Невшательська академія була створена в 1838 році пруським королем Фрідріхом Вільямом IV. У 1848 році Велика рада вирішила закрити Академію, а в 1866 році була створена нова «академія» і остаточно перейменована в 1909 році в університет.
Університет Невшателя розташований у самому центрі Французького регіону Швейцарії в Невшателі.
До 2005 року Університет Невшателя проводив навчання за французькою освітньою моделлю з деякими незначними відмінностями. В даний час університет відповідає академічним стандартам Болонського процесу, який пропонує трирівневу систему університетських ступенів, а саме: бакалавра, магістра та докторантуру.