Народився у сім'ї німецького актора і режисера Фріца Ганеке й австрійської актриси Беатриси фон Деґеншильд. Дитинство провів у містечку Вінер-Нойштадт. Навчався у Віденському університеті. Вивчав там філософію, психологію і режисуру. Після його закінчення став кінокритиком. Три роки працював редактором на телеканалі «Зюдвестфунк». 1973 року дебютував як телережисер.
Перший повнометражний фільм Ганеке зняв 1989 року. Він називався «Сьомий континент» і отримав приз на кінофестивалі в Локарно. Шокуючий фільм «Відео Бенні» (1992 р.) про поширення насильства у масовій культурі, був номінований на премію European Film Awards у категорії «Найкращий фільм». 1997 року трилер «Кумедні ігри» входить до програми 50-го Каннського кінофестивалю. Не отримавши жодного призу, стрічка справляє неабияке враження на глядачів. Рівно через десять років Ганеке зробить покадровий авторімейк цього фільму у США, знявши там Майкла Пітта, Тіма Рота та Наомі Воттс.
Перший гучний успіх режисера — франкомовний фільм «Піаністка» (2001). На Каннському кінофестивалі він отримує Гран-прі, а Ізабель Юппер та Бенуа Мажимель — призи за найкращу жіночу та чоловічу ролі. У 2009-му Ганеке отримує свою першу «Золоту пальмову гілку» за фільм «Біла стрічка». 2012-го — другу, за фільм «Любов».