Рецептори та дрібні, молекулярного рівня, структури, органелами не називають. Кордон між молекулами і органелами дуже нечіткий. Так, рибосоми, які зазвичай однозначно відносять до органел, можна вважати і складним молекулярним комплексом. Все частіше до органел зараховують і інші подібні комплекси порівняних розмірів та рівня складності — протеасоми, сплайсосоми та ін. У той же час порівняні за розмірами елементи цитоскелету (мікротрубочки, товсті філаменти поперечносмугастих м'язів тощо) зазвичай до органел не відносять. Ступінь постійності клітинної структури — теж ненадійний критерій її віднесення до органел. Так, веретено поділу, що хоча і не постійно, але закономірно присутнє у всіх еукаріотичних клітинах, зазвичай до органел не відносять, а везикули, які постійно з'являються і зникають в процесі обміну речовин — відносять. Багато в чому набір органел, що перераховується до навчальних посібниках, визначається традицією.
Ці органели називають органелами загального призначення, тонофібрили клітин епітелію, міофібрили м'язових клітин і волокон, нейрофібрили нервових клітин та деякі інші називають органелами спеціального призначення.
транспортація та згортання нових білків (шорсткий ендоплазматичний ретикулум), синтезліпідів (гладкий ендоплазматичний ретикулум)
одномембранна
всі еукаріоти
на поверхні шорсткого ендоплазматичного ретикулума знаходиться велика кількість рибосом, згорнутий як мішок; гладкий ендоплазматичний ретикулум згорнутий в трубочки
асиметричний — цистерни, розташовані ближче до ядра клітини (цис-Гольджі) містять найменш зрілі білки, а відтранс-Гольджі відбруньковуються бульбашки, що містять повністю зрілі білки
дрібні лабільні утворення, що містять ферменти, зокрема гідролази, що беруть участь в процесах травлення фагоцитної їжі й автоліза (саморозчинення органел)
