CHD1

CHD1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2B2T, 2B2U, 2B2V, 2B2W, 2B2Y, 4B4C, 4NW2, 4O42, 5AFW, 2N39
Ідентифікатори
Символи	CHD1, chromodomain helicase DNA binding protein 1, PILBOS, CHD-1
Зовнішні ІД	OMIM: 602118 MGI: 88393 HomoloGene: 68174 GeneCards: CHD1
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0004003 DNA helicase activity • nucleotide binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • methylated histone binding Клітинна компонента • цитоплазма • клітинне ядро • fibrillar center • Нуклеоплазма Біологічний процес • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • Ремоделювання хроматину • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation by host of viral transcription • transcription, DNA-templated • DNA duplex unwinding • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	1105	12648
Ensembl	ENSG00000153922	ENSMUSG00000023852
UniProt	O14646	P40201
RefSeq (мРНК)	NM_001270 NM_001364113 NM_001376194	NM_007690
RefSeq (білок)	NP_001261 NP_001351042 NP_001363123	NP_031716
Локус (UCSC)	Хр. 5: 98.85 – 98.93 Mb	Хр. 17: 15.93 – 15.99 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

CHD1 (англ. Chromodomain helicase DNA binding protein 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 710 амінокислот, а молекулярна маса — 196 688.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MNGHSDEESV		RNSSGESSQS		DDDSGSASGS		GSGSSSGSSS		DGSSSQSGSS
DSDSGSESGS		QSESESDTSR		ENKVQAKPPK		VDGAEFWKSS		PSILAVQRSA
ILKKQQQQQQ		QQQHQASSNS		GSEEDSSSSE		DSDDSSSEVK		RKKHKDEDWQ
MSGSGSPSQS		GSDSESEEER		EKSSCDETES		DYEPKNKVKS		RKPQNRSKSK
NGKKILGQKK		RQIDSSEEDD		DEEDYDNDKR		SSRRQATVNV		SYKEDEEMKT
DSDDLLEVCG		EDVPQPEEEE		FETIERFMDC		RIGRKGATGA		TTTIYAVEAD
GDPNAGFEKN		KEPGEIQYLI		KWKGWSHIHN		TWETEETLKQ		QNVRGMKKLD
NYKKKDQETK		RWLKNASPED		VEYYNCQQEL		TDDLHKQYQI		VERIIAHSNQ
KSAAGYPDYY		CKWQGLPYSE		CSWEDGALIS		KKFQACIDEY		FSRNQSKTTP
FKDCKVLKQR		PRFVALKKQP		SYIGGHEGLE		LRDYQLNGLN		WLAHSWCKGN
SCILADEMGL		GKTIQTISFL		NYLFHEHQLY		GPFLLVVPLS		TLTSWQREIQ
TWASQMNAVV		YLGDINSRNM		IRTHEWTHHQ		TKRLKFNILL		TTYEILLKDK
AFLGGLNWAF		IGVDEAHRLK		NDDSLLYKTL		IDFKSNHRLL		ITGTPLQNSL
KELWSLLHFI		MPEKFSSWED		FEEEHGKGRE		YGYASLHKEL		EPFLLRRVKK
DVEKSLPAKV		EQILRMEMSA		LQKQYYKWIL		TRNYKALSKG		SKGSTSGFLN
IMMELKKCCN		HCYLIKPPDN		NEFYNKQEAL		QHLIRSSGKL		ILLDKLLIRL
RERGNRVLIF		SQMVRMLDIL		AEYLKYRQFP		FQRLDGSIKG		ELRKQALDHF
NAEGSEDFCF		LLSTRAGGLG		INLASADTVV		IFDSDWNPQN		DLQAQARAHR
IGQKKQVNIY		RLVTKGSVEE		DILERAKKKM		VLDHLVIQRM		DTTGKTVLHT
GSAPSSSTPF		NKEELSAILK		FGAEELFKEP		EGEEQEPQEM		DIDEILKRAE
THENEPGPLT		VGDELLSQFK		VANFSNMDED		DIELEPERNS		KNWEEIIPED
QRRRLEEEER		QKELEEIYML		PRMRNCAKQI		SFNGSEGRRS		RSRRYSGSDS
DSISEGKRPK		KRGRPRTIPR		ENIKGFSDAE		IRRFIKSYKK		FGGPLERLDA
IARDAELVDK		SETDLRRLGE		LVHNGCIKAL		KDSSSGTERT		GGRLGKVKGP
TFRISGVQVN		AKLVISHEEE		LIPLHKSIPS		DPEERKQYTI		PCHTKAAHFD
IDWGKEDDSN		LLIGIYEYGY		GSWEMIKMDP		DLSLTHKILP		DDPDKKPQAK
QLQTRADYLI		KLLSRDLAKK		EALSGAGSSK		RRKARAKKNK		AMKSIKVKEE
IKSDSSPLPS		EKSDEDDDKL		SESKSDGRER		SKKSSVSDAP		VHITASGEPV
PISEESEELD		QKTFSICKER		MRPVKAALKQ		LDRPEKGLSE		REQLEHTRQC
LIKIGDHITE		CLKEYTNPEQ		IKQWRKNLWI		FVSKFTEFDA		RKLHKLYKHA
IKKRQESQQN		SDQNSNLNPH		VIRNPDVERL		KENTNHDDSS		RDSYSSDRHL
TQYHDHHKDR		HQGDSYKKSD		SRKRPYSSFS		NGKDHRDWDH		YKQDSRYYSD
REKHRKLDDH		RSRDHRSNLE		GSLKDRSHSD		HRSHSDHRLH		SDHRSSSEYT
HHKSSRDYRY		HSDWQMDHRA		SSSGPRSPLD		QRSPYGSRSP		FEHSVEHKST
PEHTWSSRKT

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Woodage T., Basrai M.A., Baxevanis A.D., Hieter P., Collins F.S. (1997). Characterization of the CHD family of proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94: 11472—11477. PMID 9326634 DOI:10.1073/pnas.94.21.11472
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240

Див. також

• Хромосома 5