PubMed

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до: навігація, пошук
PubMed
US-NLM-PubMed-Logo.svg
URL www.pubmed.gov
Комерційний Ні
Реєстрація по вибору
Мова Англійська
Започатковано 1996

PubMed — електронна база даних медичних і біологічних публікацій, в якій викладені абстракти публікацій англійською мовою; PubMed створено на основі розділу «біотехнологія» Національної медичної бібліотеки США (NLM)[1]. База даних була розроблена Національним центром біотехнологічної інформації (NCBI). PubMed є безкоштовною версією бази даних MEDLINE. PubMed вперше був представлений в січні 1996 року[2]

Вміст[ред.ред. код]

Крім даних з MEDLINE, PubMed надає доступ до:

  • старіших посилань з друкованих версій Index Medicus з 1951 року і раніше;
  • посилання на деякі журнали, перш ніж вони були проіндексовані в Index Medicus і MEDLINE, наприклад, Science, BMJ, і Annals of Surgery;
  • дуже свіжі записи статей, перш ніж вона індексуються у Medical Subject Headings (MeSH) і додаються в MEDLINE;
  • колекція доступних повнотекстових книг та інші дані NLM[3]

Багато абстрактів в PubMed містять посилання на повні тексти статей, і деякі з яких знаходяться у вільному доступі, часто в PubMed Central[4] і місцевих дзеркал, таких як UK PubMed Central.[5]

Інформація про журнали, що індексуються в PubMed, знаходиться в NLM Catalog[6]

Станом на 14 квітня 2012 року PubMed має більш 21,70 мільйонів записів, починаючи з 1966 року, і вибірково навіть із 1865 року, і дуже вибірково — з 1809; кожного року додаються близько 500000 нових записів. 12,38 мільйонів з цих статей наведено з резюме, а також 12,81 млн статтей мають посилання на повний текст (у тому числі 3540000 статті доступні повнотекстово, безкоштовно для будь-якого користувача). Щоб побачити поточний розмір бази даних, введіть «1800:2100[dp]» чи «all[sb]» у вікні пошуку PubMed[7]

База даних доступна через двигун NCBI-Entrez — центральну пошукову систему найважливіших медичних баз даних, що включає також OMIM, PubChem та інші. Кожна стаття є проіндексована в системі медичних предметних рубрик.

PubMed документує медичні та біологічні статті із спеціальної літератури, а також дає посилання на повнотекстові статті.

PubMed надає безкоштовний доступ до статей в базі даних MEDLINE і також до деяких журнальні статей, що не відносяться до неї. PubMed також забезпечує доступ до тематичних веб-сайтів, та інших проектів NCBI. У PubMed, в основному, публікуються реферати статей, документів. У кожній статті присутнє посилання на журнал видавництва, в якому з'явилася стаття — там, де в деяких випадках можна отримати і повну версію, — а іноді і до проекту PubMed Central, де вона знаходиться у вільному доступі.

PubMed включає в себе дані з наступних областей: медицина, стоматологія, ветеринарія, психологія, біологія, генетика, біохімія, цитологія, біотехнологія, біомедицина і т. д. Документовано близько 3800 біомедичних видань. Щорічно база даних PubMed збільшується на 500 000 документів. Пошук відбувається за принципом Medical Subject Headings (MeSH). Станом на квітень 2008 року база становила близько 5200 журналів з більш ніж 80 країн

Кожній статті присвоюється ідентифікаційний номер PubMed-ID (PMID).

Характеристики[ред.ред. код]

Стандартний пошук[ред.ред. код]

Простий пошук в PubMed може бути здійснена шляхом введення ключових слів предмета у вікні пошуку PubMed в.

PubMed переводить це первісна формулювання пошуку і автоматично додає імена полів, відповідні терміни MeSH, синоніми, логічні оператори, а також відповідних «гнізд», що істотно підвищують точність пошуку — це, зокрема, регулярні об'єднання (за допомогою оператора OR) та MeSH терміни.

Приклади, наведені в підручнику PubMed[8], що пояснюють автоматичний процес пошуку (англійською):

Causes Sleep Walking перекладається як («etiology»[Subheading] OR «etiology»[All Fields] OR «causes»[All Fields] OR «causality»[MeSH Terms] OR «causality»[All Fields]) AND («somnambulism»[MeSH Terms] OR «somnambulism»[All Fields] OR («sleep»[All Fields] AND «walking»[All Fields]) OR «sleep walking»[All Fields])

Також,

Heart Attack Aspirin Prevention перекладається як («myocardial infarction»[MeSH Terms] OR («myocardial»[All Fields] AND «infarction»[All Fields]) OR «myocardial infarction»[All Fields] OR («heart»[All Fields] AND «attack»[All Fields]) OR «heart attack»[All Fields]) AND («aspirin»[MeSH Terms] OR «aspirin»[All Fields]) AND («prevention and control»[Subheading] OR («prevention»[All Fields] AND «control»[All Fields]) OR «prevention and control»[All Fields] OR «prevention»[All Fields])

Інтерфейс нового PubMed, запущений в жовтні 2009 року, рекомендує використовувати швидкі, Google-подібні формулювання,. Вони також були описані як «телеграфний» пошук.[9]

Всезагальний пошук[ред.ред. код]

Для всебічного, оптимального, пошуку в PubMed'і необхідно мати повне уявлення про його основні компоненти, MEDLINE, і особливо MeSH (Медичні предметні рубрики) контрольований словник, який використовується для індексування статей MEDLINE. Вони можуть також вимагати складної стратегії пошуку, використання імен полів (тегів), правильного використання лімітів та інші функції Найкркраще за всіх пошук здійснюється фахівцями PubMed або бібліотекарями[10] які можуть правильно вибрати тип пошуку і ретельно налаштувати його для повноти і точності[11]. Було висловлено припущення, що навіть комплексний огляд літератури може здійснюватися за допомогою простого уважного формулювання пошуку[12]


Клінічні запити/систематичні огляди[ред.ред. код]

Особливістю PubMed є його категорія «Клінічні запити (англ. Clinical Queries)», з підтипами «Клінічна Категорія (англ. Clinical Category)», «Систематичні огляди літератури (англ. Systematic Reviews)» і «Медична генетика (англ. Medical Genetics)», у яких можна налашувати автоматично «фільтри» для виявлення істотних, надійних досліджень.[13] Оскільки «клінічні запити» можуть створити невеликий набір надійних досліджень з великою точністю, було висловлено припущення, що цей розділ PubMed може бути використаний як ресурс «швидкої допомоги».[14]

Тематичні статті[ред.ред. код]

Посилання, що оцінюються особливо актуально, можуть бути відзначені як «тематичні статті (Related articles)». Якщо необхідно, можна вибрати деякі дослідження і всі пов'язані з ними статті, що можуть бути отримані (в PubMed або будь-яких інших базах даних NCBI Entrez) за допомогою опції «Знайти пов'язан дані». Відповідні статті будуть відображені в порядку «спорідненості». Щоб створити ці списки статей, PubMed порівнює слова з назви і резюме кожної цитати, використовуючи потужний словесний алгоритм.[15] Функція «тематичних статей» була визнана настільки точною, що деякі дослідники припускають, щовона може бути використана замість повного пошуку.[16]

Прив'язка до заголовків і підзаголовків MeSH[ред.ред. код]

Сильною рисою PubMed є його здатність автоматично зв'язуватся з MeSH заголовками і підзаголовками. Приклад: посилання «неприємний запах з рота» є зв'язано з (і включає в пошук) «поганий запах з рота», «серцевий напад» — «інфаркт міокарда», «рак молочної залози» — «груди новоутворень». За необхідності ці терміни MeSH можуть бути автоматично «розширеними», тобто використовуватимуться більш конкретні терміни. Ця важлива функція дозволяє PubMed'у зробити автоматичні пошуки більш чутливими і дозволяє уникнути хибно-негативних (пропущених) результатів, компенсуючи промахи різноманітністю медичної термінології

Мій NCBI[ред.ред. код]

Додаткова опція PubMed'у «Мій NCBI» (з безкоштовною реєстрацією) надає інструменти для

  • збереження пошуків
  • фільтрації результатів пошуку
  • настройки автоматичного сповіщення по електронній пошті
  • збереження набору посилань, отриманих в рамках пошуку PubMed
  • налаштування форматів відображення або виділення пошукових запитів

і широкий спектр інших варіантів[17] «Мій NCBI» може бути доступним з будь-якого комп'ютера з веб-доступом. Більш рання версія «My NCBI» називалася «PubMed Cubby».[18]

LinkOut[ред.ред. код]

LinkOut — NLM засіб для зв'язку (і надавати повний текст) локальних сховищ журналів.[19] Приблизно 3200 сайтів (в основному академічних інститутів) беруть участь в цій установі NLM, починаючи з університету Ольборга в Данії, закінчуючи ZymoGenetics Сієтла.[20] Користувачі цих установ бачать логотип установ в результатах пошуку PubMed'у (якщо журнал існує в цій установі), а також отримують доступ до повних текстів публікацій.

PubMed для КПК/мобільних[ред.ред. код]

PubMed / MEDLINE також доступний і через мобільні пристрої, використовуючи, наприклад, «PICO» варіант (для конкретних запитів), створений NLM.[21] Також є доступна опція 'PubMed Mobile', що забезпечує доступ до мобільної, спрощеної версії PubMed'у.[22]

AskMEDLINE[ред.ред. код]

askMEDLINE, вільнотекстовий інструмент запиту для MEDLINE/PubMed, розроблена NLM, який також використовується у смартфонах та мобільних комп'ютерах.[23]

Ідентифікатор PubMed[ред.ред. код]

PMID (унікальний ідентифікатор PubMed)[24] — унікальний номер (UID), який має кожен запис у PubMed'і.

Надання публікації PMID або PMCID нічого не каже про тип чи якість вмісту. PMID надаються 'листам до редакції', думкам редакторів, оглядовим колонкам і будь-якому іншому тексту, який редактор вирішить включити в журнал. Наявність ідентифікаційного номера теж не є доказом того, що документи не були причетні до звинувачення в шахрайстві, некомпетентності або неправомірних дій. Оголошення про будь-які корекції оригінальних робіт також мають PMID.

Альтернативний інтерфейс[ред.ред. код]

Національна медична бібліотека орендує інформацію MEDLINE до ряду приватних виробників, таких як Ovid Technologies, Dialog(онлайнова база даних), EBSCO Publishing, Knowledge Finder і багатьох інших комерційних, некомерційних та освітніх провайдерів.[25] Видано більше 500 ліцензій було видано, з них більше 200 — неамериканські провайдери. У безкоштовній ліцензії на використання даних MEDLINE NLM фактично надає безкоштовний полігон для широкого кола[26] альтернативних інтерфейсів і доповненнь PubMed'у, одної з дуже небагатьох великих, професійно курованих баз даних, які пропонують цей варіант. Лу[26] ідентифікує зразки з 28 поточних і безкоштовний веб-версій PubMed, які не вимагають установки або реєстрації, і які згруповані у чотири категорії:

  • Ранжування результатів пошуку, наприклад: eTBLAST, Hakia, MedlineRanker;[27] MiSearch;[28]
  • Кластеризація результатів по темах, авторах, журналах і т. д., наприклад:Anne O'Tate,[29] ClusterMed,[30]
  • Підвищення семантики і візуалізації, наприклад: CiteXplore, EBIMed,[31] MedEvi,[32]
  • Покращений інтерфейс пошуку, наприклад: askMEDLINE;[33] BabelMeSH,[34]PubCrawler,[35]

Оскільки більшість з цих та інших альтернатив покладаютьсяя в основному на PubMed / MEDLINE дані, отримані за ліцензією NLM / PubMed, для них був запропонований термін «похідні PubMed'у».[26]

Джерела[ред.ред. код]

Примітки[ред.ред. код]

  1. McEntyre, J. & Lipman D. (2001): PubMed: bridging the information gap. In: CMAJ. Bd. 164, S. 1317–1319. PMID 11341144 PDF
  2. «PubMed Celebrates its 10th Anniversary». Technical Bulletin. United States National Library of Medicine. 2006-10-05. Архів оригіналу за 2012-03-03. Процитовано 2011-03-22. 
  3. «PubMed: MEDLINE Retrieval on the World Wide Web». Fact Sheet. United States National Library of Medicine. 2002-06-07. Архів оригіналу за 2013-07-22. Процитовано 2011-03-22. 
  4. McEntyre, J. R.; Ananiadou, S.; Andrews, S.; Black, W. J.; Boulderstone, R.; Buttery, P.; Chaplin, D.; Chevuru, S.; Cobley, N.; Coleman, L. -A.; Davey, P.; Gupta, B.; Haji-Gholam, L.; Hawkins, C.; Horne, A.; Hubbard, S. J.; Kim, J. -H.; Lewin, I.; Lyte, V.; MacIntyre, R.; Mansoor, S.; Mason, L.; McNaught, J.; Newbold, E.; Nobata, C.; Ong, E.; Pillai, S.; Rebholz-Schuhmann, D.; Rosie, H.; Rowbotham, R. (2010). «UKPMC: A full text article resource for the life sciences». Nucleic Acids Research 39 (Database issue). с. D58–D65. doi:10.1093/nar/gkq1063. PMC 3013671. PMID 21062818. 
  5. {McEntyre, J. R.; Ananiadou, S.; Andrews, S.; Black, W. J.; Boulderstone, R.; Buttery, P.; Chaplin, D.; Chevuru, S.; Cobley, N.; Coleman, L. -A.; Davey, P.; Gupta, B.; Haji-Gholam, L.; Hawkins, C.; Horne, A.; Hubbard, S. J.; Kim, J. -H.; Lewin, I.; Lyte, V.; MacIntyre, R.; Mansoor, S.; Mason, L.; McNaught, J.; Newbold, E.; Nobata, C.; Ong, E.; Pillai, S.; Rebholz-Schuhmann, D.; Rosie, H.; Rowbotham, R. (2010). «UKPMC: A full text article resource for the life sciences». Nucleic Acids Research 39 (Database issue). с. D58–D65. doi:10.1093/nar/gkq1063. PMC 3013671. PMID 21062818. 
  6. «NLM Catalogue: Журнали, на які посилається база даних NCBI». NCBI. 2011. 
  7. «Допомога Help. NCBI Довідкове керівництво». NCBI. 2005. 
  8. «Простий пошук з урахуванням Вікторини». NCBI. 2010. Архів оригіналу за 2013-07-22. 
  9. Clarke J, Wentz R (September 2000). «Ефективність прагматичного підходу як доказ на основі медико-санітарної допомоги». BMJ 321 (7260). с. 566–567. doi:10.1136/bmj.321.7260.566/a. PMC 1118450. PMID 10968827. 
  10. Jadad AR, McQuay HJ (July 1993). «Searching the literature. Be systematic in your searching». BMJ 307 (6895). с. 66. PMC 1678459. PMID 8343701. 
  11. Allison JJ, Kiefe CI, Carter J, Centor RM (Spring 1999). «The art and science of searching MEDLINE to answer clinical questions. Finding the right number of articles.». Int J Technol Assess Health Care 15 (2). с. 281–296. PMID 10507188. 
  12. Knipschild P (September 1994). «Systematic reviews. Some examples». BMJ 309 (6956). с. 719–721. PMC 2540847. PMID 7950526. 
  13. «Clinical Queries Filter Terms explained». NCBI. 2010. 
  14. Glasziou, P. (2007). «Do all fractures need full immobilisation?». BMJ 335 (7620). с. 612–613. doi:10.1136/bmj.39272.565810.80. PMC 1988981. PMID 17884906. 
  15. «Computation of Related Articles explained». NCBI. 
  16. Chang AA, Heskett KM, Davidson TM (February 2006). «Searching the literature using medical subject headings versus text word with PubMed». Laryngoscope 116 (2). с. 366–340. doi:10.1097/01.mlg.0000195371.72887.a2. PMID 16467730. 
  17. «My NCBI explained». NCBI. 13 December 2010. 
  18. «PubMed Cubby». Technical Bulletin. United States National Library of Medicine. 2000. Архів оригіналу за 2013-07-22. 
  19. «LinkOut Overview». NCBI. 2010. 
  20. «LinkOut Participants 2011». NCBI. 2011. 
  21. «PubMed via handhelds (PICO)». Technical Bulletin. United States National Library of Medicine. 2004. Архів оригіналу за 2013-07-22. 
  22. «PubMed Mobile Beta». Technical Bulletin. United States National Library of Medicine. 2011. Архів оригіналу за 2013-07-22. 
  23. «askMedline». NCBI. 2005. Архів оригіналу за 2013-07-22. 
  24. «Search Field Descriptions and Tags». National Center for Biotechnology Information. Процитовано 27 November 2008. 
  25. «Leasing journal citations from PubMed / Medline». NLM. 2011. Архів оригіналу за 2013-07-22. 
  26. а б в Lu, Z. (2011). «PubMed and beyond: A survey of web tools for searching biomedical literature». Database 2011. с. baq036–baq036. doi:10.1093/database/baq036. PMC 3025693. PMID 21245076. 
  27. Fontaine, JF (2009). «MedlineRanker: flexible ranking of biomedical literature.». Nucleic Acids Res. 37. с. baq036–baq036. doi:10.1093/nar/gkp353. PMID 19429696. 
  28. States DJ, DJ; Athey, BD (2009). «MiSearch adaptive pubMed search tool.». Bioinformatics 25 (7). с. 974–6. doi:10.1093/bioinformatics/btn033. PMID 18326507. 
  29. Smalheiser, N. R.; Zhou, W.; Torvik, V. I. (2008). «Anne O'Tate: A tool to support user-driven summarization, drill-down and browsing of PubMed search results». Journal of Biomedical Discovery and Collaboration 3. с. 2. doi:10.1186/1747-5333-3-2. PMC 2276193. PMID 18279519. 
  30. «ClusterMed». Vivisimo Clustering Engine. 2011. 
  31. Rebholz-Schuhmann, D; Pezik, P.; Rebholz-Schuhmann, D. (2007). «EBIMed--text crunching to gather facts for proteins from Medline.». Bioinformatics 23 (15). с. 237–44. doi:10.1093/bioinformatics/btn117. PMID 17237098. 
  32. Kim, J. -J.; Pezik, P.; Rebholz-Schuhmann, D. (2008). «MedEvi: Retrieving textual evidence of relations between biomedical concepts from Medline». Bioinformatics 24 (11). с. 1410–1412. doi:10.1093/bioinformatics/btn117. PMC 2387223. PMID 18400773. 
  33. Fontelo, P.; Liu, F.; Ackerman, M.; Schardt, C. M.; Keitz, S. A. (2006). «AskMEDLINE: A report on a year-long experience». AMIA ... Annual Symposium proceedings / AMIA Symposium. AMIA Symposium 2006. с. 923. PMC 1839379. PMID 17238542. 
  34. Fontelo, P.; Liu, F.; Leon, S.; Anne, A.; Ackerman, M. (2007). «PICO Linguist and BabelMeSH: Development and partial evaluation of evidence-based multilanguage search tools for MEDLINE/PubMed». Studies in health technology and informatics 129 (Pt 1). с. 817–821. PMID 17911830. 
  35. Hokamp, K.; Wolfe, K. H. (2004). «PubCrawler: Keeping up comfortably with PubMed and GenBank». Nucleic Acids Research 32 (Web Server issue). с. W16–W19. doi:10.1093/nar/gkh453. PMC 441591. PMID 15215341. 

Див. також[ред.ред. код]