Клуб було засновано в 1897 році, а перша перемога «Уніон» у національному чемпіонаті датується 1904 роком. На початку 1900-х років клуб також займав високі місця в деяких з найперших єврокубкових турнірів, які проводилися до початку офіційних змагань під егідою УЄФА. З 1904 по 1935 роки клуб виграв 11 чемпіонських титулів та 2 національні кубки. Протягом 1933—1935 років команда 60 матчів поспіль не програвала. Цей рекорд тримається і понині.
У період з 1958 по 1965 клуб мав нетривалий єврокубковий успіх, граючи в Кубку ярмарків, і доходив до стадії півфіналу в сезонах 1958-60 років після перемоги у двох матчах над Ромою. У 1963 році, однак, клуб вилетів у другий дивізіон, а в 1980 році навіть впали ще нижче, до бельгійського Перехідного дивізіону.
Протягом 1930-х років, протистояння між «Уніон Сент-Жілуаз» (10) та «Дарінг Клуб ді Брюссель» (2) переросло в дербі та спонукало Жоріса де Хансвіка та Пауля Ван Сталля написати п'єсу під назвою «Боссеманс і Коппенолле» та зробити театральну постановку на її основі. Вистава мала значний успіх і була адаптована під фільм.
.svg){kind=small}
Бельгія
Тоні Блум
Александер Блессін
Чемпіонат Бельгії:
Тібо Меєр
