У липні 2005 року за 7,8 млн євро перейшов в донецький «Шахтар». У «Шахтарі» дебютував 30 липня 2005 року в матчі з «Кривбасом» (1:0). Зіграв велику роль у перемозі гірників у національній першості сезону 2005/06. Крім того, Фернандінью вразив ворота «Легії» в матчі третього відбіркового раунду Ліги чемпіонів.
Після скандального відходу Франселіну Матузалема влітку 2007 року, Фернандінью став одним з лідерів команди. Він був визнаний найкращим гравцем Чемпіонату України сезону 2007—2008 рр., коли «Шахтар» оформив «золотий дубль», вигравши національну першість та кубок країни. Великий внесок Фернандінью зробив і в перемогу «Шахтаря» в Кубку УЄФА в сезоні 2008—2009 рр. У єврокубкових матчах того сезону Фернандінью розписався у воротах суперника 6 разів, у тому числі й у воротах київського «Динамо» в першому півфінальному матчі Кубка УЄФА.
У складі «гірників» шість разів здобував титули чемпіона України (у 2006, 2008, 2010, 2011, 2012 і 2013 роках), а також чотири рази став володарем Кубка України (у 2008, 2011, 2012 і 2013 роках) та тричі Суперкубка України (у 2008, 2010 і 2012 роках).
6 червня 2013 року була досягнута домовленість про перехід Фернандінью до «Манчестер Сіті». Сума трансферу склала 40 млн євро[1]. Цей трансфер став рекордним для донеччан.
У своєму першому сезоні в Англії відразу ж став гравцем основного складу і допоміг команді здобути другий в її історії титул чемпіонів Англії. Відтоді залишався ключовим півзахисником одного з лідерів англійської футбольної першості. В сезоні 2017/18 здобув свій другий титул чемпіона країни.
Грав за збірні Бразилії U-18 і U-20. У складі молодіжної збірної Бразилії (U-20) у 2003 році став чемпіоном світу серед однолітків, забив вирішальний м'яч у фіналі.
У збірній Бразилії Фернандінью дебютував 10 серпня 2011 року в товариському матчі проти збірної Німеччини, що завершився перемогою німців з рахунком 3:2. Фернандінью вийшов у стартовому складі та був замінений на 69-й хвилині[2]. У своєму другому матчі, 5 вересня2011 року, Фернандінью віддав гольовий пас на Леандро Даміана, а Бразилія перемогла Гану 1:0[3].
2014 року був учасником домашнього для бразильців чемпіонату світу. Дебютував на турнірі в завершальній грі групового етапу проти збірної Камеруну, вийшовши на заміну на другий тайм і забивши гол наприкінці зустрічі, що завершилася для його команди перемогою 4:1. На стадії плей-оф вже почав включатися до стартового складу господарів турніру, зокрема розпочинав на полі півфінальну гру проти збірної Німеччини, яка завершилася розгромною поразкою команди Фернандінью з рахунком 1:7. Був замінений у перерві тієї гри, коли бразильці вже поступалися 0:5. Згодом також брав участь й у програному нідерландцям з рахунком 0:3 матчі за третє місце. Тоді навпаки вийшов на заміну у перерві у намаганні пожвавити гру бразильців, які вже поступалися 0:2 після першого тайму.
Був учасником Кубка Америки 2015 року, де взяв участь у всіх чотирьох матчах збірної на турнірі, що завершився для неї поразкою на стадії чвертьфіналів від Парагваю.
У травні 2018 року був включений до заявки збірної Бразилії для участі у своїй другій світовій першості — тогорічному чемпіонаті світу.
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 16 травня 2014. Процитовано 25 червня 2014.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)