У Лізі чемпіонів 2016–2017 брали участь 78 команд з 53 асоціацій, що входять до УЄФА (Ліхтенштейн не проводить власний чемпіонат). Асоціації розподіляються по місцях згідно з їхнім рейтингом у таблиці коефіцієнтів УЄФА таким чином:
Асоціації, що займають 1-3 місця, представлені чотирма командами
Асоціації, що займають 4-6 місця, представлені трьома командами
Асоціації, що займають 7-15 місця, представлені двома командами
Асоціації, що займають 16-54 місця, представлені однією командою (окрім Ліхтенштейну)
Переможці Ліги чемпіонів УЄФА та Ліги Європи УЄФА сезону 2015—2016 отримають додаткове місце, якщо вони не завоюють права виступу в Лізі чемпіонів УЄФА у змаганнях своєї асоціації.
Для Ліги чемпіонів УЄФА 2016—2017, асоціації отримують квоти відповідно до їх коефіцієнтів у рейтингу країни УЄФА, який бере до уваги їхні здобутки в єврокубках з 2010—2011 по 2014—2015 років[3][4].
Позначення:
(ЛЄ) – додаткова путівка через те, що переможець Ліги Європи потрапив до Ліги чемпіонів
^Косово стало членом УЄФА 3 травня 2016 року[5]. УЄФА вирішила, що чемпіон Косова зможе взяти участь у розіграші Ліги Чемпіонів 2016-17, починаючи з першого відбіркового раунду, якщо відповідатиме критеріям відповідно до статті 15 УЄФА з ліцензування клубів і фінансового Fair Play. Ця оцінка була проведена адміністрацією УЄФА до 31 травня 2016 року[6]
. Проте, представник Косова, Феронікелі, переможець Чемпіонату Косова з футболу 2015—2016, в червні отримав відмову від УЄФА у зв'язку з відсутністю вимог ліцензування, а також через те, що клуб не може забезпечити відповідний стадіон та УЄФА не дозволяє їм проводити домашні матчі в іншій країні.[7][8]
^Албанія (ALB):Скендербеу, переможець Чемпіонату Албанії з футболу 2015—2016, кваліфікувався до другого кваліфікаційного раунду, але був виключений з участі в єврокубках сезону 2016—2017 Органом УЄФА з Фінансового Контролю Клубів через договірні матчі.[11][12] Отже, путівка надана Партизані, що зайняв 2-е місце.
У кваліфікаційних раундах і плей-оф команди розподіляються на сіяні та несіяні відповідно до їхнього рейтингу у таблиці коефіцієнтів УЄФА — 2016, за якими проводиться жеребкування, що розподіляє пари у двоматчевому протистоянні.
У груповому раунді беруть участь 32 команди: 22 команди, які одразу проходять в груповий етап та 10 переможців відбору (5 переможців шляху чемпіонів та 5 переможців шляху нечемпіонів).
32 команди будуть розподілені за клубним рейтингом УЄФА 2016. Володар трофею та чемпіони перших 7 за рейтингом асоціацій автоматично потрапляють у 1-й кошик. За допомогою жеребкування команди будуть розподілені на 8 груп по 4 команди у кожній. Команди з однієї асоціації не можуть бути в одній групі.
У кожній групі команди грають одна з одною по 2 матчі: вдома та на виїзді (по круговій системі). Команди, що посіли перше та друге місця виходять у плей-оф. Команди, що посіли треті місця вибувають до Ліги Європи УЄФА.
У плей-оф команди зіграють з суперниками по два матчі (вдома та на виїзді) в кожному раунді, крім фіналу (один матч). Жеребкування усіх раундів відбувалося за наступним принципом:
1/8 фіналу
Вісім команд, що посіли перше місце у групі будуть сіяні, вісім команд, що посіли друге місце у групі, будуть несіяні. Сіяні команди будуть грати з несіяними; несіяні команди перший матч гратимуть вдома, а сіяні гратимуть вдома другий матч. Команда не може грати проти команди з своєї групи або асоціації.
1/4 фіналу
Поділ на сіяних і несіяних відсутній, команди з однієї групи чи асоціації можуть грати одна проти одної.