Наноархеоти

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до: навігація, пошук

Наноархеоти (лат. Nanoarchaeota) — четвертий тип в домені Археї[1]. Відкритий в 2002 рік у[2].

Єдиний відомий на сьогодні вид — Nanoarchaeum equitans. Його представники можуть розвиватися тільки сукупно з археями роду Ignicoccus (що належить до типу Crenarchaeota), це є унікальне явище для архей. На одній клітці Ignicoccus селиться від 2 до 4 клітин Nanoarchaeum equitans, діаметр яких 0,35-0,50 мкм. У місці контакту клітин прикріпних структур не виявлено. Відділення Nanoarchaeum equitans від клітинIgnicoccusможе бути викликано м'яким впливом ультразвуку. При спільному культивуванні в штучних умовах на пізній експоненційної фазі росту спостерігалося самостійне відділення близько 80% клітин Nanoarchaeum equitans від Ignicoccus.
Метаболізм Nanoarchaeum equitans поки не відомий. Вони не розмножуються у відсутності живих клітин Ignicoccus. Nanoarchaeum equitansсуворі анаероби. Температура, при якій живуть ці археї становить 90 °C.
Їх геном відсеквентований і становить 490 885 пар основ. Це один з найменших клітинних геномів, який поки що вдалося знайти (менший геном у ендосімбіотіческой бактерії Carsonella). У Nanoarchaeum equitans залишилися тільки гени, що відповідають за біосинтез білка, реплікацію, транскрипцію і трансляцію, 95% геному кодує білки.
Nanoarchaeum equitans не можуть синтезувати ліпіди, нуклеотиди і амінокислоти, отримуючи їх від Ignicoccus. Можливо, вони також залежать від енергетичного метаболізму господаря. Швидкість зростання Ignicoccus у чистій культурі і змішаній культурі при невисокій чисельності Nanoarchaeum equitans не розрізняється, але дуже велике число наноархей (кілька на кожну клітину господаря) пригнічує розвиток Ignicoccus. У зв'язку з цим Nanoarchaeum equitans можна розглядати як паразитів, що робить їх єдиними відомими паразитами серед архей.[3]
Nanoarchaeum equitans, виділені з гарячих сірчаних джерел Серединно-Атлантичного хребта на глибині 106 метрів. Пізніше 16s рРНК наноархей з послідовностями, схожими на Nanoarchaeum equitans, виявили в Тихому океані, в гейзерах Йєллоустоуна і Камчатки. Методом FISH встановлено, що всі Nanoarchaeota прикріплюються до клітин інших архей.

Примітки[ред.ред. код]

  1. Див NCBI Nanoarchaeota. NCBI taxonomy resources. National Center for Biotechnology Information. Процитовано 2008-01-28. 
  2. H. Huber,et al.(2002) «A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont»,Nature , 417: 63-7. PubMed entry: [1]
  3. E. Waters, et al. (2003) «The genome of Nanoarchaeum equitans: insights into early archaeal evolution and derived parasitism», PNAS, 100: 12984-8 .

Література[ред.ред. код]

  • Hohn, MJ; Hedlund BP, Huber H (2002). Detection of 16S rDNA sequences representing the novel phylum 'Nanoarchaeota': indication for a wide distribution in high temperature biotopes. Syst. Appl. Microbiol. 25 (4). с. 551–554. PMID 12583716. doi:10.1078/07232020260517698. 
  • Huber, H; Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO (2002). A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont. Nature 417 (6884). с. 63–67. PMID 11986665. doi:10.1038/417063a. 
  • Stackebrandt, E; Frederiksen W, Garrity GM, Grimont PA, Kampfer P, Maiden MC, Nesme X, Rossello-Mora R, Swings J, Truper HG, Vauterin L, Ward AC, Whitman WB (2002). Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 52 (Pt 3). с. 1043–1047. PMID 12054223. doi:10.1099/ijs.0.02360-0. 
  • Christensen, H; Bisgaard M, Frederiksen W, Mutters R, Kuhnert P, Olsen JE (2001). Is characterization of a single isolate sufficient for valid publication of a new genus or species? Proposal to modify recommendation 30b of the Bacteriological Code (1990 Revision). Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 6). с. 2221–2225. PMID 11760965. 
  • Gurtler, V; Mayall BC (2001). Genomic approaches to typing, taxonomy and evolution of bacterial isolates. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 1). с. 3–16. PMID 11211268. 
  • Dalevi, D; Hugenholtz P, Blackall LL (2001). A multiple-outgroup approach to resolving division-level phylogenetic relationships using 16S rDNA data. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2). с. 385–391. PMID 11321083. 
  • Keswani, J; Whitman WB (2001). Relationship of 16S rRNA sequence similarity to DNA hybridization in prokaryotes. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 2). с. 667–678. PMID 11321113. 
  • Young, JM (2001). Implications of alternative classifications and horizontal gene transfer for bacterial taxonomy. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 51 (Pt 3). с. 945–953. PMID 11411719. 
  • Christensen, H; Angen O, Mutters R, Olsen JE, Bisgaard M (2000). DNA-DNA hybridization determined in micro-wells using covalent attachment of DNA. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50. с. 1095–1102. PMID 10843050. 
  • Xu, HX; Kawamura Y, Li N, Zhao L, Li TM, Li ZY, Shu S, Ezaki T (2000). A rapid method for determining the G+C content of bacterial chromosomes by monitoring fluorescence intensity during DNA denaturation in a capillary tube. Int. J. Syst.Evol. Microbiol. 50. с. 1463–1469. PMID 10939651. 
  • Young, JM (2000). Suggestions for avoiding on-going confusion from the Bacteriological Code. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50. с. 1687–1689. PMID 10939677. 
  • Hansmann, S; Martin W (2000). Phylogeny of 33 ribosomal and six other proteins encoded in an ancient gene cluster that is conserved across prokaryotic genomes: influence of excluding poorly alignable sites from analysis. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 50. с. 1655–1663. PMID 10939673. 
  • Tindall, BJ (1999). Proposal to change the Rule governing the designation of type strains deposited under culture collection numbers allocated for patent purposes. Int. J. Syst. Bacteriol. 49. с. 1317–1319. PMID 10490293. doi:10.1099/00207713-49-3-1317. 
  • Tindall, BJ (1999). Proposal to change Rule 18a, Rule 18f and Rule 30 to limit the retroactive consequences of changes accepted by the ICSB. Int. J. Syst. Bacteriol. 49. с. 1321–1322. PMID 10425797. doi:10.1099/00207713-49-3-1321. 
  • Palys, T; Nakamura LK, Cohan FM (1997). Discovery and classification of ecological diversity in the bacterial world: the role of DNA sequence data. Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (4). с. 1145–1156. PMID 9336922. doi:10.1099/00207713-47-4-1145. 
  • Euzeby, JP (1997). List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: a folder available on the Internet. Int. J. Syst. Bacteriol. 47 (2). с. 590–592. PMID 9103655. doi:10.1099/00207713-47-2-590. 
  • Clayton, RA; Sutton G, Hinkle PS Jr, Bult C, Fields C (1995). Intraspecific variation in small-subunit rRNA sequences in GenBank: why single sequences may not adequately represent prokaryotic taxa. Int. J. Syst. Bacteriol. 45 (3). с. 595–599. PMID 8590690. doi:10.1099/00207713-45-3-595. 
  • Murray, RG; Schleifer KH (1994). Taxonomic notes: a proposal for recording the properties of putative taxa of procaryotes. Int. J. Syst. Bacteriol. 44 (1). с. 174–176. PMID 8123559. doi:10.1099/00207713-44-1-174. 
  • Winker, S; Woese CR (1991). A definition of the domains Archaea, Bacteria and Eucarya in terms of small subunit ribosomal RNA characteristics. Syst. Appl. Microbiol. 14 (4). с. 305–310. PMID 11540071. 
  • Woese, CR; Kandler O, Wheelis ML (1990). Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87 (12). с. 4576–4579. PMC 54159. PMID 2112744. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. 
  • Achenbach-Richter, L; Woese CR (1988). The ribosomal gene spacer region in archaebacteria. Syst. Appl. Microbiol. 10. с. 211–214. PMID 11542149. 
  • McGill, TJ; Jurka J, Sobieski JM, Pickett MH, Woese CR, Fox GE (1986). Characteristic archaebacterial 16S rRNA oligonucleotides. Syst. Appl. Microbiol. 7. с. 194–197. PMID 11542064. 
  • Woese, CR; Olsen GJ (1984). The phylogenetic relationships of three sulfur dependent archaebacteria. Syst. Appl. Microbiol. 5. с. 97–105. PMID 11541975.