DGCR8

DGCR8
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1X47, 2YT4, 3LE4, 5B16
Ідентифікатори
Символи	DGCR8, C22orf12, DGCRK6, Gy1, pasha, Pasha, DGCR8 microprocessor complex subunit, microprocessor complex subunit
Зовнішні ІД	OMIM: 609030 MGI: 2151114 HomoloGene: 11223 GeneCards: DGCR8
Онтологія гена Молекулярна функція • primary miRNA binding • ribonuclease III activity • double-stranded RNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • heme binding • protein homodimerization activity • зв'язування з іоном металу • RNA binding • identical protein binding Клітинна компонента • цитоплазма • microprocessor complex • ядерце • клітинне ядро • Нуклеоплазма • GO:0097483, GO:0097481 Постсинаптичне ущільнення Біологічний процес • regulation of stem cell proliferation • GO:1990744, GO:1990729 primary miRNA processing • RNA phosphodiester bond hydrolysis, endonucleolytic • RNA phosphodiester bond hydrolysis • GO:0061715 miRNA metabolic process Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	54487	94223
Ensembl	ENSG00000128191	ENSMUSG00000022718
UniProt	Q8WYQ5	Q9EQM6
RefSeq (мРНК)	NM_001190326 NM_022720	NM_033324
RefSeq (білок)	NP_001177255 NP_073557	NP_201581
Локус (UCSC)	Хр. 22: 20.08 – 20.11 Mb	н/д
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

DGCR8 (англ. DGCR8, microprocessor complex subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 773 амінокислот, а молекулярна маса — 86 045.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
METDESPSPL		PCGPAGEAVM		ESRARPFQAL		PREQSPPPPL		QTSSGAEVMD
VGSGGDGQSE		LPAEDPFNFY		GASLLSKGSF		SKGRLLIDPN		CSGHSPRTAR
HAPAVRKFSP		DLKLLKDVKI		SVSFTESCRS		KDRKVLYTGA		ERDVRAECGL
LLSPVSGDVH		ACPFGGSVGD		GVGIGGESAD		KKDEENELDQ		EKRVEYAVLD
ELEDFTDNLE		LDEEGAGGFT		AKAIVQRDRV		DEEALNFPYE		DDFDNDVDAL
LEEGLCAPKK		RRTEEKYGGD		SDHPSDGETS		VQPMMTKIKT		VLKSRGRPPT
EPLPDGWIMT		FHNSGVPVYL		HRESRVVTWS		RPYFLGTGSI		RKHDPPLSSI
PCLHYKKMKD		NEEREQSSDL		TPSGDVSPVK		PLSRSAELEF		PLDEPDSMGA
DPGPPDEKDP		LGAEAAPGAL		GQVKAKVEVC		KDESVDLEEF		RSYLEKRFDF
EQVTVKKFRT		WAERRQFNRE		MKRKQAESER		PILPANQKLI		TLSVQDAPTK
KEFVINPNGK		SEVCILHEYM		QRVLKVRPVY		NFFECENPSE		PFGASVTIDG
VTYGSGTASS		KKLAKNKAAR		ATLEILIPDF		VKQTSEEKPK		DSEELEYFNH
ISIEDSRVYE		LTSKAGLLSP		YQILHECLKR		NHGMGDTSIK		FEVVPGKNQK
SEYVMACGKH		TVRGWCKNKR		VGKQLASQKI		LQLLHPHVKN		WGSLLRMYGR
ESSKMVKQET		SDKSVIELQQ		YAKKNKPNLH		ILSKLQEEMK		RLAEEREETR
KKPKMSIVAS		AQPGGEPLCT		VDV

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном заліза, гемом, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Shiohama A., Sasaki T., Noda S., Minoshima S., Shimizu N. (2003). Molecular cloning and expression analysis of a novel gene DGCR8 located in the DiGeorge syndrome chromosomal region. Biochem. Biophys. Res. Commun. 304: 184—190. PMID 12705904 DOI:10.1016/S0006-291X(03)00554-0
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Landthaler M., Yalcin A., Tuschl T. (2004). The human DiGeorge syndrome critical region gene 8 and its D. melanogaster homolog are required for miRNA biogenesis. Curr. Biol. 14: 2162—2167. PMID 15589161 DOI:10.1016/j.cub.2004.11.001
• Yeom K.-H., Lee Y., Han J., Suh M.R., Kim V.N. (2006). Characterization of DGCR8/Pasha, the essential cofactor for Drosha in primary miRNA processing. Nucleic Acids Res. 34: 4622—4629. PMID 16963499 DOI:10.1093/nar/gkl458
• Shiohama A., Sasaki T., Noda S., Minoshima S., Shimizu N. (2007). Nucleolar localization of DGCR8 and identification of eleven DGCR8-associated proteins. Exp. Cell Res. 313: 4196—4207. PMID 17765891 DOI:10.1016/j.yexcr.2007.07.020
• Faller M., Matsunaga M., Yin S., Loo J.A., Guo F. (2007). Heme is involved in microRNA processing. Nat. Struct. Mol. Biol. 14: 23—29. PMID 17159994 DOI:10.1038/nsmb1182

Див. також

• Хромосома 22