Штами SARS-CoV-2

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
Штами SARS-CoV-2
Зображення

SARS-CoV-2 — вірус, що спричинює коронавірусну хворобу 2019 (COVID-19), має кілька примітних варіантів, які вважаються особливо важливими. Вважається, що генетична послідовність WIV04/2019 є початковим варіантом вірусу, що інфікує людей, відомою як «нульова генетична послідовність».[1]

Клади[ред. | ред. код]

Хоча існує багато тисяч варіантів SARS-CoV-2[2], виділяють великі групи, що називаються кладами. Запропоновано кілька різних номенклатурних клад для SARS-CoV-2.

  • Станом на грудень 2020, глобальною науковою ініціативою GISAID[en] ідентифіковано сім клад SARS-COV-2 як hCoV-19[3], таких як (O, S, L, V, G, GH та GR).[4]
  • Також станом на грудень 2020 Nextstrain[en] визначено п'ять клад (19A, 19B, 20A, 20B та 20C).[5]
  • У статті, опублікованій в журналі International Journal of Infectious Diseases[en] у листопаді 2020 науковцями ідентифіковано п'ять глобальних клад (G614, S84, V251, I378 and D392).[6]
  • Біологом Ендрю Рамбо та його колегами запропоновано термін «родовід» (lineage) у статті 2020 року в журналі Nature Microbiology[en];[7] станом на грудень 2020 було виявлено п'ять основних родоводів (A, B, B.1, B.1.1, and B.1.177).[8]

Суттєві варіанти[ред. | ред. код]

За участі N501Y[ред. | ред. код]

N501Y позначає заміну аспарагіну (N) до тирозину (Y) в амінокислотному положенні 501,[9] що, на думку Агенції охорони громадського здоров'я Англії[en], збільшує ефективність взаємодії вірусного білка з рецептором клітини.[10]

501.V2[ред. | ред. код]

Докладніше: Варіант 501.V2

Варіант 501.V2, також відомий як 501.V2, 20C/501Y.V2 або родовід B.1.351,[11] був вперше виявлений у Південно-Африканській Республіці та повідомлений Департаментом охорони здоров’я країни[en] 18 грудня 2020 року.[12] Дослідники та чиновники повідомили, що поширеність варіанту була вищою серед молодих людей, які не страждають на хронічні захворювання, і в порівнянні з іншими варіантами він частіше призводить до складного перебігу хвороби.[13][14] Департамент охорони здоров'я Південно-Африканської Республіки також зазначив, що цей варіант може спричинити другу хвилю пандемії COVID-19 в країні через через поширення швидшими темпами, ніж інші попередні варіанти вірусу.[12][13]

Вчені відзначили, що варіант містить кілька мутацій, які дозволяють йому легше приєднуватися до клітин людини через наступні три мутації в рецептор-зв'язуючому домені (RBD) у шипованому глікопротеїні вірусу: N501Y,[12][15] K417N та E484K.[16][17] Мутація N501Y була виявлена також у Великій Британії.[12][18]

Варіант, що викликає стурбованість 202012/01[ред. | ред. код]

Докладніше: VUI – 202012/01

Варіант, що викликає стурбованість 202012/01 (VOC-202012/01),[19] раніше відомий як Перший Досліджуваний Варіант у грудні 2020 року (VUI — 202012/01),[20] а також як родовід B.1.1.7 або 20B/501Y.V1,[21][22][11] був вперше виявлений в жовтні 2020 року під час пандемія COVID-19 у Великій Британії за зразком, відібраним попереднього місяця.[23] З тих пір ймовірність домінантного поширення подвоюються кожні 6,5 днів (передбачуваний інтервал між поколіннями).[24][25] Це корелює зі значним збільшенням рівня зараження COVID-19 у Сполученому Королівстві. Вважається, що це збільшення є, принаймні, частково через зміну N501Y всередині рецептор-зв'язувального домену шипованого глікопротеїну, який необхідний для з'єднання з АСЕ2 в клітинах людини.

Кластер 5[ред. | ред. код]

Докладніше: Кластер 5

Кластер 5, який також назвали ΔFVI-шипом у Данському Державному інституті сироватки крові[en] (SSI),[26] був виявлений в Північній Ютландії[en], Данія, і, як вважають, він був поширений від норок до людей через норкові ферми. 4 листопада 2020 року було оголошено, що популяція норок в Данії[en] буде вибраковано[en], щоб запобігти можливому поширенню цієї мутації та зменшити ризик нових мутацій. У семи муніципалітетах Північної Ютландії було запроваджено локдаун та обмеження подорожей, щоб запобігти поширенню мутації, яка може скомпрометувати національну чи міжнародну протидію пандемії коронавірусної хвороби 2019.

Всесвітня організація охорони здоров'я (ВООЗ) заявила, що кластер 5 має «помірно знижену чутливість до нейтралізуючих антитіл».[27] Данський Державний інститут сироватки крові попередив, що мутація може зменшити ефект розроблених вакцин проти COVID-19, хоча навряд чи це зробить їх марними. Після локдауну та масових тестувань 19 листопада 2020 року Державний інститут сироватки крові оголосив, що кластер 5, найімовірніше, вимер.[28]

B.1.207[ред. | ред. код]

Секвенування Африканським центром передового досвіду з геноміки інфекційних хвороб у Нігерії виявило варіант із мутацією P681H, подібний до VOC-202012/01. Вперше виявлено у серпні,[29] наслідки передачі та вірулентності незрозумілі, але Центри з контролю та профілактики захворювань у США визначили його як новий варіант.[30] Він не має жодних інших мутацій подібних до VOC-202012/01, і станом на кінець грудня 2020 року на цей варіант припадає близько 1 % вірусних геномів, секвенсованих у Нігерії, хоча це значення може зрости.[29] Сайт мутації сильно варіюється у коронавірусів.[30]

D614G[ред. | ред. код]

D614G — варіант, який впливає на шипований білок SARS-CoV-2. Варіант G (гліцин у положенні 614) став частіше зустрічатися під час пандемії, ймовірно, після того, як спочатку виник у Китаї, а потім поширився в Італію в січні та звідти по всьому світу. G замінив D (аспарагінову кислоту) у багатьох країнах, особливо в Європі, хоча повільніше в Китаї та решті Східної Азії, підтримуючи гіпотезу про те, що G збільшує швидкість передачі, що узгоджується з вищою концентрацією вірусу та зараженістю in vitro.[1]

У липні 2020 року було повідомлено, що більш інфекційний варіант D614G SARS-CoV-2 став домінантною формою під час пандемії.[31][32][33]

Глобальна поширеність D614G корелює з поширеністю втрати нюху (аносмія) як симптому COVID-19, можливо, опосередкованого вищим зв'язуванням варіанту G з рецептором АСЕ2 або вищою стабільністю білка, а отже, і більшою інфекційністю нюхового епітелію.[34]

Віруси, що містять варіант G, вважаються частиною клади G за визначенням GISAID та клади B1 за визначенням інструментарію Філогенетичного присвоєння іменованих глобальних спалахів (PANGOLIN).[1][35]

Дельта[ред. | ред. код]

На червень 2021 року «Дельта» класифікований CDC як варіант, який «представляє інтерес», тобто має генетичні маркери, пов'язані зі зниженням нейтралізації антитілами, створеними в результаті перенесеного захворювання або внаслідок вакцинації, зменшенням ефективності лікування, труднощами специфічної діагностики, збільшенням заразності та тяжкості хвороби. Він виник наприкінці минулого року в Індії, загалом зареєстрований вже у 60 країнах. Абсолютно очевидно, що його заразність вище, щонайменше ніж у Альфа — варіанту дикого типу, і пік захворюваності реєструється у молодих людей 12-20 років.

Цей штам є набагато заразнішим за інші штами коронавірусу, а також має вищий показник смертності. В середньому фіксується у 2,6 рази більше важких варіантів перебігу хвороби, при цьому він більше вражає дітей, ніж попередні варіанти вірусу[36].

Лямбда (лінія C.37)[ред. | ред. код]

У серпні 2020 року лінія C.37 вперше була знайдена в Перу[37]. В червні 2021 року в Перу на штам «лямбда» приходилось 81 % всіх зареєстрованих в країні випадків інфікування. В Аргентині та Чилі доля «лямбди» складає близько третини[38].

Мю (B.1.621)[ред. | ред. код]

Докладніше: Мю-варіант SARS-CoV-2

У серпні 2021 моніторинговий список Всесвітньої організації охорони здоров'я поповнився штамом коронавірусу під іменем «Мю». Цей варіант вперше виявили на території Колумбії.[39][40]

Омікрон (B.1.1.529)[ред. | ред. код]

Омікрон-варіант SARS-CoV-2 (також відомий як лінія поколінь B.1.1.529[41]) вперше ідентифікований у Ботсвані і Південно-Африканській Республіці у листопаді 2021 року, особливістю якого є велика кількість мутацій у пепломерах.[42]

Див. також[ред. | ред. код]

Примітки[ред. | ред. код]

  1. а б в А. Жукова; Л. Блассель; Ф. Лемуан; М. Морель; Дж. Возніца; О. Гаскуеле (24 листопада 2020). Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2. Comptes Rendus Biologie: 1–20. PMID 33274614. doi:10.5802/crbiol.29. 
  2. Такахіко Кояма; Даніель Платт; Лакшмі Паріда (Червень 2020). Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes. Bulletin of the World Health Organization[en] 98 (7): 495–504. PMC 7375210. PMID 32742035. doi:10.2471/BLT.20.253591. «We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.» 
  3. Е. Альм; Е. К. Броберг; Т. Коннор; Е. Б. Годкрофт; А. Б. Коміссаров; С. Маурер-Строх; А. Меліду; Р. А. Нехер; Айне О'Тул; Д. Переяслов; The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group та ін. (2020). Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Eurosurveillance[en] 25 (32). PMC 7427299. PMID 32794443. doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. 
  4. hCoV-19 clades (JPG). www.gisaid.org. Процитовано 24 грудня 2020. 
  5. Nextclade. clades.nextstrain.org. Процитовано 24 грудня 2020.  Cited in Alm et al., (2020).
  6. Гуань Цінтянь (2020). A genetic barcode of SARS-CoV-2 for monitoring global distribution of different clades during the COVID-19 pandemic. International Journal of Infectious Diseases[en] 100: 216–223. PMC 7443060. PMID 32841689. doi:10.1016/j.ijid.2020.08.052. 
  7. А. Рамба; Е.Ч. Голмс; А. О’Тул (2020). A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nature Microbiology 5 (11): 1403–1407. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5.  Cited in Alm et al., (2020).
  8. Lineages. cov-lineages.org. Процитовано 24 грудня 2020. 
  9. COG-UK update on SARS-CoV-2 Spike mutations of special interest: Report 1. COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). 20 грудня 2020. с. 7. Архів оригіналу за 25 грудня 2020. Процитовано 6 січня 2021. 
  10. Chand et al., (2020), "Potential impact of spike variant N501Y" (p. 6).
  11. а б CDC. Emerging SARS-CoV-2 Variants. Centers for Disease Control and Prevention (en-us). Процитовано 3 січня 2021. 
  12. а б в г South Africa announces a new coronavirus variant. Нью-Йорк таймс. 18 грудня 2020. Процитовано 20 грудня 2020. 
  13. а б Леслі Вротон; Макс Бірак (18 грудня 2020). South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals'. The Washington Post. Процитовано 20 грудня 2020. 
  14. Доктор Цвеліні Мхізе (18 грудня 2020). Update on Covid-19 (18th December 2020) (пресреліз). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Процитовано 23 грудня 2020. «Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.» 
  15. Салім С. Абдул Карім (19 грудня 2020). The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant, 11th slide. www.scribd.com. 
  16. Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. Всесвітня організація охорони здоров'я. 22 грудня 2020. Процитовано 23 грудня 2020. 
  17. Дерек Лоу (22 грудня 2020). The New Mutations. In The Pipeline. Американська асоціація сприяння розвитку науки. Архів оригіналу за 29 січня 2021. Процитовано 23 грудня 2020. «I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.» 
  18. Novel mutation combination in spike receptor binding site (пресреліз). GISAID[en]. 21 грудня 2020. Архів оригіналу за 22 лютого 2021. Процитовано 23 грудня 2020. 
  19. Міра Чанд; Сьюзен Гопкінс; Гевін Дабрера; Крістіна Ачісона; Венді Барклай; Ніл Фергюсон; Ерік Вольц; Нік Ломан; Ендрю Рамба; Джефф Барретт (21 грудня 2020). Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01. Агенція охорони громадського здоров'я Англії[en]. Процитовано 23 грудня 2020. 
  20. PHE investigating a novel strain of COVID-19. Агенція охорони громадського здоров'я Англії. 14 грудня 2020. 
  21. Ендрю Рамба; Нік Ломан; Олівер Пібус; Венді Барклай; Джефф Барретт; Алесандро Карабеллі; Том Коннор; Том Павич; Девід Л. Робертсон; Ерік Вол (2020). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Процитовано 20 грудня 2020. 
  22. Кай Купфершмідт (20 грудня 2020). Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear. Science Mag (англ.). Процитовано 21 грудня 2020. 
  23. Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK. BBC News. 20 грудня 2020. 
  24. New evidence on VUI-202012/01 and review of the public health risk assessment. 
  25. COG-UK Showcase Event - YouTube. www.youtube.com. Процитовано 25 грудня 2020. 
  26. Ріа Лассаньєр (11 листопада 2020). SARS-CoV-2 spike mutations arising in Danish mink and their spread to humans. Statens Serum Institut. Архів оригіналу за 10 листопада 2020. Процитовано 11 листопада 2020. 
  27. 6 countries find coronavirus at mink farms; fears mutation could hinder vaccine. The Times of Israel. 8 листопада 2020. Процитовано 9 листопада 2020. «Italy, the Netherlands, Spain and Sweden are the other nations to have discovered SARS-CoV-2 in minks, WHO said in a statement.» 
  28. De fleste restriktioner læmpes i Nordjylland [most restrictions eased in North Jutland]. Sundheds- og Ældreministeriet. 19 листопада 2020. 
  29. а б Detection of SARS-CoV-2 P681H Spike Protein Variant in Nigeria. Virological (амер.). 23 грудня 2020. Процитовано 1 січня 2021. 
  30. а б CDC (11 лютого 2020). Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). Centers for Disease Control and Prevention (en-us). Процитовано 1 січня 2021. 
  31. Рейчел Шраер (18 липня 2020). Coronavirus: Are mutations making it more infectious?. www.bbc.co.uk. Процитовано 3 січня 2021. 
  32. New, more infectious strain of COVID-19 now dominates global cases of virus: study. medicalxpress.com (англ.). Архів оригіналу за 17 листопада 2020. Процитовано 16 серпня 2020. 
  33. Бетт Корбер; Вілл М. Фішер; Сандрасегарам Гнанакаран; Хеджин Юн; Джеймс Тейлер; Вернер Абфальтерер та ін. (2 липня 2020). Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. Cell (англ.) 182 (4): 812–827.e19. ISSN 0092-8674. PMC 7332439. PMID 32697968. doi:10.1016/j.cell.2020.06.043. 
  34. Р. Бутов; К. Білінська; К.С. Фон Бартхельд (21 жовтня 2020). Chemosensory Dysfunction in COVID-19: Integration of Genetic and Epidemiological Data Points to D614G Spike Protein Variant as a Contributing Factor. ACS Chem Neurosci. 11 (20): 3180–3184. PMC 7581292. PMID 32997488. doi:10.1021/acschemneuro.0c00596. 
  35. cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages. github.com. Процитовано 2 січня 2021. 
  36. Штам "Дельта". Чим небезпечна мутація СОVID та як до нього готується Україна. РБК-Украина (рос.). Процитовано 24 червня 2021. 
  37. Tracking SARS-CoV-2 variants. World Health Organization (англ.). Процитовано 17 червня 2021. 
  38. В Латинской Америке бушует новый опасный штамм коронавируса — «лямбда»
  39. Tracking SARS-CoV-2 variants. www.who.int (англ.). Процитовано 31 серпня 2021. 
  40. Моніторинговий список ВООЗ поповнився новим штамом коронавірусу. РБК-Украина (рос.). Процитовано 31 серпня 2021. 
  41. Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert. Nature (англ.). 25 листопада 2021. 
  42. Британські вчені виявили новий штам Covid із 32 мутаціями. Українська правда. 25 листопада 2021.