Відмінності між версіями «Ампліфікація ДНК-повторів»

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
[неперевірена версія][неперевірена версія]
(Нова сторінка: '''Ампліфікація ДНК повторів''' — це геномний фінгерпринтинг на основі ПЛР. == Суть методу ...)
 
Рядок 1: Рядок 1:
'''Ампліфікація ДНК повторів''' — це [[геномний фінгерпринтинг]] на основі [[ПЛР]].
'''Ампліфіка́ція ДНК повто́рів''' — це [[геномний фінгерпринтинг]] на основі [[ПЛР]].


== Суть методу ==
== Суть методу ==


[[Прокаріоти]]чний [[геном]] містить багато коротких послідовностей, що повторюються. Хоча функції їх повністю ще не відомі, вони використовуються як мішень для [[ідентифікація|ідентифік]]ації [[мікроорганізми|мікроорганіз]]мів в навколишньому середовищі. Важливим підкласом цих елементів є [[міжгенні паліндромні повтори]] ([[REP]]) — [[висококонсервативні інвертовані повтори]], що мають загальний вигляд:
[[Прокаріоти]]чний [[геном]] містить багато коротких послідовностей, що повторюються. Хоча функції їх повністю ще не відомі, вони використовуються як мішень для [[ідентифікація|ідентифікації ]] [[мікроорганізми|мікроорганіз]]мів в навколишньому середовищі. Важливим підкласом цих елементів є [[міжгенні паліндромні повтори]] ([[REP]]) — [[висококонсервативні інвертовані повтори]], що мають загальний вигляд:


::::::::5'-GCCG/TGAT GGCGG/ACGG/ACGC/T G/ACGC/TCTTATCC/AGGCCTAC- 3'
:::::::: 5'-GCCG/TGAT GGCGG/ACGG/ACGC/T G/ACGC/TCTTATCC/AGGCCTAC- 3'


[[REP]] повтори локалізовані в міжгенних ділянках [[хромосома|хром]]осоми, які не траслюються, в кількості від 500 до 11000 копій. Досить поширеними є і ентеробактеріальні ендогенні консенсусні повтори ([[ERIC]]), які також являють собою інвертовані повтори, та [[BOX-елементи]]. Висока консервативність цих повторів дозволила створити комплементарні їм [[праймери]] для [[ампліфікація|ампліфі]]кації з допомогою [[ПЛР]] [[локус]]ів [[бактерії|бактеріальног]]о [[геном]]у, локалізованих між [[REP]] чи двома [[ERIC]] елементами. Результатом цієї реакції є утворення набору [[ДНК]] фрагментів від 200 п. о. до більш ніж 6 т. п. о., розділених в [[агарозний гель|агарозному гелі]], котрі відображають організацію геному даного мікроорганізму.
[[REP]] повтори локалізовані в міжгенних ділянках [[хромосома|хром]]осоми, які не траслюються, в кількості від 500 до 11000 копій. Досить поширеними є і ентеробактеріальні ендогенні консенсусні повтори ([[ERIC]]), які також являють собою інвертовані повтори, та [[BOX-елементи]]. Висока консервативність цих повторів дозволила створити комплементарні їм [[праймери]] для [[ампліфікація|ампліфі]]кації з допомогою [[ПЛР]] [[локус]]ів [[бактерії|бактеріальног]]о [[геном]]у, локалізованих між [[REP]] чи двома [[ERIC]] елементами. Результатом цієї реакції є утворення набору [[ДНК]] фрагментів від 200 п. о. до більш ніж 6 т. п. о., розділених в [[агарозний гель|агарозному гелі]], котрі відображають організацію геному даного мікроорганізму.


== Значення і використання ==
== Значення і використання ==
Рядок 14: Рядок 14:


== Література ==
== Література ==

#Lupski J. K., Wientsock G. M. Short interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genomes// J.Bacteriol. – 1992. – 174. – №14. – p. 4525 -4529.
#Versalovic J., Koeuth T., Lupski J. R. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes// Nucl. Acids Res. – 1991. – 19. p. 6823 - 6831.
# ''Lupski J. K.'', ''Wientsock G. M.'' Short interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genomes// J.Bacteriol. — 1992. — 174. — № 14. — p. 4525—4529.
# ''Versalovic J.'', ''Koeuth T.'', ''Lupski J. R.'' Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes// Nucl. Acids Res. — 1991. — 19. — p. 6823 — 6831.


[[Категорія:Молекулярна біологія]]
[[Категорія:Молекулярна біологія]]

Версія за 12:00, 6 вересня 2007

Ампліфіка́ція ДНК повто́рів — це геномний фінгерпринтинг на основі ПЛР.

Суть методу

Прокаріотичний геном містить багато коротких послідовностей, що повторюються. Хоча функції їх повністю ще не відомі, вони використовуються як мішень для ідентифікації мікроорганізмів в навколишньому середовищі. Важливим підкласом цих елементів є міжгенні паліндромні повтори (REP) — висококонсервативні інвертовані повтори, що мають загальний вигляд:

5'-GCCG/TGAT GGCGG/ACGG/ACGC/T G/ACGC/TCTTATCC/AGGCCTAC- 3'

REP повтори локалізовані в міжгенних ділянках хромосоми, які не траслюються, в кількості від 500 до 11000 копій. Досить поширеними є і ентеробактеріальні ендогенні консенсусні повтори (ERIC), які також являють собою інвертовані повтори, та BOX-елементи. Висока консервативність цих повторів дозволила створити комплементарні їм праймери для ампліфікації з допомогою ПЛР локусів бактеріального геному, локалізованих між REP чи двома ERIC елементами. Результатом цієї реакції є утворення набору ДНК фрагментів від 200 п. о. до більш ніж 6 т. п. о., розділених в агарозному гелі, котрі відображають організацію геному даного мікроорганізму.

Значення і використання

RЕР-ПЛР широко використовується для ідентифікації патогенів, диференціації штамів, оцінки генетичного поліморфізму популяцій мікроорганізмів. Цей метод застосовують для досліджень в галузях медичної мікробіології, мікробної екології та генетики бактерій. Праймери, специфічні до REP, ERIC і BOX елементів можна використати для створeння фінгерпринтів різних бактерій, в тому числі Г-, Г+ фітобактерій, також мікроорганізмів, що мають клінічне значення.

Література

  1. Lupski J. K., Wientsock G. M. Short interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genomes// J.Bacteriol. — 1992. — 174. — № 14. — p. 4525—4529.
  2. Versalovic J., Koeuth T., Lupski J. R. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes// Nucl. Acids Res. — 1991. — 19. — p. 6823 — 6831.