Відмінності між версіями «Протеом»

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
[перевірена версія][перевірена версія]
(правопис)
Рядок 1: Рядок 1:
'''Протеом'''&nbsp;— сукупність всіх білків, клітини, тканини, організму або популяції, що експресуються за певними, чітко визначеними умовами. Термін був запропонований в 1994 році австралійським дослідником Марком Вілкінсом на конференції в Італії<ref>{{cite journal|last=Wilkins|first=Marc|authorlink=|year=2009|month=Dec.|title=Proteomics data mining|journal=[[Expert review of proteomics]]|volume=6|issue=6|pages=599–603|publisher= |location = [[England]]| pmid = 19929606|doi = 10.1586/epr.09.81 | bibcode = | oclc =| id = | url = | language = | format = | accessdate = | laysummary = | laysource = | laydate = | quote = }}</ref>, пізніше ця робота стала частиною його дисертації на здобуття [[PhD]] ступеня. Термін «протеом» складається з частин слів «[[білок|'''прот'''еїни]]» (білки) та «[[геном|ген'''ом''']]».
+
'''Протеом'''&nbsp;— сукупність всіх білків, клітини, тканини, організму або популяції, що експресуються за певними, чітко визначеними умовами. Термін був запропонований в 1994 році австралійським дослідником Марком Вілкінсом на конференції в Італії<ref>{{cite journal|last=Wilkins|first=Marc|authorlink=|year=2009|month=Dec.|title=Proteomics data mining|journal=[[Expert review of proteomics]]|volume=6|issue=6|pages=599–603|publisher= |location = [[England]]| pmid = 19929606|doi = 10.1586/epr.09.81 | bibcode = | oclc =| id = | url = | language = | format = | accessdate = | laysummary = | laysource = | laydate = | quote = }}</ref>, пізніше ця робота стала частиною його дисертації на здобуття ступеня [[PhD]]. Термін «протеом» складається з частин слів «[[білок|'''прот'''еїни]]» (білки) та «[[геном|ген'''ом''']]».
   
 
== Термінологія ==
 
== Термінологія ==
З того часу термін «протеом» був застосований для кількох різних типів біологічних систем. Клітинний протеом&nbsp;— набір білків, знайдених в специфічному типі [[клітина (біологія)|клітин]] за специфічними умовами, наприклад під дією певного [[гормон]]у. Протеом організму означає набір білків протеомів всіх клітин організму. Термін також використовується для опису набору білків на рівні менше клітини, наприклад всі білки у вірусі можуть бути названі вірусним протеомом.
+
З того часу термін «протеом» був застосований для кількох різних типів біологічних систем. Клітинний протеом&nbsp;— набір білків, знайдених в специфічному типі [[клітина (біологія)|клітин]] за специфічними умовами, наприклад під дією певного [[гормон]]у. «Протеом організму» означає набір білків протеомів всіх клітин організму. Термін також використовується для опису набору білків на рівні менше клітини, наприклад всі білки у вірусі можуть бути названі вірусним протеомом.
   
 
== Загальна характеристика ==
 
== Загальна характеристика ==
 
Протеом більше, ніж [[геном]], особливо у [[еукаріоти|еукаріотів]], в тому сенсі, що білків більше, ніж [[ген]]ів. Це пов'язано з [[альтернативний сплайсинг|альтернативним сплайсингом]] генів і [[посттрансляційна модифікація|посттрансляційною модифікацією]] білків, наприклад, [[глікозилювання]]м або [[фосфорилювання]]м.
 
Протеом більше, ніж [[геном]], особливо у [[еукаріоти|еукаріотів]], в тому сенсі, що білків більше, ніж [[ген]]ів. Це пов'язано з [[альтернативний сплайсинг|альтернативним сплайсингом]] генів і [[посттрансляційна модифікація|посттрансляційною модифікацією]] білків, наприклад, [[глікозилювання]]м або [[фосфорилювання]]м.
   
Окрім того протеом має як мінімум два рівні складності, яких не має геном. Тоді як геном визначається [[нуклеотидна послідовність|нуклеотидною послідовністю]], протеом не може бути обмежений сумою послідовностей всіх наявних білків. Повна характиризація протеому вимагає характеризації [[структура білків|структури білків]] протеому та [[білок-білкова взаємодія|функціональної взаємодії]] між білками.
+
Окрім того протеом має як мінімум два рівні складності, яких не має геном. Тоді як геном визначається [[нуклеотидна послідовність|нуклеотидною послідовністю]], протеом не може бути обмежений сумою послідовностей всіх наявних білків. Повна характеризація протеому вимагає характеризації [[структура білків|структури білків]] протеому та [[білок-білкова взаємодія|функціональної взаємодії]] між білками.
   
 
== Методи дослідження ==
 
== Методи дослідження ==
Дослідження протеому вивчає наука [[протеоміка]], шляхом застосування різноманітних методів, як мас-спектрометрія, гелевий електрофорез,[[очищення білків|очищення]], [[секвенування білків]], створення [[рекомбінантна ДНК|рекомбінантних]] та мічених білків. Отримання великих масивів даних привело до розробки численних обчислювальних методів їх аналізу. Багато досліджень проводяться в міжнародній колаборації, для коорднації таких зусиль в 2001 році була створена міжнародна [[Організація протеому людини]] ({{lang-en|Human Proteome Organization — HUPO}}).
+
Дослідження протеому вивчає наука [[протеоміка]], шляхом застосування різноманітних методів, як мас-спектрометрія, гелевий електрофорез, [[очищення білків|очищення]], [[секвенування білків]], створення [[рекомбінантна ДНК|рекомбінантних]] та мічених білків. Отримання великих масивів даних привело до розробки численних обчислювальних методів їх аналізу. Багато досліджень проводяться в міжнародній колаборації, для координації таких зусиль в 2001 році була створена міжнародна [[Організація протеому людини]] ({{lang-en|Human Proteome Organization — HUPO}}).
   
 
=== Двовимірний гелевий електрофорез ===
 
=== Двовимірний гелевий електрофорез ===
Методом двовимірного [[гелевий електрофорез|гелевого електрофорезу]] ([[Двовимірний гелевий електрофорез|2-DE]]). У першому вимірювання білки розділялися за ізоелектиричним фокусуванням, а у другому&nbsp;— за розміром.
+
Методом двовимірного [[гелевий електрофорез|гелевого електрофорезу]] ([[Двовимірний гелевий електрофорез|2-DE]]). У першому вимірювання білки розділялися за ізоелектричним фокусуванням, а у другому&nbsp;— за розміром.
   
 
=== Мас-спектрометрія ===
 
=== Мас-спектрометрія ===
 
Важливим методом протеоміки є [[мас-спектрометрія]]. «Зняття відбитків пільців» білків за допомогою мас-спектрометрії швидко підвищило ефективність досліджень протеому.
 
Важливим методом протеоміки є [[мас-спектрометрія]]. «Зняття відбитків пільців» білків за допомогою мас-спектрометрії швидко підвищило ефективність досліджень протеому.
Застосовують різноманітні типи мас-спектрометрії: SELDI-TOF-MS, MALDI-TOF-MS, LC-MS ([[Рідинна хроматографія—мас спектрометрія]]).
+
Застосовують різноманітні типи мас-спектрометрії: SELDI-TOF-MS, MALDI-TOF-MS, LC-MS ([[Рідинна хроматографія — мас-спектрометрія]]).
   
 
== Посилання ==
 
== Посилання ==

Версія за 22:21, 1 вересня 2015

Протеом — сукупність всіх білків, клітини, тканини, організму або популяції, що експресуються за певними, чітко визначеними умовами. Термін був запропонований в 1994 році австралійським дослідником Марком Вілкінсом на конференції в Італії[1], пізніше ця робота стала частиною його дисертації на здобуття ступеня PhD. Термін «протеом» складається з частин слів «протеїни» (білки) та «геном».

Термінологія

З того часу термін «протеом» був застосований для кількох різних типів біологічних систем. Клітинний протеом — набір білків, знайдених в специфічному типі клітин за специфічними умовами, наприклад під дією певного гормону. «Протеом організму» означає набір білків протеомів всіх клітин організму. Термін також використовується для опису набору білків на рівні менше клітини, наприклад всі білки у вірусі можуть бути названі вірусним протеомом.

Загальна характеристика

Протеом більше, ніж геном, особливо у еукаріотів, в тому сенсі, що білків більше, ніж генів. Це пов'язано з альтернативним сплайсингом генів і посттрансляційною модифікацією білків, наприклад, глікозилюванням або фосфорилюванням.

Окрім того протеом має як мінімум два рівні складності, яких не має геном. Тоді як геном визначається нуклеотидною послідовністю, протеом не може бути обмежений сумою послідовностей всіх наявних білків. Повна характеризація протеому вимагає характеризації структури білків протеому та функціональної взаємодії між білками.

Методи дослідження

Дослідження протеому вивчає наука протеоміка, шляхом застосування різноманітних методів, як мас-спектрометрія, гелевий електрофорез, очищення, секвенування білків, створення рекомбінантних та мічених білків. Отримання великих масивів даних привело до розробки численних обчислювальних методів їх аналізу. Багато досліджень проводяться в міжнародній колаборації, для координації таких зусиль в 2001 році була створена міжнародна Організація протеому людини (англ. Human Proteome Organization — HUPO).

Двовимірний гелевий електрофорез

Методом двовимірного гелевого електрофорезу (2-DE). У першому вимірювання білки розділялися за ізоелектричним фокусуванням, а у другому — за розміром.

Мас-спектрометрія

Важливим методом протеоміки є мас-спектрометрія. «Зняття відбитків пільців» білків за допомогою мас-спектрометрії швидко підвищило ефективність досліджень протеому. Застосовують різноманітні типи мас-спектрометрії: SELDI-TOF-MS, MALDI-TOF-MS, LC-MS (Рідинна хроматографія — мас-спектрометрія).

Посилання

  1. Wilkins, Marc (Dec. 2009). Proteomics data mining. Expert review of proteomics (England) 6 (6): 599–603. PMID 19929606. doi:10.1586/epr.09.81.