- ↑ Willis IM. RNA polymerase III. Genes, factors and transcriptional specificity // Eur J Biochem.. — Т. 212. — (Feb 1993) (1) С. 1-11. PMID .
- ↑ D Langer, J Hain, P Thuriaux and W Zillig (1995) Transcription in Archaea: Similarity to that in Eucarya PNAS 92 5768-5772
- ↑ Hedtke et al. (1997) Mitochondrial and chloroplast phage-type RNA polymerases in Arabidopsis. Science 227 809—811
- ↑ Paul Ahlquist (2002) RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing. Science 296 1270—1273
- ↑ Anton Meinhart1, Patrick Cramer Recognition of RNA polymerase II carboxy-terminal domain by 3-RNA-processing factors // Nature. — Т. 430. — (Jul 2004) (6996) С. 223-226. DOI:10.1038/nature02679. PMID .
- ↑ Kelly JL, Lehman IR. Yeast mitochondrial RNA polymerase. Purification and properties of the catalytic subunit. // J Biol Chem.. — Т. 261. — (Aug 1986) (22) С. 10340-7. PMID .
- ↑ Honda A et al Purification and molecular structure of RNA polymerase from influenza virus A/PR8. // J Biochem (Tokyo). — Т. 107. — (Apr 1990) (4) С. 624-8. PMID .
- ↑ Hager et al. (1990) Use of Mono Q High-Resolution Ion-Exchange Chromatography To Obtain Highly Pure and Active Escherichia coli RNA Polymerase Biochemistry 29 7890-7894
- Lehninger Principles of Biochemistry, 4th edition, David L. Nelson & Michael M. Cox
Посилання [ред.]
- DNAi — DNA Interactive: інформація и Flash-роліки про РНК-полімеразу.
