Обговорення Вікіпедії:Проект:Молекулярна біологія

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку

Обговорення, що передувало створенню проекту[ред. код]

З СО Brunei

юзербокс?[ред. код]

Гарний проект, давно пора. Нам треба юзербокс "учасник проекту" та, можливо "цей користувач молекулярний біолог"? Чи останній не треба? Зроблю за кілька днів ;) --Helixitta (ut) 16:38, 1 вересня 2017 (UTC)

Все треба! Додавайся до списку. --Brunei (обговорення) 19:34, 1 вересня 2017 (UTC)

Категоризація[ред. код]

Вітаю, Sergento. Слухай, так там де є якась категорія нижче за білки, може не будеш ставити некатегоризовану категорію? Бо тоді їх все одно треба розбирати вручну, а там уже більше 6 тисяч статей...

І до речі: додайся до учасників проекту. Щоб усі бачили, як нас багато. :-) --Brunei (обговорення) 15:36, 8 вересня 2017 (UTC)

А тої категоризації, що бот вміє робити, достатньо? Він може пропускати щось із того, що можна було б додатково вручну поставити. Чи не нагнітати-таки і вважати їх категоризованими вже? --Sergento 15:52, 8 вересня 2017 (UTC)
А більшість статей усе одно доведеться перекатегоризовувати у нижчі категорії, які ще навіть не створені. Треба лише щоб на стартовому етапі можна було б розібратися. Бо я навіть при поверхневому перегляді на знайомі абревіатури списку з 3 тисяч статей доповз тільки до L. --Brunei (обговорення) 16:42, 8 вересня 2017 (UTC)

До речі, треба якось перейменувати ті всі категорії "гени на N-хромосомі" бо це все "гени на N-хромосомі людини", а не миші чи дрозофіли (у дрозофіли, до речі, більше 4 немає хіхі). А так читачі можуть вирішити, що це ген на першій хромосомі у будь якого виду, коли це лише про людину. Але мені страшно перейменовувати бо вже там так багато статей! --Helixitta (ut) 10:11, 9 вересня 2017 (UTC)

до цих категорій статті розкидує шаблон, тому насправді там не так багато змінювати. оскільки наш шаблон зараз і так на людей заточений, то змінити категорію на людську не має бути дуже неправильним. --Sergento 18:17, 9 вересня 2017 (UTC)

Переробка статті[ред. код]

@Sergento:, а чи можна ботом створити нормальну статтю на місці оцього? Чи взагалі можна ним переробляти наявні статті? Кілька десятків кандидатів набереться, думаю.--Brunei (обговорення) 17:19, 28 вересня 2017 (UTC)

Якщо мається на увазі перезатерти новим (шаблонним) – то так. Якщо маєш перелік кандидатів, то можеш прямо тут писати, я ними займуся. --Sergento 17:28, 28 вересня 2017 (UTC)
Класно! Переліку нема, але час від часу натикаюся, тепер буду сюди збирати. До речі, а гени закінчилися вже? --Brunei (обговорення) 17:41, 28 вересня 2017 (UTC)
Ті два вже перезалив. Як докидуватимеш – буду їх теж. Так, ті гени, що були на вікіданих уже всі пройшов. --Sergento 09:05, 29 вересня 2017 (UTC)

Статті на переробку[ред. код]

В процесі[ред. код]

Нема опису на Вікіданих[ред. код]

  • KC6[en]
    щось дивне. РНК-ген? наразі не знаю, що з ним робити. --Sergento 10:24, 26 квітня 2018 (UTC)

Псевдогени[ред. код]

Поки неясно, що з ними робити. Нехай будуть окремо.

  • en:OR10G2, en:OR3A4, en:OR4K3, en:OR8G2, en:OR10G6, en:OR2J1, en:OR52E5, en:OR2AJ1, en:OR1F2, en:OR1D4, en:OR2J1, en:OR2W5, en:OR5AY1. Тут частина псевдогени, але ми ж не боїмося їх, правда? Та й Вікіпроект:Кількість буде задоволений.
    з цих, здається, один лиш вийшло зробити. насправді, з псевдогенами мій скрипт поки не працює, оскільки мені не дуже зрозуміло, яку інфо туди поміщувати. з білок-кодуючими генами процес такий: бот на ВД дивиться, який білок він кодує. на сторінці білка у ВД читає ідентифікатор Юніпрот і за ним ломиться на Юніпрот. Звідти бере інші дані, включно з примітками. тут якщо немає білка – я не можу потрапити на Юніпрот і взяти дані звідти. Треба якось інакше підправляти, але я не знаю як. Що для цих генів можна написати в статті? звідки діставати те, що можна написати? --Sergento 10:24, 26 квітня 2018 (UTC)
  • en:HSPA7 створити.
  • en:OPRD1 створити

Структури білків etc.[ред. код]

Є Нема (к-ть вхідних посилань)
Первинна структураПервинна структура білків
Вторинна структура (17)
Вторинна структура білків (7)
Вторинна структура РНК (1)
Третинна структура, Третинна структура білків Третинна структура РНК (1)
Четвертинна структураЧетвертинна структура білків

Вітання! Я от зауважив, що пан Brunei додав до запитів сторінку Вторинна структура, і згадав про деяку давно помічену неупорядкованість у цьому напрямі...
Отож, рівні організації біомолекул. Хотілося би поспонукати Вас до упорядкування статтей про первинну, вторинну і так далі будови білків/нуклеїнових кислот, і, можливо, оформлення всього цього у вигляді красивого шаблончику, щоб от вийшло щось на кшталт отакого.

На цей момент ситуація така →
(спойлер: а в інтервіках там капець який вінегрет)
Дякую за увагу. --Олег.Н (обговорення) 20:13, 6 жовтня 2017 (UTC)

О, гарне спостереження! Дякую. Будемо лупати. --Brunei (обговорення) 22:08, 6 жовтня 2017 (UTC)
Поки так: Шаблон:Структура біомолекул.--Brunei (обговорення) 22:50, 6 жовтня 2017 (UTC)

«Шаблонізація» і доопрацювання статей про білки.[ред. код]

Шановні учасники проекту. А саме @Sergento: та @Brunei:.

Свого часу надибав статтю про білок із позначкою "сирота", у англвікі стаття не сирота, але завдяки відповідному шаблону. Створив Шаблон:Нюхові рецептори шляхом перекладу відповідного аналога у англвікі.Після створення шаблону почав монотонно вставляти відповідний шаблон у всі статті із шаблону, попутньо виправляв непрямі посилання (Приклад: приклад OR4F5). А сьогодні випадково натрапив на іншу гілку білків (наприклад: SLC22A18AS), і вирішив, що вже точно не здужаю їх усі. Не вистачить терпіння. )

Пропозиція така, для всіх таких, і аналогічних статей про білки, для початку створити шаблони, а потім запустити бота, який би відредагував усі підшаблонні білки. --Dars (обговорення) 09:24, 3 грудня 2017 (UTC)

Вітаю. Дякую за роботу, класна ідея. Воно, звісно, до кінця сиротинство не вилікує (будуть кластери ізолятів), для того треба створювати узагальнюючі статті по родинах білків. Але й так буде вже значно краще. Давайте перекладати шаблони, я за. Щодо бота - питання до Sergento. Потихеньку розставляю посилання зі статей про медпрепарати та хвороби. Звісно, це теж невелика частина всіх білків. --Brunei (обговорення) 19:43, 3 грудня 2017 (UTC)
Я правильно розумію, що пропонується ботом проставити навігаційний шаблон у статтях, на які цей шаблон посилається? якщо так, то це має бути нескладно запрограмувати. --Sergento 08:34, 4 грудня 2017 (UTC)
Можу «постворювати» шаблони, тільки можна десь знайти цей список білків? --Dars (обговорення) 13:49, 4 грудня 2017 (UTC)
Dars Ми з Sergento кожен подумали, що питання було задано іншому, а тому скромно промовчали ). А який список? Повний список ізольованих статей про білки (17 тисяч з копійками) можна зробити за допомогою сервісу, а некатегоризовані білки (більше 15 тисяч) лежать у Категорія:Некатегоризовані білки.--Brunei (обговорення) 14:18, 27 лютого 2018 (UTC)

Дві однакові статті через те що двоє ід на вікіданих[ред. код]

Всім привіт. Маємо оказію дубліката білка тому що є дві вікідата сторінки d:Q305481 та d:Q18026453. Ідентифікатори в них по білкам/генам збігаються (правда в одній є дані яких немає в іншій, але ті що є збігаються) і амінокислотна послідовність в них однакова. Скоріше за все бот, що створював ці вікідата сторінки, коли заливав другий елемент, не знайшов першого. Як це сталося можу лише здогадуватись. А ми, відповідно, маємо дві статті про білки. Однакові) Тому мабуть ці елементи треба об'єднати... Але я не дуже добре знаю як це робиться (дві мої останні спроби якоїсь об'єднувальної активності на вікіданих були не дуже вдалими бо в цих елементах не збігалися параметри) ну і є ще мишачий d:Q18267957, на який посилається одна з наших статей, але не інша. Все заплутано) Тому help plese. --Helixitta (t.) 23:42, 10 лютого 2018 (UTC)

@Helixitta: Я не спеціаліст з білків, але можу допомогти з Вікіданими. Зараз ці елементи не дає об'єднати наявність двох статей у Вікіпедії. Коли ці статті будуть об'єднані, тоді можна буде об'єднати й елементи, тож спочатку треба об'єднати наші статті — NickK (обг.) 19:36, 11 лютого 2018 (UTC)
Статті ідентичні, перетворив новішу на перенаправлення.--Brunei (обговорення) 20:57, 11 лютого 2018 (UTC)
YesТак Зроблено Об'єднав у Вікіданих.--Brunei (обговорення) 16:10, 14 лютого 2018 (UTC)
Класно, спасибі!--Helixitta (t.) 19:07, 14 лютого 2018 (UTC)

Про ДНК[ред. код]

Якщо когось цікавить, то тут Обговорення:Дезоксирибонуклеїнова кислота відбувається обговорення майбутнього вибраної статті про ДНК. )--Brunei (обговорення) 16:26, 23 лютого 2018 (UTC)

Ну "вона працює" ... Повільно, правда, але цю статтю я дороблюю. А от РНК чи білки варто було б доробити комусь. --Helixitta (t.) 21:50, 23 лютого 2018 (UTC)

Топ-100[ред. код]

Зробив екстракцію з Вікіпедія:Проект:Молекулярна біологія/Статистика#Топ-100. Тепер можна працювати з найважливішими статтями, зібраними тут: Вікіпедія:Проект:Молекулярна біологія#Популярні статті низької якості. Дві білкові ботозаготовки резистин та еластин потрапили до Топ-100 проекту, вже не дарма працювали. :-)--Brunei (обговорення) 18:50, 6 березня 2018 (UTC)

Категоризація ферментів[ред. код]

Вітаю. У нас є низка категорій ферментів типу Категорія:КФ 6.1, які скальковано з англійської Вікіпедії. Щоб дізнатися, що ховається за номером 6.1, в англомовних можна звернутися до статті en:List of EC numbers (EC 6). У нас таких статей нема, треба гуглити. Напам'ять цю класифікацію навряд чи знають навіть найкращі біохіміки. У той же час Категорія:Аміноацил-тРНК-синтази несе певний сенс, який можна вгадати з назви, навіть не знаючи, що то за ферменти, але маючи базові знання з біології. Тому пропоную ліквідувати номерні категорії, а залишити лише словесні назви, заливши в описі цих категорій повідомлення про відповідний шифр групи ферментів (чи точніше - щифр реакцій, що вони каталізують).--Brunei (обговорення) 14:30, 4 травня 2018 (UTC)

А як в цьому випадку виглядатимуть інтервікі? --Олег.Н (обговорення) 15:58, 4 травня 2018 (UTC)
Буває по-різному. Звісно, англійська версія домінує, у наведеному прикладі буде EC 6.1. Але, скажімо, для Категорія:Кінази (замість наявної Категорія:КФ 2.7) серед інтервікі буде de:Kategorie:Kinase. Нам нема звідки взяти однозначний приклад, бо в англвікі категоризаційний хаос, а в німецькій не так багато білків, як у нас.--Brunei (обговорення) 11:59, 5 травня 2018 (UTC)
  • Ну що, жодних заперечень не надійшло. Попередній підсумок: ліквідувати КФ, замінити на тривіальні назви.--Brunei (обговорення) 23:01, 12 травня 2018 (UTC)

Підсумок[ред. код]

Домовились ліквідувати (перенаправити, де можливо) номерні категорії типу Категорія:КФ 6.1, а залишити лише словесні назви типу Категорія:Кінази, заливши в описі цих категорій повідомлення про відповідний шифр групи ферментів (чи точніше - щифр реакцій, що вони каталізують).--Brunei (обговорення) 09:29, 8 серпня 2018 (UTC)