Вихованець футбольної школи клубу «Трієстина». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 1952 року в основній команді того ж клубу, в якій провів два сезони, взявши участь у 32 матчах чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Мілан», до складу якого приєднався 1954 року. Відіграв за «россонері» наступні дванадцять сезонів своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Мілана», був основним гравцем захисту команди. За цей час чотири рази виборював титул чемпіона Італії, ставав володарем Кубка чемпіонів УЄФА.
Завершив професійну ігрову кар'єру у клубі «Торіно», за команду якого виступав в сезоні 1966–67.
1958 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Італії. Протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 6 років, провів у формі головної команди країни 22 матчі. У складі збірної був учасником чемпіонату світу 1962 року у Чилі.
Розпочав тренерську кар'єру, повернувшись до футболу після невеликої перерви, 1972 року, очоливши тренерський штаб клубу «Мілан», в якому пройшли найкращі роки його ігрової кар'єри. Надалі, протягом 1974—1980 років, очолював команди клубів «Фоджа», «Тернана» та «Парма».
Успіхи тренера на молодіжному рівні сприяли його запрошенню на позицію головного тренера національної збірної Італії, тренерський штаб якої він очолив 1996 року. Під керівництвом Чезаре Мальдіні «скуадра адзура» пройшла відбірковий турнір до
чемпіонату світу 1998, у фінальній частині змагання впевнено подолала груповий етап, а в 1/8 фіналу мінімально обіграла збірну Норвегії (1:0). У чвертьфіналі італійцям протистояли господарі турніру, збірна Франції. В основний і додатковий час зустрічі голів забито не було, а в серії післяматчевих пенальті сильнішими виявилися французи, які згодом й стали переможцями світової першості. Після турніру головного тренера італійської збірної жорстко розкритикували у ЗМІ за занадто оборонний футбол, і він був змушений подати у відставку.
У 2001 році, Мальдіні на нетривалий час повертався на тренерський місток «Мілана», а згодом, того ж року, прийняв пропозицію очолити національну збірну Парагваю, яка на той час успішно подолала кваліфікацію до чемпіонату світу 2002 і готувалася до цього турніру. На світовій першості 2002 року став найстарішим тренером турніру (70 років). Привів південноамериканців до другого місця в групі, на стадії плей-оф парагвайцям протистояли майбутні фіналісти першості, збірна Німеччини. Команда Мальдіні поступилася лише завдяки єдиному голу, пропущеному на 89-й хвилині матчу.
Збірна Парагваю стала останньою командою у тренерській кар'єрі Чезаре Мальдіні. Згодом він працював скаутом у клубній системі «Мілана», спортивним оглядачем на супутниковому телебаченні.
Італія
Чемпіон Італії (4):
Володар Кубка чемпіонів УЄФА (1):.png){kind=small}
Італія U-21: 1992, 1994, 1996
