Варіант, який викликає занепокоєння
Термін «варіант, який викликає занепокоєння» (англ. Variant of concern; VOC) для SARS-CoV-2, який викликає COVID-19 – це категорія, яка використовується для варіантів вірусу, де присутня мутації в їхньому домені, що зв’язує рецептор білка (RBD), суттєво підвищення спорідненості зв’язування (наприклад, N501Y) у комплексі RBD-hACE2 (генетичні дані), а також пов’язане зі швидким поширенням у популяціях людей (епідеміологічні дані) та високою смертністю.[1]
До цього новий варіант міг бути позначений як "цікавий варіант".[2] Під час або після більш повної оцінки як «варіант, що викликає занепокоєння», варіант зазвичай приписують лінії в системі номенклатури PANGOLIN[3] і кладам у системах Nextstrain[4] і GISAID.[5]
Під час пандемії COVID-19 було помічено, що вірус SARS-CoV-2 мутував, причому певні комбінації конкретних точкових мутацій виявилися більш тривожними, ніж інші.[6] Це було в основному з причин передачі та вірулентності, а також щодо можливої появи мутацій escape.
Критерії[ред. | ред. код]
Кілька національних та міжнародних організацій охорони здоров’я (напр Центри контролю та профілактики захворювань (CDC) (США), громадського здоров’я Англії (PHE) і консорціум COVID-19 Genomics UK для Великої Британії, а також Канадська мережа геноміки COVID (CanCOGeN) використовують деякі або всі наведені нижче критерії для оцінити варіанти:[7][8]
- Підвищена передача
- Підвищена захворюваність
- Підвищена смертність
- Підвищений ризик «довгого COVID»
- Можливість ухилятися від виявлення за допомогою діагностичних тестів
- Знижена чутливість до противірусних препаратів (якщо і коли такі препарати доступні)
- Знижена сприйнятливість до нейтралізуючих антитіл, як терапевтичних (наприклад, реконвалесцентна плазма або моноклональні антитіла), так і в лабораторних експериментах
- Здатність уникати природного імунітету (наприклад, викликати повторні інфекції)
- Здатність заражати вакцинованих осіб
- Підвищений ризик певних станів, таких як мультисистемний запальний синдром або довготривала COVID-19.
- Підвищена спорідненість з певними демографічними або клінічними групами, такими як діти або люди з ослабленим імунітетом .
Варіанти, які відповідають одному або кільком із цих критеріїв, можуть бути позначені як "варіанти, що цікавлять" або "варіанти, що розслідуються" ("VUI") до перевірки та підтвердження цих властивостей. Після підтвердження варіанти, що представляють інтерес /VUI, можуть бути перейменовані в «варіанти, що викликають занепокоєння» моніторинговими організаціями, такими як CDC.[2][6][9] Пов’язаною категорією є «варіант із високим рівнем наслідків», який використовується CDC, якщо є чіткі докази того, що ефективність заходів профілактики або втручання для конкретного варіанта істотно знижена.[10]
Класифікації за країнами[ред. | ред. код]
Всесвітня організація охорони здоров'я[ред. | ред. код]
ВООЗ веде список варіантів, що викликають глобальне занепокоєння.[11] 26 листопада 2021 року ВООЗ додала п’ятий варіант, що викликає занепокоєння, омікрон-варіант, раніше відомий як B.1.1.529.[12] Омікрон-варіант приєднується до варіантів альфа, бета, гамма та дельта.
Африка[ред. | ред. код]
NICD у Південній Африці підтримує список варіантів та засобів для тестування на місцевому рівні у співпраці з KRISP.[13][14]
Європа[ред. | ред. код]
Станом на кінець листопада 2021 року Європейський центр профілактики та контролю захворювань оголосив чотири варіанти «варіантами, що викликають занепокоєння»: бета, гамма, дельта та B.1.1.529 (названий «омікрон» після оновлення посилання); мю, лямбда і AY.4.2 були названі варіантами, що представляють інтерес (VOI), тоді як було 9 "Варіантів, що контролюються". 25 варіантів були описані як «деескалаційні».[15]
Сполучене Королівство[ред. | ред. код]
Станом на кінець листопада 2021 року Сполучене Королівство має п’ятнадцять варіантів у своєму «списку спостереження», 4 зі статусом «VOC» і 11 з рейтингом «VUI». Позначені «VOC» були альфа, бета, гамма та дельта. На початку грудня 2021 року омікрон було додано до «VOC». Серед досліджуваних варіантів — «VUI-21OCT-01/ AY 4.2».[16]
Північна Америка[ред. | ред. код]
Канада (через 'health-infobase.canada.ca')[17] та Сполучені Штати (через CDC)[18] також ведуть списки варіантів, що викликають занепокоєння. Станом на початок грудня Канада відстежувала п’ять варіантів занепокоєння: Альфа, Бета, Гама, Дельта та Омікрон, а США — два: Дельта та Омікрон.[19]
Див. також[ред. | ред. код]
- Штами SARS-CoV-2: Cluster 5, Альфа, Бета, Гамма, Дельта, Епсилон, Зета, Тета, Ета, Йота, Каппа, Лямбда, М'ю, Омікрон
Примітки[ред. | ред. код]
- ↑ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (May 2021). Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern. Microorganisms (англ.). 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828. PMID 33925854.
- ↑ а б Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 28 січня 2021. At "Differences between a Variant of Concern and Variant Under Investigation". Архів оригіналу за 7 червня 2021. Процитовано 19 лютого 2021.
SARS-CoV-2 variants, if considered to have concerning epidemiological, immunological, or pathogenic properties, are raised for formal investigation. At this point they are designated Variant Under Investigation (VUI) with a year, month, and number. Following a risk assessment with the relevant expert committee, they may be designated Variant of Concern (VOC)
- ↑ Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O’Toole, Á. та ін. (2020). A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nature Microbiology. 5 (11): 1403—1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PMC 7610519. PMID 32669681.
- ↑ Bedford, Trevor; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A (6 січня 2021). Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy. nextstrain.org/blog. Архів оригіналу за 18 січня 2021. Процитовано 19 січня 2021.
- ↑ clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature'). www.gisaid.org. 4 липня 2020. Архів оригіналу за 9 січня 2021. Процитовано 7 січня 2021.
- ↑ а б Griffiths, Emma; Tanner, Jennifer; Knox, Natalie; Hsiao, Will; Van Domselaar, Gary (15 січня 2021). CanCOGeN Interim Recommendations for Naming, Identifying, and Reporting SARS-CoV-2 Variants of Concern (PDF). CanCOGeN (nccid.ca). Архів оригіналу (PDF) за 17 квітня 2021. Процитовано 25 лютого 2021.
- ↑ Contributor, IDSA (2 лютого 2021). COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants. Science Speaks: Global ID News (амер.). Архів оригіналу за 21 квітня 2021. Процитовано 20 лютого 2021.
- ↑ CDC. Emerging SARS-CoV-2 Variants (en-us) . Centers for Disease Control and Prevention. Архів оригіналу за 15 травня 2021. Процитовано 4 січня 2021.
Ця стаття містить текст з джерела, що зараз в суспільному надбанні.
- ↑ Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern in EnglandTechnical briefing 6 [Архівовано 29 квітня 2021 у Wayback Machine.] 13 February 2021 (See section: Nomenclature of variants in the UK, P.3) assets.publishing.service.gov.uk, accessed 27 February 2021
- ↑ CDC (11 лютого 2020). Cases, Data, and Surveillance. Centers for Disease Control and Prevention (en-us) . Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 16 березня 2021.
- ↑ Tracking SARS-CoV-2 variants. www.who.int (англ.). Архів оригіналу за 9 червня 2021. Процитовано 28 листопада 2021.
- ↑ Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. World Health Organization. Архів оригіналу за 26 листопада 2021. Процитовано 28 листопада 2021.
- ↑ New COVID-19 variant detected in South Africa. NICD (амер.). 25 листопада 2021. Архів оригіналу за 6 лютого 2022. Процитовано 29 листопада 2021.
- ↑ Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. www.krisp.org.za. Архів оригіналу за 28 січня 2022. Процитовано 29 листопада 2021.
- ↑ SARS-CoV-2 variants of concern [Архівовано 16 червня 2021 у Wayback Machine.] 26 November 2021 www.ecdc.europa.eu accessed 27 November 2021
- ↑ Variants of concern or under investigation: data up to 24 November 2021 [Архівовано 21 січня 2022 у Wayback Machine.] Updated 26 November 2021, www.gov.uk, accessed 27 November 2021
- ↑ COVID-19 daily epidemiology update [Архівовано 22 серпня 2020 у Wayback Machine.] 12 May 2021 health-infobase.canada.ca accessed 13 May 2021
- ↑ SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions. Centers for Disease Control and Prevention (en-us) . 11 лютого 2020. Архів оригіналу за 16 червня 2021. Процитовано 30 квітня 2021.
- ↑ SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions [Архівовано 5 лютого 2022 у Wayback Machine.] Dec. 1, 2021 www.cdc.gov, accessed December 7, 2021
