Обговорення Вікіпедії:Проєкт:Молекулярна біологія

Хочете поговорити? Ласкаво просимо обговорити питання:

Будь-які з біології

Про риб

Про комах і павуків

Про білки й гени

Про птахів

Обговорення, що передувало створенню проекту

З СО Brunei

Заливка білків

Вітаю! Подивився сюди і на заготовки у інших мовних розділах, але зрозумів, що не дуже розумію, що можна і треба заливати звідти у Вікі. Можеш пояснити, будь ласка, що там на сайті за вкладки, яку інфо про білки з них брати і куди її записувати (себто, у нас є уже якийсь шаблон, який можна використати як картку білка, напр?). Для початку :) Може @Helixitta: ще щось підкаже з цього приводу? Вона ніби теж такою заливкою цікавилася. --Sergento 11:20, 7 грудня 2015 (UTC) Є Шаблон:Білок. А вони робили з pdb? Бо мені той банк не дуже самій добре зрозумілий. uniprot в цьому сенсі набагато легший (IMHO) Але то таке. Приклад. Треба зробити статтю бета-актин. З pdb і uniprot на той же білок (мишачий): {{Білок | назва = Actin, cytoplasmic 1 | зображення = треба шукать | ширина_зображення = | підпис_зображення = | символ = Actb | інші_символи = Beta-actin | атх_префікс = | атх_суфікс = | атх_дод = | номер_CAS = | CAS_дод = | DrugBank = | EntrezGene = | HGNCid = | OMIM = | PDB = х. з. бо там не зрозуміло | PDB_дод = | RefSeq = NP_031419.1 (з uniprot, в pdb нема) | UniProt = P60710 | код_ферменту = | хромосома = людські лише, тому тут нічого | плече = людські лише | смуга = людські лише | локус_дод = людські лише }} + є трохи підпису А це популярний білок. + нашому шаблону {{Білок}} явно не вистачає полів, напр MGI, Pfam. --Helixitta (обг.) 15:56, 7 грудня 2015 (UTC) Я правильно розумію, що в результаті заповнення цієї картки, вийде таблиця з купою лінків на різні бази? і я правильно розумію, що ніякого тексту, хоча б мінімального, бот зварганити не зможе? ну, напр. це білок, який належить до такої-то родини, містить стільки-то амінокислот і ще щось? ну аби стабик вишов мінімальний хоч, але повноцінний. Я б сам собі відповів на ці питання, але ці бази явно для науковців роблені, не розумію, де там що означає... --Sergento 22:01, 7 грудня 2015 (UTC) Там є текст. Але він англомовний. Напр, з питанням про бета актин: "Function: Actins are highly conserved proteins that are involved in various types of cell motility and are ubiquitously expressed in all eukaryotic cells. Subunit structure: Polymerization of globular actin (G-actin) leads to a structural filament (F-actin) in the form of a two-stranded helix. Each actin can bind to 4 others." Я не знаю, що в такому випадку можна зробити. Автопереклад? --Helixitta (обг.) 22:59, 7 грудня 2015 (UTC) Цей текст то ясно, що не дуже піде. Я про те, що написати, напр, що він кодується генами сьомої хромосоми (це я знайшов там), було б добре може вказати, якими саме (якщо там є про це десь написано), може коли і ким він відкритий. Тобто якась така інфо, що бот міг би скомбінувати в речення. Може воно не матиме особливої наукової цінності, але виглядатиме стабом, а не самим шаблоном. Он, наприклад, навмання взятий стаб про астероїд із заливки 25725_Маккормік. Там крім картки є два куценьких речення, в яких, в принципі, нема нічого цікавого, але які надають сторінці вигляду стабу. Ну і є розділ з примітками, лінком на список атероїдів, джерелами і кілька навігаційних шаблонів. Цілком стерпний стаб. Давайте й тут щось таке? Щоб допоки хтось перекладатиме текст з подробицями, стаття уже могла існувати і на неї могли бути робочі посилання. --Sergento 08:40, 8 грудня 2015 (UTC) Добре було б цю всю інформацію з картки ще й описати словами. Щоб потім менше було перекладати.--Oleksandr Tahayev (обговорення) 09:25, 8 грудня 2015 (UTC) @Helixitta та Brunei: Бот наразі може масово штампувати такі заготовки. Якби ви глянули, висловили своє фахове «фє», то можна було б щось вдосконалити. А потому і починати заливати. Особисто я хотів би почути ідеї щодо пошуку вже залитих на Сховище зображень цих сполук і щодо якогось навігаційного шаблоника. Ну і інші ідеї й питання висловлюйте обов'язково. --Sergento 21:21, 9 грудня 2015 (UTC) Ой, це вже дуже класно. А воно все-все автоматично робить? Бачу, що сергобот, але може ж різне бути. Бо якщо воно все само то зробило, то це просто супер класно! Одразу питання — а що з тими білками, яких у людини немає? Бо тут воно відправляється в категорію «білки такої-то хромосоми» людини. От хітинази, чи багато яких, там рослинні та ін. не може бути відправлений в ту категорію, бо не закодований у людини. Про зображення подумаю. --Helixitta (обг.) 16:32, 10 грудня 2015 (UTC) Є ідея щодо зображення. Як щодо того, щоб витягувати з Вікіданних? --Максим Підліснюк (обговорення) 18:31, 10 грудня 2015 (UTC) ААА, я зовсім забув про Вікідані і інтервіки. В принципі, показ зображення із вікіданиих можна прямо у шаблоні налаштувати. Але ясна річ тоді воно працюватиме тільки якщо на ВД це зображення є і тільки якщо правильно встановлені інтервіки. Тоді ще питання: як дізнатися правильний запис на ВД для статті, яка тільки створюється... ботом...--Sergento 21:18, 10 грудня 2015 (UTC) я б спробував [[File:{{subst:wikidata/p18}}]] --Максим Підліснюк (обговорення) 21:30, 10 грудня 2015 (UTC) так, із зображенням так, я десь це бачив недавно. Але воно працює, тільки коли сторінки вікіданих правильно прив'язана. Але знову повертає до питання про те, як дізнатися правильний запис на ВД для статті, яка тільки створюється... ботом... --Sergento 21:54, 10 грудня 2015 (UTC) Я б брав по назві в англів і прив'язував. А файл можна додати другим проходом. --Максим Підліснюк (обговорення) 21:58, 10 грудня 2015 (UTC) Так, мабуть так і буде. Коли не було ВД було постіше у цьому плані - ставив локально інтервік на англ, а там фахові боти їх синхронізували. А тут ще десь щось інше шукати треба....--Sergento 22:05, 10 грудня 2015 (UTC) По-перше, так, це воно автоматично. тобто, у той текст сторінки, який завантажив бот, я жодної ручної правки не вносив. Звісно, у коді можуть бути якісь баґи, бо не можна усе виявити і передбачити зробивши тільки один білок, але я певен що за 10-20 білків переважну більшість проблем можна буде виявити і вирішити і що далі він змогтиме працювати доволі самостійно. Якщо є якась інформація у якійсь із БД, яку ти вважаєш за необхідне додавати (не речення тексту, бо з цим скрутно) - кажи, можливо це можна також додавати автоматично. Якщо щось поміняти місцями, виправити, переформулювати - кажи, бо я не фахівець і написав у міру своїх скромних можливостей. Бачиш що уже є і речі такого роду можна робити автоматом. По-друге, щодо того, чого нема у людей. Чомусь вирішив, що для початку варто позаливати усе, що є, наприклад, у "Chromosome%201" такому списку, тобто спочатку першу хромосому, потім другу і так поки усе не заллється. Людських. Принаймні, наш шаблон Білок при підстановці параметрів локуса скеровує усе на людські хромосоми (я його переписав і додав полів, про які ти говорила, але цієї приив'язки не чіпав), тому й код робив з такою ж прив'язкою. Ну але це можна виправити. Можна, наприклад, дивитися, що написано в полі Organism і залежно від значення перенаправляти в іншу категорію. Наприклад, не писати "Білки 7-ї хромосоми людини" (чи якої там за ліком) як для людей, а писати натомість щось на кшталт "Білки виду Mus musculus". Це можна буде робити автоматично. Так пішло б? Чи почнемо спочатку з людських, а тоді вже думатимемо? --Sergento 21:18, 10 грудня 2015 (UTC) Тепер шаблон Білки братиме зображення з ВікіДаних, якщо воно там є. Це спрацювало, наприклад, для білка Аннексин_А3 --Sergento 21:10, 11 грудня 2015 (UTC) А можна пропозицію — заливати на Вікідані і підтягувати в шаблон звідти? --Ілля (обговорення) 06:54, 15 грудня 2015 (UTC) А на Вікіданих отримати прапорець бота сильно проблематично? --Sergento 10:04, 15 грудня 2015 (UTC) @Sergento та Максим Підліснюк:,Brunei, в цьому році ми зможемо розпочати заливку білків? На якій стадії ми знаходимось? — Green Zero обг 02:27, 26 грудня 2015 (UTC) На одному з ВЧ говорили про це, досягли деяких домовленостей, які тепер треба почати виконувати. З того, що маю зробити я - внести деякі поправки у стаб. Геліксітта наобіцялася скласти список найбільш значимих білків, з яких варто почати заливку (це те, де без фахівця не обійтися). Ну і як матимемо список, подумаємо ще раз, як ефективніше зробити переклад основної функціональності білків для стабів, аби вони містили якусь не лише табличну інформацію. На цьому етапі можливо можна буде підключити інших небайдужих вікіпедистів. Вважаю список білків ключовим елементом наразі. --Sergento 08:56, 26 грудня 2015 (UTC) я пам'ятаю, я не забула! (просто гальмую і під кінець року накопилося купа справ) але все зроблю. Сподівання на наступний тиждень.--Helixitta (обг.) 09:21, 26 грудня 2015 (UTC) Добре, тоді будемо координуватись на цій СО, якщо пан Brunei не проти.:) Я ніц не розумію в цих білках, але я у вашій групі підтримці!:) Ми це зробимо! — Green Zero обг 11:46, 26 грудня 2015 (UTC) Додав у списку літератури посилання на бази публікацій і зробив текст/категорії залежними від біологічного виду. --Sergento 18:48, 28 грудня 2015 (UTC) Дякую усім, хто взявся за цю роботу та долучився тут до обговорення! Почувайтеся тут вільно - як тільки розгрібуся з нагальними справами, одразу підключуся до білкового проекту. --Brunei (обговорення) 13:37, 29 грудня 2015 (UTC) я перекинула обговорення сюди. А ще відкрила наші плани широкому загалу хунти біологів тут Обговорення Вікіпедії:Проєкт:Біологія#Заливка білків у Вікіпедію --Helixitta (обг.) 16:56, 6 січня 2016 (UTC) @Helixitta: Ви не забули, що список обіцяли? :) -- Green Zero обг 17:21, 7 травня 2016 (UTC) список то я знайшла Обговорення користувача:Sergento/Архів 2016#Білки най-най-най але от далі шо робити — не думала і не знаю. Я — slowpoke... --Helixitta (ut) 18:27, 7 травня 2016 (UTC) Білки далі @Helixitta:@Green Zero:@Sergento:@Максим Підліснюк: Колеги, я нарешті прийшов до тями і готовий взятися за білки. Спробую підсумувати попередні пропозиції і висловити власні. UniProt гарний, але захищений АП, на відміну від вільного PDB. Можливо, все-таки можна тягнути з UniProt окремі речі? Щодо списку. Ось тут є база даних білків людини по групах. Чи можна її використати? Раніше було запропоновано почати з цього списку. Щодо назв. Давайте почнемо з англомовних абревіатур, а перекладати будемо вручну пізніше, бо україномовні назви є у мізеру білків. Щодо основного тексту статті. В УніПрот є додаткові поля з ключовими словами. Наприклад тут це: Keywords - Molecular function: Calcium channel, Ion channel, Voltage-gated channel Keywords - Biological process: Calcium transport, Ion transport, Transport Keywords - Ligand: Calcium Чи можна це представити текстом типу Виконує функцію як кальцієвий канал, іонний канал, потенціалзалежний канал. Задіяний у таких біологічних процесах як кальцієвий транспорт, іонний транспорт, транспорт. Лігандом до цього білка є кальцій.? Щось ще? Мені здається, що ми впораємось. --Brunei (обговорення) 14:25, 2 липня 2016 (UTC) А хіба дані про білки не ті самі на різних базах? Тобто, що саме у базі білків захищене АП? Щодо назв, мається на увазі робити так, як колись було спробувано тут: Користувач:SergoBot/ACTB? Взагалі, є код який робить такий стаб. Я за те, аби відштовхуватися від нього. Себто, пропонувати поправки до цього шаблону, бо так простіше побачити, що виходить і що хочеться отримати. Ключові слова можна розпарсити і підставити до тексту статті у такому вигляді як ти пропонуєш. Інше питання, що ці ключові слова треба для того поперекладати на українську (зробити словник відповідників). Я не знаю, чи вони повторюються. Якщо є кому перекладати – можна, теоретично, пройтися білками і позбирати там ключові слова, які треба перекласти. А перекладати можна й усією громадою. --Sergento 17:16, 2 липня 2016 (UTC) Насправді, думаю, нічого, окрім дизайну сайту. Так, я думаю, приклад ACTB гарний. Ключові слова точно повторюються - на те вони й ключові слова. У цій базі є основні функціональні групи білків. Де буде список і куди перекладати ключові слова?--Brunei (обговорення) 19:29, 2 липня 2016 (UTC) Що означають основні функціональні групи і чим вони можуть допомогти при заливці? Список ключових слів треба спочатку скласти. Не думаю, що принципово де саме він буде розміщений. Аби був доступний :) Якщо його зробити у вигляді таблиці, то переклад можна поміщати просто у сусідній комірці. Наприклад, так: Calcium channel кальцієвий канал Ion channel іонний канал Voltage-gated channel потенціалзалежний канал Імхо, треба просто для початку почати з якихось білків і зібрати з них ключові слова. Напр, з тієї топ-1000, що Геліксіта колись знаходила. Чи є інша пропозиція, з чого починати? --Sergento 20:09, 2 липня 2016 (UTC) Згода, давай починати. Ось для початку список і табличка ключових слів.--Brunei (обговорення) 20:34, 2 липня 2016 (UTC) Ок. Мені не все зрозуміло зі списком. де там таке позначення, як для ACTB? у цій таблиці, схоже, не для всіх білків такий код є. Якби був усюди, я міг би спробувати за ним із UniProt ключові слова ботом витягти. --Sergento 20:57, 2 липня 2016 (UTC) Тепер все є. Друге значення (P, O, Q з номером).--Brunei (обговорення) 10:59, 3 липня 2016 (UTC) Додав, що зміг витягти. Там, як виявилося, не в кожному є такі ключові слова. Он тільки десь дві з половиною сотні набралося (мабуть навіть де є, добряче повторюються). --Sergento 18:09, 3 липня 2016 (UTC) Клас! Звісно, що повторюються. А щодо деяких білків функції неясні. А чому 3 таблички? Я вже першу переклав. Тепер треба розподілити по 3 функціям: молекулярній, біологічній та з чим зв'язується. Це можна зробити автоматично чи тільки вручну? Майже всі такі ключові слова мають бути вікіфіковані, бо в нас є такі статті.--Brunei (обговорення) 21:19, 3 липня 2016 (UTC) Розфасував за заголовками на Uniprot --Sergento 09:48, 4 липня 2016 (UTC) Дякую! Працюю далі. А вікі-посилання одразу вставляти? --Brunei (обговорення) 11:39, 4 липня 2016 (UTC) У переклади? необов'язково. Якщо переклад відповідає назві статті, то бот їх сам потім легко додасть. Якщо назва статті відрізняється від тексту – то хіба у такому випадку. --Sergento 11:48, 4 липня 2016 (UTC) В цілому переклав. Ще окремі речі треба буде доробити, як і все-таки вікі-посилання пошукати. Переробив формулювання по лігандах.--Brunei (обговорення) 16:05, 4 липня 2016 (UTC) ну, виходить десь отаке. Як на мене, перше речення (молекулярні ф-ї) доволі кострубате, але я хз, може воно справді так має бути. --Sergento 21:10, 5 липня 2016 (UTC) Ага, кострубате. Думаю, як виправити. Ще думаю щодо того, як витягнути локалізацію в клітині чи поза нею.--Brunei (обговорення) 15:08, 6 липня 2016 (UTC) Якщо є десь на цих базах – можна витягнути. Якщо покажеш де, може я теж щось придумаю. --Sergento 19:03, 6 липня 2016 (UTC) Там є підрозділ Subcellular location. Окрім того, подумав, а чи можна оновити наш шаблон "Білок" до англійського, додавши туди не тільки людські гени, але й мишачі? --Brunei (обговорення) 17:51, 11 липня 2016 (UTC) Я можу так само пройтися ботом по Subcellular location і повитягати значення. Аби перекласти їх підійде такий же словник, як для молекулярних функцій зробили? Якщо так підійде, то залишиться придумати, як це має виглядати в стабі. Щодо мишей – то початково закладаав у бота розпізнавання виду, за яким зроблено запис в Юніпрот і якщо це не людина, то трішки змінюється текст (замість людей там пишеться латинська назва того виду) і не додається категорія «білки хромосоми людини». Щодо самого шаблону, то він дає посилання на статтю про хромосому людини у полі «локус». Як на мене, це єдине місце, яке треба підрихтувати. Чи треба ще щось додати, крім поля «вид»? --Sergento 19:50, 12 липня 2016 (UTC) Пропоную нову редакцію. Замість Виконує функцію як писати Цей білок за функцією належить до. У табличці повиправляю. Щодо клітинної локалізації: Локалізований у (мітохондріях, цитоплазмі, екзосомах крові тощо). По шаблону цікаво, як вони зробили ортолог (білок миші) ось тут. --Brunei (обговорення) 18:45, 20 липня 2016 (UTC) Додав список слів із клітинної локалізації. Виникло питання, як їх показувати у стабі? Як на Юніпрот, себто списком і зі вкладеннями? + там є така штука, що не для всіх білків вказано код у базі Юніпрот, а деякі з тих кодів типу застаріли. Принаймні, за кодами Q5TCU6,A8MXQ4,A6NIH1,A6NBZ8,A6NE09,A6NE94,Q9UGV6,A6NH40,A6NN80,B1AP83,Q5JNZ9,A6NNZ4,A6NG42,A8MY38,B7WPE9,Q5SZY0 так пише. Може якось можна це пофіксити? Чи поки обідемося без них? В англійський шаблон гляну ще пізніше. Там вони інфо якось із різних сторінок вікіданих збирають, треба розібратися як :) --Sergento 11:25, 21 липня 2016 (UTC) Там зараз десь 30 білків, які «Локалізований Секретований назовні» --188.163.72.24 01:44, 6 лютого 2017 (UTC) Блін, стільки парився з цими виключеннями, а воно все-одно лажа вийшла. Повиправляю. --Sergento 09:22, 6 лютого 2017 (UTC)

юзербокс?

Гарний проект, давно пора. Нам треба юзербокс "учасник проекту" та, можливо "цей користувач молекулярний біолог"? Чи останній не треба? Зроблю за кілька днів ;) --Helixitta (ut) 16:38, 1 вересня 2017 (UTC)

Все треба! Додавайся до списку. --Brunei (обговорення) 19:34, 1 вересня 2017 (UTC)

Категоризація

Вітаю, Sergento. Слухай, так там де є якась категорія нижче за білки, може не будеш ставити некатегоризовану категорію? Бо тоді їх все одно треба розбирати вручну, а там уже більше 6 тисяч статей...

І до речі: додайся до учасників проекту. Щоб усі бачили, як нас багато. :-) --Brunei (обговорення) 15:36, 8 вересня 2017 (UTC)

А тої категоризації, що бот вміє робити, достатньо? Він може пропускати щось із того, що можна було б додатково вручну поставити. Чи не нагнітати-таки і вважати їх категоризованими вже? --Sergento 15:52, 8 вересня 2017 (UTC)

А більшість статей усе одно доведеться перекатегоризовувати у нижчі категорії, які ще навіть не створені. Треба лише щоб на стартовому етапі можна було б розібратися. Бо я навіть при поверхневому перегляді на знайомі абревіатури списку з 3 тисяч статей доповз тільки до L. --Brunei (обговорення) 16:42, 8 вересня 2017 (UTC)

До речі, треба якось перейменувати ті всі категорії "гени на N-хромосомі" бо це все "гени на N-хромосомі людини", а не миші чи дрозофіли (у дрозофіли, до речі, більше 4 немає хіхі). А так читачі можуть вирішити, що це ген на першій хромосомі у будь якого виду, коли це лише про людину. Але мені страшно перейменовувати бо вже там так багато статей! --Helixitta (ut) 10:11, 9 вересня 2017 (UTC)

до цих категорій статті розкидує шаблон, тому насправді там не так багато змінювати. оскільки наш шаблон зараз і так на людей заточений, то змінити категорію на людську не має бути дуже неправильним. --Sergento 18:17, 9 вересня 2017 (UTC)

Переробка статті

@Sergento:, а чи можна ботом створити нормальну статтю на місці оцього? Чи взагалі можна ним переробляти наявні статті? Кілька десятків кандидатів набереться, думаю.--Brunei (обговорення) 17:19, 28 вересня 2017 (UTC)

Якщо мається на увазі перезатерти новим (шаблонним) – то так. Якщо маєш перелік кандидатів, то можеш прямо тут писати, я ними займуся. --Sergento 17:28, 28 вересня 2017 (UTC)

Класно! Переліку нема, але час від часу натикаюся, тепер буду сюди збирати. До речі, а гени закінчилися вже? --Brunei (обговорення) 17:41, 28 вересня 2017 (UTC)

Ті два вже перезалив. Як докидуватимеш – буду їх теж. Так, ті гени, що були на вікіданих уже всі пройшов. --Sergento 09:05, 29 вересня 2017 (UTC)

• У нас є стаття Аденозин-дезамінази РНК, яка описує родину, куди належать 3 гени: ADARB1, ADARB2 і тут має бути ADAR. Створи його, будь ласка.--Brunei (обговорення) 09:43, 9 жовтня 2017 (UTC)

Статті на переробку

Перероблені статті

Еластин Так Pdx1 Так Аланінамінотрансфераза (потім об'єднаємо) Так Аспартатамінотрансфераза (потім об'єднаємо) для цього на Вікіданих сторінка не схожа на генову, там нема ніякої інфи ні про білок, ні про хромосоми, ні іншого, тому тут мій бот зовсім безсилий :( --Sergento 12:05, 12 січня 2018 (UTC) Нічого, тут перепишемо вручну (чи Вікідані). А є десь список білків одним файлом, там унизу Dars прохав?--Brunei (обговорення) 13:10, 12 січня 2018 (UTC) Якщо чесно, я не дуже зрозумів який список вимагається і думав що то до тебе питання. Список усіх білків? Їх же якось за шаблонами (функціями) поділити треба. --Sergento 13:43, 12 січня 2018 (UTC) Інсуліноподібний фактор росту 1 Так CaMK2A Так Передсердний натрійуретичний фактор тут багато тексту. його точно треба перезаписати? --Sergento 13:36, 1 лютого 2018 (UTC) Так, перезапишу потім.--Brunei (обговорення) 21:21, 9 лютого 2018 (UTC) Можна створити підсторінку, а потім я об'єднаю.--Brunei (обговорення) 14:04, 1 лютого 2018 (UTC) Загнав сюди Користувач:SergoBot/Передсердний_натрійуретичний_пептид. Видали потім, будь ласка, як не треба буде. --Sergento 14:35, 1 лютого 2018 (UTC) Також чомусь не створився оцей важливий білок Муцин-2, що є на вікіданих. Так CXCL12Так Галектин-3Так FOXP3Так Бета-2-мікроглобулінТак Гістамін N-метилтрансферазаТак PRDM9Так NFS1Так Рецептор інсуліноподібного фактору росту 2 типуТак Протеїн-тирозин-фосфатаза нерецепторного типу 1Так BRAF (ген)Так NRIP1 Так Менін Так FOXP2 Так CHEK2 Так CDK5R2 Так Цистатин C Так Парвальбумін Так Оклюдин Так Коактиватор ядерних рецепторів 3 Так Аннексин А3 Так Альфа-синуклеїн Так mTOR Так Альфа-фетопротеїн Так Замість перенаправлення Src (ген) треба створити аналог en:Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src Так Рецептор ліпопротеїнів дуже низької щільності Так RB (білок) Так Кіназа Aurora B Так АпоЕ-рецептор 2 Так DAB1 Так але тут немає на ВД інфо про хромосому. це тре доповнити, або переформулювати текст тоді. Рецептор ліпопротеїнів низької щільності Так Прото-онкоген RET Так Рецептор інсуліноподібного фактору росту 1 типу Так Ренін Так Пролактин Так Матриксний Gla-протеїн Так Нейрогранін є NRGN. якщо я правильно розумію, то їх треба об'єднати Так Рилін Так зробив Рилін/test Ангіогенін Так PTEN Так Трицелюлін Так en:PARK11 створити в елементі, прив'язаному до цієї англ статті нема опису. За пошуком PARK11 вікідані видають d:Q18037939 (як одну з назв), а для цього елемента стаття у нас створена. Дипептидаза 2 є сторінка DPEP2. Там швидше за все треба їх об'єднати, чи правильно розставити інтервіки. Чи шось інше.Так Тромбін Це стаття прив'язана до елементу білка. Створив статтю, прив'язану до елементу гена F2. Треба їх об'єднати, чи залишити,, чи хз як. Там у обидвох є інтервіки. Тромбопоетин зробив Тромбопоетин/test Еритропоетин Так en:CYP2J2 створити Так ARAF Так Глюкозозалежний інсулінотропний поліпептид Так ТромбопластинТак АцетилхолінестеразаТак ЛізоцимТак ABCC7Так зробив сторінку Регулятор трансмембранної провідності при муковісцидозі. Там уважно тре з інтервіками. Їх або об'єднати, або рознести зовсім. В інших розділах ABCC7 відповідає зараз статтям з іншими назвами. Глутарил-КоА-дегідрогеназаТак КальцитонінТак Ендотеліальна ліпаза є сторінка LIPG. як я розумію — це він.Так

В процесі

• Нема OPN1LW Так (тут я використав для генерації цей білок, оскільки на ВД гена не вказано, що він кодує у людей. Зазвичай там є заповнений параметр «кодує». Тому якщо це не підходить, то тре переробити)

  Подивлюся пізніше, там дійсно якась проблема--Brunei (обговорення) 16:06, 16 лютого 2018 (UTC)

• d:Q5324714

  цей нинішнім кодом не можу залити. крім того що немає на ВД нічого, то ще й з іншими сайтами не дуже зрозуміло що, з тим же UniProt. Там я не знайшов записів для цього гену для Homo Sapiens.

• ATXN8OS

  цей нинішнім кодом не можу залити. це РНК-ген, наскільки я зрозумів, з ними тре якось окремо-інакше працювати.

• Гормон росту 2 Так
• ВіментинТак
• ҐрелінТак
• AMELYТак
• Інсуліновий рецепторТак
• ДистрофінТак
• МіоглобінТак
• HOXB1Так
• HOXC11Так
• КаталазаТак
• TRPN
• XRCC1

Нема опису на Вікіданих

• KC6

  щось дивне. РНК-ген? наразі не знаю, що з ним робити. --Sergento 10:24, 26 квітня 2018 (UTC)

Псевдогени

Поки неясно, що з ними робити. Нехай будуть окремо.

• en:OR10G2, en:OR3A4, en:OR4K3, en:OR8G2, en:OR10G6, en:OR2J1, en:OR52E5, en:OR2AJ1, en:OR1F2, en:OR1D4, en:OR2J1, en:OR2W5, en:OR5AY1. Тут частина псевдогени, але ми ж не боїмося їх, правда? Та й Вікіпроект:Кількість буде задоволений.

  з цих, здається, один лиш вийшло зробити. насправді, з псевдогенами мій скрипт поки не працює, оскільки мені не дуже зрозуміло, яку інфо туди поміщувати. з білок-кодуючими генами процес такий: бот на ВД дивиться, який білок він кодує. на сторінці білка у ВД читає ідентифікатор Юніпрот і за ним ломиться на Юніпрот. Звідти бере інші дані, включно з примітками. тут якщо немає білка – я не можу потрапити на Юніпрот і взяти дані звідти. Треба якось інакше підправляти, але я не знаю як. Що для цих генів можна написати в статті? звідки діставати те, що можна написати? --Sergento 10:24, 26 квітня 2018 (UTC)

• en:HSPA7 створити.
• en:OPRD1 створити

Структури білків etc.

Є	Нема (к-ть вхідних посилань)
Первинна структура ← Первинна структура білків
	Вторинна структура (17) Вторинна структура білків (7) Вторинна структура РНК (1)
Третинна структура, Третинна структура білків	Третинна структура РНК (1)
Четвертинна структура → Четвертинна структура білків

Вітання! Я от зауважив, що пан Brunei додав до запитів сторінку Вторинна структура, і згадав про деяку давно помічену неупорядкованість у цьому напрямі...
Отож, рівні організації біомолекул. Хотілося би поспонукати Вас до упорядкування статтей про первинну, вторинну і так далі будови білків/нуклеїнових кислот, і, можливо, оформлення всього цього у вигляді красивого шаблончику, щоб от вийшло щось на кшталт отакого.

На цей момент ситуація така →
(спойлер: а в інтервіках там капець який вінегрет)
Дякую за увагу. --Олег.Н (обговорення) 20:13, 6 жовтня 2017 (UTC)

О, гарне спостереження! Дякую. Будемо лупати. --Brunei (обговорення) 22:08, 6 жовтня 2017 (UTC)

Поки так: Шаблон:Структура біомолекул.--Brunei (обговорення) 22:50, 6 жовтня 2017 (UTC)

«Шаблонізація» і доопрацювання статей про білки.

Шановні учасники проекту. А саме @Sergento: та @Brunei:.

Свого часу надибав статтю про білок із позначкою "сирота", у англвікі стаття не сирота, але завдяки відповідному шаблону. Створив Шаблон:Нюхові рецептори шляхом перекладу відповідного аналога у англвікі.Після створення шаблону почав монотонно вставляти відповідний шаблон у всі статті із шаблону, попутньо виправляв непрямі посилання (Приклад: приклад OR4F5). А сьогодні випадково натрапив на іншу гілку білків (наприклад: SLC22A18AS), і вирішив, що вже точно не здужаю їх усі. Не вистачить терпіння.

Пропозиція така, для всіх таких, і аналогічних статей про білки, для початку створити шаблони, а потім запустити бота, який би відредагував усі підшаблонні білки. --Dars (обговорення) 09:24, 3 грудня 2017 (UTC)

Вітаю. Дякую за роботу, класна ідея. Воно, звісно, до кінця сиротинство не вилікує (будуть кластери ізолятів), для того треба створювати узагальнюючі статті по родинах білків. Але й так буде вже значно краще. Давайте перекладати шаблони, я за. Щодо бота - питання до Sergento. Потихеньку розставляю посилання зі статей про медпрепарати та хвороби. Звісно, це теж невелика частина всіх білків. --Brunei (обговорення) 19:43, 3 грудня 2017 (UTC)

Я правильно розумію, що пропонується ботом проставити навігаційний шаблон у статтях, на які цей шаблон посилається? якщо так, то це має бути нескладно запрограмувати. --Sergento 08:34, 4 грудня 2017 (UTC)

Можу «постворювати» шаблони, тільки можна десь знайти цей список білків? --Dars (обговорення) 13:49, 4 грудня 2017 (UTC)

Dars Ми з Sergento кожен подумали, що питання було задано іншому, а тому скромно промовчали . А який список? Повний список ізольованих статей про білки (17 тисяч з копійками) можна зробити за допомогою сервісу, а некатегоризовані білки (більше 15 тисяч) лежать у Категорія:Некатегоризовані білки.--Brunei (обговорення) 14:18, 27 лютого 2018 (UTC)

Дві однакові статті через те що двоє ід на вікіданих

Всім привіт. Маємо оказію дубліката білка тому що є дві вікідата сторінки d:Q305481 та d:Q18026453. Ідентифікатори в них по білкам/генам збігаються (правда в одній є дані яких немає в іншій, але ті що є збігаються) і амінокислотна послідовність в них однакова. Скоріше за все бот, що створював ці вікідата сторінки, коли заливав другий елемент, не знайшов першого. Як це сталося можу лише здогадуватись. А ми, відповідно, маємо дві статті про білки. Однакові) Тому мабуть ці елементи треба об'єднати... Але я не дуже добре знаю як це робиться (дві мої останні спроби якоїсь об'єднувальної активності на вікіданих були не дуже вдалими бо в цих елементах не збігалися параметри) ну і є ще мишачий d:Q18267957, на який посилається одна з наших статей, але не інша. Все заплутано) Тому help plese. --Helixitta (t.) 23:42, 10 лютого 2018 (UTC)

@Helixitta: Я не спеціаліст з білків, але можу допомогти з Вікіданими. Зараз ці елементи не дає об'єднати наявність двох статей у Вікіпедії. Коли ці статті будуть об'єднані, тоді можна буде об'єднати й елементи, тож спочатку треба об'єднати наші статті — NickK (обг.) 19:36, 11 лютого 2018 (UTC)

Статті ідентичні, перетворив новішу на перенаправлення.--Brunei (обговорення) 20:57, 11 лютого 2018 (UTC)

Так Зроблено Об'єднав у Вікіданих.--Brunei (обговорення) 16:10, 14 лютого 2018 (UTC)

--Helixitta (t.) 19:07, 14 лютого 2018 (UTC)

Про ДНК

Якщо когось цікавить, то тут Обговорення:Дезоксирибонуклеїнова кислота відбувається обговорення майбутнього вибраної статті про ДНК. --Brunei (обговорення) 16:26, 23 лютого 2018 (UTC)

Ну "вона працює" ... Повільно, правда, але цю статтю я дороблюю. А от РНК чи білки варто було б доробити комусь. --Helixitta (t.) 21:50, 23 лютого 2018 (UTC)

Топ-100

Зробив екстракцію з Вікіпедія:Проект:Молекулярна біологія/Статистика#Топ-100. Тепер можна працювати з найважливішими статтями, зібраними тут: Вікіпедія:Проект:Молекулярна біологія#Популярні статті низької якості. Дві білкові ботозаготовки резистин та еластин потрапили до Топ-100 проекту, вже не дарма працювали. :-)--Brunei (обговорення) 18:50, 6 березня 2018 (UTC)

Категоризація ферментів

Вітаю. У нас є низка категорій ферментів типу Категорія:КФ 6.1, які скальковано з англійської Вікіпедії. Щоб дізнатися, що ховається за номером 6.1, в англомовних можна звернутися до статті en:List of EC numbers (EC 6). У нас таких статей нема, треба гуглити. Напам'ять цю класифікацію навряд чи знають навіть найкращі біохіміки. У той же час Категорія:Аміноацил-тРНК-синтази несе певний сенс, який можна вгадати з назви, навіть не знаючи, що то за ферменти, але маючи базові знання з біології. Тому пропоную ліквідувати номерні категорії, а залишити лише словесні назви, заливши в описі цих категорій повідомлення про відповідний шифр групи ферментів (чи точніше - щифр реакцій, що вони каталізують).--Brunei (обговорення) 14:30, 4 травня 2018 (UTC)

А як в цьому випадку виглядатимуть інтервікі? --Олег.Н (обговорення) 15:58, 4 травня 2018 (UTC)

Буває по-різному. Звісно, англійська версія домінує, у наведеному прикладі буде EC 6.1. Але, скажімо, для Категорія:Кінази (замість наявної Категорія:КФ 2.7) серед інтервікі буде de:Kategorie:Kinase. Нам нема звідки взяти однозначний приклад, бо в англвікі категоризаційний хаос, а в німецькій не так багато білків, як у нас.--Brunei (обговорення) 11:59, 5 травня 2018 (UTC)

• Ну що, жодних заперечень не надійшло. Попередній підсумок: ліквідувати КФ, замінити на тривіальні назви.--Brunei (обговорення) 23:01, 12 травня 2018 (UTC)

Підсумок

Домовились ліквідувати (перенаправити, де можливо) номерні категорії типу Категорія:КФ 6.1, а залишити лише словесні назви типу Категорія:Кінази, заливши в описі цих категорій повідомлення про відповідний шифр групи ферментів (чи точніше - щифр реакцій, що вони каталізують).--Brunei (обговорення) 09:29, 8 серпня 2018 (UTC)

Категоризація

Вітаю. А в нас є частина статей про білки, яка категоризована до Категорія:Некатегоризовані білки й одночасно до наявної категорії родини чи іншої групи білків. Чи можна якось з тих статей автоматично поприбирати категорію «Некатегоризовані»?--Brunei (обговорення) 17:39, 21 лютого 2020 (UTC)

я теоретично можу уявити як це зробити. Але мотивація... Категорії такі не цікаві. Мені треба поштовх... --Helixitta (t.) 16:30, 22 березня 2020 (UTC)

Новий користувач

Вітаю. У нас новий користувач створює статті з сумнівною значимістю, зокрема Тетрапептид VGSE. Потрібна буде увага спеціалістів.--Brunei (обговорення) 18:50, 22 березня 2020 (UTC)

Я б не сказав, що то сумнівна значимість. Тетрапептид активно досліджувався і досліджується, має комерційну значимість (є в каталозі фірми Sigma). Інша справа, що стаття має бути великою, тобто дописаною. Я там виправив посилання та додав нове. --Смирнов Олег (обговорення) 16:08, 15 жовтня 2022 (UTC)

Можливо, слід було б створити сторінку "Хемотактичні пептиди" і описати цей та інші там? Їх там ціла купа - аж цілих 32 в каталозі Sigma (за 1999 р.) --Смирнов Олег (обговорення) 16:12, 15 жовтня 2022 (UTC)

Сторінка проєкту

Всім привіт. Хочу трохи оновити вигляд цього проєкту. Але це лише косметичні правки.

Проте є проблема з тим що в нас на сторінці проєкту висить купа всього. І‌ не оновлюється. Червоні статті як були так і є. І‌ велетенські списки того що треба зробити. Може його якось укоротити?

Ну і питання перейменування проект/проєкт також є. –Helixitta (t.) 13:31, 26 березня 2020 (UTC)

• Спробую оновити та почистити. Перейменувати треба, бо вже й по радіо кажуть «проЄкт».--Brunei (обговорення) 17:12, 26 березня 2020 (UTC)

  Оновив і почистив. --Brunei (обговорення) 18:51, 26 березня 2020 (UTC)

  в УЛІФ уже давно проєкт. П.С. Ви дещо забули про найважливішу статтю — Молекулярна біологія --『Fosufofiraito』 ^Обг. 19:25, 26 березня 2020 (UTC)

  ех. ці загальні статті доволі часто погані. їх трохи нудновато писати. От взяти статтю РНК, наприклад... там все дуже пльохо. але але цікавіше же ж написати щось дуже таке специфічне ніж ото загальний опис. --Helixitta (t.) 20:07, 26 березня 2020 (UTC)

Добре. Ми переїхали. Лишається проблема зі Шаблон:Стаття проєкту Молекулярна біологія. але це проблема з Шаблон:Стаття вікіпроекту
Ще я замінила зовнішний вигляд проєкту. Приймаю критику))) і пропозиції. Але сподіваюсь вам сподобається. (основна проблема, як завжди, — розмір шрифтів та екранів у індивідуальних користувачів, але наче передивилася на декількох браузерах і норм)
P.S. в порівнянні з іншими інтервікі наш виглядає гарненько))) --Helixitta (t.) 15:44, 27 березня 2020 (UTC)

У нас дуже гарно стало. Приємно зайти.--Brunei (обговорення) 17:02, 23 квітня 2020 (UTC)

Проблеми з шаблоном

Вітаю, Sergento. У нас якісь проблеми з шаблоном білка. Бачу тут GRIA2, але сторінок багато. Вони там щось на ВікіДаних знову накрутили?--Brunei (обговорення) 17:02, 23 квітня 2020 (UTC)

Судячи з історії редагувань Вікіданих для цього білка, вони переприв'язали все зі сторінки ВД для гена на сторінку для білка. Очевидно, наш шаблон до цього виявився не готовий. Треба оновити шаблон :( --Sergento 08:55, 24 квітня 2020 (UTC)

Причому це, схоже, ще в листопаді було. Чи почалося. Давно і підступно тихо :( --Sergento 08:55, 24 квітня 2020 (UTC)

я думаю, що виправив перемикання. але якщо зламав щось інше, дайте знати --Sergento 10:26, 27 квітня 2020 (UTC)

Круто. Дякую! Буду дивитися.--Brunei (обговорення) 18:01, 27 квітня 2020 (UTC)

Поліпшення вибраних

Привіт, як хтось сюди ще заходить. Одними з перших вибраних статей в Українській Вікіпедії були статті про білки іонні канали: ГАМКA-рецептор та Нікотиновий ацетилхоліновий рецептор. Наразі вони застаріли та потребують суттєвого оновлення. Символічно було б зберегти їх статус. Запрошую всіх долучитися до їхнього поліпшення. --Brunei (обговорення) 10:16, 22 липня 2021 (UTC)

Щодо термінів "Родина білків" та "Суперродина білків"

Згідно з науковим виданням "Російсько-український словник наукової термінології. Біологія. Хімія. Медицина" (Київ: Наукова думка, 1996), виданим НАНУ, Інститутом Мовознавства ім. О. О. Потебні та Інститутом української мови (див. с. 477), російське "семейство" українською мовою перекладається таким чином:

- родина, коли мова йде про таксономічну групу живих організмів;
- сімейство, коли мова йде про групу хімічних сполук, наприклад, сімейство актиноїдів/лактаноїдів, радіоактивне сімейство.

Білки - це хімічні сполуки, як, до речі, і гени (ділянки молекул нуклеїнових кислот), тому об'єднувати їх слід в сімейства білків (аналогічно - сімейства генів), а ніяк не в родини. Термін "сімейство білків" використовується в таких статтях Вікіпедії як "Білок SUMO", "Кератини", "Білки теплового шоку" та інших. Моя пропозиція - якщо учасники проєкту згодні з цим, то слід зробити відповідні заміни в статтях укр. Вікі. --Смирнов Олег (обговорення) 13:25, 15 жовтня 2022 (UTC)

З іншого боку, білки й гени є такими ж об'єктами біологічної еволюції, як і таксономічні групи чи рослинні угруповання. Є не тільки families та superfamilies, але й класи та підкласи. А що там каже Словник української біологічної термінології (2012)? Його хоча б Гродзинський гортав...--Brunei (обговорення) 19:50, 15 жовтня 2022 (UTC)