У сучасному вигляді заснована 1993 року після розпаду Чехословаччини та відповідного скасування чемпіонату Чехословаччини з футболу. З сезону 1997—98, у якому було укладено спонсорську угоду з чеською пивоварною компанією Plzeňský Prazdroj, власником торговельної марки «Gambrinus», протягом десяти років мала назву Гамбрінус-ліга.
Участь у турнірі Фортуна:Ліги беруть 16 команд, які протягом розіграшу змагання грають одна з одною дві гри — по одній вдома та у гостях. Таким чином кожен з учасників ліги проводить протягом її розіграшу 30 матчів. Сезон триває з серпня по травень наступного року. Розстановка команд у турнірній таблиці визначається кількістю набраних очок, за їх рівності — різницею забитих та пропущених голів, а у випадку, якщо й ці показники є рівними — кількістю забитих голів. Винятком є визначення чемпіона ліги — якщо найбільшу кількість очок набирають декілька команд, визначальною стає кількість очок, набраних ними в іграх між собою.
Фортуна:Ліга пов'язана відносинами вибуття та підвищення у класі з Другою чеською лігою — по завершенні сезону Синот-лігу полишають дві команди, що набрали найменшу кількість очок, а на їх місце приходять команди, що зайняли перше та друге місця у Другій лізі.