Народився 22 лютого1986 року в місті Мендоса. Вихованець футбольної школи клубу «Годой-Крус». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 2003 року в основній команді того ж клубу, в якій провів чотири сезони, взявши участь у 84 матчах чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Естудьянтес», до складу якого приєднався 2007 року. Відіграв за команду з Ла Плати наступні чотири сезони своєї ігрової кар'єри. Більшість часу, проведеного у складі «Естудьянтес», був основним гравцем команди.
2011 року перейшов до португальської «Бенфіки», у складі якої не зміг відразу пробитися до основного склуду через отриману травму коліна. Частину 2012 року провів в оренді у тому ж «Естудьянтесі». Після завершення терміну піврічної оренди повернувся до Лісабона, де поступово став ключовою фігурою у центрі півзахисту «Бенфіки».
2 січня 2015 року за 25 мільйонів євро[1] перейшов у іспанську «Валенсію»[2][3], де провів наступні півтора року своєї кар'єри, після чого 29 червня 2017 року повернувся на батьківщину, ставши гравцем «Рівер Плейта»[4]. Зі столичним грандом Перес у 217 році виграв Кубок та Суперкубок Аргентини. Станом на 7 червня 2018 року відіграв за команду з Буенос-Айреса 18 матчів в національному чемпіонаті.
2 червня 2014 року Перес потрапив у заявку збірної на чемпіонат світу в Бразилії[7], де був запасним гравцем і на поле тривалий час не виходив. Втім після того як основний півзахисник збірної Анхель Ді Марія отримав травму в чвертьфіналі, Перес його замінив у тій грі, після чого став основним гравцем команди, яка дійшла до фіналу турніру, поступившись там збірній Німеччини[8][9].