З 2008 по 2018 рік Горст Зеегофер обіймав пост прем'єр-міністра Баварії. З жовтня 2008 року по січень 2019 року голова XCC, а з 2013 по 2018 рік член Баварського ландтагу. З 1 листопада 2011 по 1 листопада 2012 рік Горст Зеергофер був президентом бундесрату.
На федеральному рівні політик був членом Бундестагу протягом 28 років, у 1992—1998 роках — міністр охорони здоров'я і соціального захисту в уряді Гельмута Коля, у 2005–2008 роках — міністр продовольства, сільського господарства та захисту прав споживачів у першому уряді Ангели Меркель.
В грудні 2015 року заявив, що вже настав час переглянути санкції проти Росії та відновити «нормальну атмосферу для перемовин». На його думку, до важливих тем перемовин належить «міграційна криза та усунення причин її виникнення, безпекова ситуація в багатьох регіонах світу та, природно, зв'язок між Україною та санкціями». Також він додав, що «не має ніякого сумніву, що [допомога] Росії необхідна, аби розв'язати численні кризи по всьому світу» (в тому числі, в Сирії)[7][8][9].