Альфа-варіант SARS-CoV-2

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
Альфа-варіант SARS-CoV-2
Зображення
Офіційна назва англ. Alpha[1]
Названо на честь альфа
Дата відкриття (винаходу) 20 вересня 2020[2]
Місце відкриття Велика Британія[3]
Кількість випадків 1[2], 1[2], 1[2], 1[2], 1[2], 1[2], 1[2], 1[2], 1[2], 1[2], 2[2], 2[2], 3[2], 3[2], 4[2], 4[2], 4[2], 4[2], 5[2], 7[2], 10[2], 13[2], 15[2], 17[2], 21[2], 21[2], 21[2], 21[2], 22[2], 22[2], 23[2], 30[2], 40[2], 42[2], 50[2], 56[2], 80[2], 89[2], 89[2], 95[2], 98[2], 99[2], 114[2], 213[2], 132[2], 370[2] і 24 364[2]
Карта поширення
Підтримується Вікіпроєктом WikiProject COVID-19d і Проєкт:Велика Британія
Схематична ілюстрація
CMNS: Альфа-варіант SARS-CoV-2 у Вікісховищі

Перший Досліджуваний Варіант у грудні 2020 року (англ. The first Variant Under Investigation in December 2020 абревіатура VUI — 202012/01 затверджена як офіційна скорочена назва)[4][a] а також відомий як гілка B.1.1.7,[7] — варіант SARS-CoV-2, вірусу, який викликає COVID-19. Вперше варіант був виявлений у Великій Британії у жовтні 2020 року на вибірці, відібраній попереднього місяця[8] і він швидко почав поширюватися до середини грудня. Це корелює зі значним збільшенням рівня зараження COVID-19 у Великій Британії; вважається, що це збільшення є принаймні частково обумовленим мутацією N501Y всередині рецептор-зв'язувального домену спайкового глікопротеїну, який необхідний для зв'язування з Ангіотензинперетворювальним ферментом 2 в клітинах людини.

Генетика[ред. | ред. код]

Мутації SARS-CoV-2 є розповсюдженими: за даними консорціуму Геноміки Коронавірусної хвороби Великої Британії (COG-UK), лише у поверхневих глікопротеїнах («шипах» вірусу) виявлено понад 4000 мутацій.[9] Зосередження уваги на мутаціях є загальним способом відстеження поширення вірусу. Окрім того, що, наприклад, показано, що SARS-CoV-2 прибув до Великої Британії з понад 1000 окремих випадків, він також показує, що варіант з мутацією G614 повністю замінив попередній D614.[10]

Варіант VUI — 202012/01 визначається 17 мутаціями[9] включаючи декілька в пепломері: мутація 69–70, мутація 144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H. Здається, однією з найважливіших мутацій є мутація N501Y — перехід від аспарагіну (N) до тирозину (Y)[11] в амінокислотному положенні 501. Це пов'язано з його положенням всередині рецептор-зв'язувального домену (RBD) пепломера, який зв'язується з Ангіотензинперетворювальним ферментом 2. Мутації в RBD можуть призвести до того, що вірус стає більш заразним.

Виявлення[ред. | ред. код]

VUI-202012/01 був виявлений в жовтні 2020 року консорціумом Геноміки Коронавірусної хвороби Великої Британії (COG-UK) на вибірці, відібраній у вересні того ж року.[8]

Характеристика[ред. | ред. код]

Заразність[ред. | ред. код]

На засіданні телеконференції 18 грудня 2020 року NERVTAG дійшов висновку, що вони більш-менш впевнені, що VUI-202012/01 є значно більш заразним, ніж інші варіанти, але що даних для досягнення будь-якого висновку щодо основного механізму підвищеної заразності (наприклад, збільшення вірусного навантаження) недостатньо, розподіл вірусів у тканинах, серійний інтервал тощо), віковий розподіл випадків або тяжкість захворювання.[12]

Прем'єр-міністр Великої Британії Борис Джонсон заявив 19 грудня 2020 року, що новий варіант може бути на 70 % більш заразним, ніж попередні варіанти, хоча існує «значна невизначеність».[13][14] Французький уряд заперечив думку Джонсона, заявивши, що «на цьому етапі це не було підтверджено».[15] Вівек Мурті, який є колишнім головним лікарем США і нині є кандидатом на посаду головного лікаря та співголовою Консультативної ради COVID-19, погодився з Джонсоном, що варіант, здається, більш заразний.[16][17]

Поширення[ред. | ред. код]

Перший випадок був, ймовірно, у середині вересня в Лондоні чи Кенті, Велика Британія.[18] Станом на 13 грудня 2020 року у Великій Британії було виявлено 1108 випадків з цим варіантом у майже 60 різних місцевих органах влади. Ці випадки були переважно на південному сході Англії. Варіант також ідентифікований в Уельсі та Шотландії.[19] 20 грудня 2020 року BBC повідомила, що Всесвітня організація охорони здоров'я (ВООЗ) заявила, що дев'ять випадків нового варіанту були зареєстровані в Данії та по одному в Нідерландах та Австралії.[13][20] Пізніше того ж дня було повідомлено, що чотири були виявлені в Бельгії[21] а один — в Італії.[22] Сполучене Королівство та Данія проводять послідовність розслідувань своїх випадків коронавірусу значно вищими показниками, ніж більшість інших[23] і вважалося ймовірним, що інші країни виявлять цей варіант пізніше.[24] У Південній Африці також був виявлений штам з тією ж мутацією N501Y (що може призвести до вищої заразності), але він відрізняється від штаму Великої Британії.[25] Мутація N501Y була виявлена і в інших місцях: в Австралії в червні — липні, США в липні та Бразилії в квітні, і поки не ясно, чи виникла вона спонтанно у Великій Британії, чи була імпортована.[26]

Примітки[ред. | ред. код]

  1. Записується як VUI 202012/01 (англ. Variant Under Investigation, рік 2020, місяць 12, варіант 01). Джерело: GISAID[5] і ECDC.[6]

Джерела[ред. | ред. код]

  1. https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
  2. а б в г д е ж и к л м н п р с т у ф х ц ш щ ю я аа аб ав аг ад ае аж аи ак ал ам ан ап ар ас ат ау аф ах ац аш ащ аю ая https://cov-lineages.org/global_report_B.1.1.7.html
  3. Rambaut A., Loman N. J., Pybus O. G. та ін. Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. — 2020.
  4. PHE investigating a novel strain of COVID-19. Public Health England. 14 грудня 2020. Архів оригіналу за 15 грудня 2021. Процитовано 21 грудня 2020. 
  5. UK reports new variant, termed VUI 202012/01. GISAID. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 20 грудня 2020. 
  6. Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom -Threat Assessment Brief. European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 17 грудня 2021. Процитовано 21 грудня 2020. 
  7. Kupferschmidt, Kai; 2020 (20 грудня 2020). Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear. Science | AAAS (англ.). Архів оригіналу за 21 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  8. а б Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK. BBC News. 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 21 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  9. а б Wise, Jacqui (16 грудня 2020). Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ (англ.). 371. ISSN 1756-1833. PMID 33328153. doi:10.1136/bmj.m4857. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  10. Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. Cell. 182 (4): 812–827.e19. 20 серпня 2020. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020 — через ScienceDirect. 
  11. For a list of the symbols used for the α-amino acids incorporated into protein under mRNA direction, see:
  12. New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group (18 грудня 2020). NERVTAG meeting on SARS-CoV-2 variant under investigation: VUI-202012/01. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  13. а б Covid: WHO in 'close contact' with UK over new virus variant. BBC News. 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 21 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  14. As it happened: Stricter Covid rules for Christmas outlined. BBC News. 19 грудня 2020. Архів оригіналу за 21 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  15. Covid vaccines 'still effective' against fast-spreading mutant strain. Metro. 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  16. GRIESHABER, KIRSTEN; HUI, SYLVIA (20 грудня 2020). France, Germany, Italy join European nations banning flights from UK, fearing new strain of coronavirus. chicagotribune.com. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  17. Berger, Miriam (20 грудня 2020). Countries across Europe halt flights from Britain over concerns about coronavirus mutation. Washington Post (амер.). ISSN 0190-8286. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 20 грудня 2020. 
  18. Higgins-Dunn, N. (19 грудня 2020). The U.K. has identified a new Covid-19 strain that spreads more quickly. Here’s what they know. MSNBC. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 21 грудня 2020. 
  19. COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium - Wellcome Sanger Institute. www.sanger.ac.uk (амер.). Архів оригіналу за 13 вересня 2020. Процитовано 19 грудня 2020. 
  20. Henley, Jon; Jones, Sam; Giuffrida, Angela; Holmes, Oliver (20 грудня 2020). EU to hold crisis talks as countries block travel from UK over new Covid strain. The Guardian. Архів оригіналу за 30 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  21. Netherlands bans flights from UK over new Covid mutation. The Brussel Times. 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  22. Coronavirus, in Italia un soggetto positivo alla variante inglese [Coronavirus, one person tests positive in Italy for the English variant]. la Repubblica (італ.). 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 2 січня 2021. Процитовано 21 грудня 2020. 
  23. Knudsen, T.H. (20 грудня 2020). Dansk Oxford-professor: Danmark skal gøre alt for, at ny virusvariant ikke spreder sig. Данське радіо (дан.). Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  24. Scientists urge calm about coronavirus mutations, which are not unexpected. New York Times. 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  25. Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear. Science Mag. 20 грудня 2020. Архів оригіналу за 21 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020. 
  26. Архівована копія. Архів оригіналу за 20 грудня 2020. Процитовано 21 грудня 2020.