LIMS1

LIMS1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1G47, 1NYP, 1U5S, 2COR, 2D8X, 2KBX, 3F6Q, 4HI8, 4HI9
Ідентифікатори
Символи	LIMS1, PINCH, PINCH-1, PINCH1, LIM zinc finger domain containing 1
Зовнішні ІД	OMIM: 602567 MGI: 1195263 HomoloGene: 68428 GeneCards: LIMS1
Онтологія гена Молекулярна функція • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein kinase binding • zinc ion binding Клітинна компонента • гіалоплазма • мембрана • cell-cell junction • focal adhesion • клітинна мембрана • Міжклітинні контакти • perinuclear region of cytoplasm • GO:0009327 protein-containing complex • цитоплазма Біологічний процес • cellular response to transforming growth factor beta stimulus • establishment of protein localization • GO:0032320, GO:0032321, GO:0032855, GO:0043089, GO:0032854 positive regulation of GTPase activity • positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading • GO:1901313 positive regulation of gene expression • Епітеліально-мезенхімальний перехід • positive regulation of focal adhesion assembly • regulation of epithelial cell proliferation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • cell junction assembly • positive regulation of cell-substrate adhesion • tumor necrosis factor-mediated signaling pathway • protein heterooligomerization • positive regulation of NIK/NF-kappaB signaling • cell-cell junction organization • cell-cell adhesion • positive regulation of integrin-mediated signaling pathway Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	3987	110829
Ensembl	ENSG00000169756	ENSMUSG00000019920
UniProt	P48059	Q99JW4
RefSeq (мРНК)	NM_001193482 NM_001193483 NM_001193484 NM_001193485 NM_001193488 NM_004987	NM_001193303 NM_026148 NM_201242 NM_001346676 NM_001359115 NM_001359116
RefSeq (білок)	NP_001180411 NP_001180412 NP_001180413 NP_001180414 NP_001180417 NP_004978 NP_001358423 NP_001358424 NP_001358425 NP_001358426 NP_001358427 NP_001358428 NP_001358429	NP_001180232 NP_001333605 NP_080424 NP_957694 NP_001346044 NP_001346045
Локус (UCSC)	Хр. 2: 108.53 – 108.69 Mb	Хр. 10: 58.16 – 58.26 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

LIMS1 (англ. LIM zinc finger domain containing 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 325 амінокислот, а молекулярна маса — 37 251.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MANALASATC		ERCKGGFAPA		EKIVNSNGEL		YHEQCFVCAQ		CFQQFPEGLF
YEFEGRKYCE		HDFQMLFAPC		CHQCGEFIIG		RVIKAMNNSW		HPECFRCDLC
QEVLADIGFV		KNAGRHLCRP		CHNREKARGL		GKYICQKCHA		IIDEQPLIFK
NDPYHPDHFN		CANCGKELTA		DARELKGELY		CLPCHDKMGV		PICGACRRPI
EGRVVNAMGK		QWHVEHFVCA		KCEKPFLGHR		HYERKGLAYC		ETHYNQLFGD
VCFHCNRVIE		GDVVSALNKA		WCVNCFACST		CNTKLTLKNK		FVEFDMKPVC
KKCYEKFPLE		LKKRLKKLAE		TLGRK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у клітинній мембрані, мембрані, клітинних контактах.

Література

• Rearden A. (1994). A new LIM protein containing an autoepitope homologous to 'senescent cell antigen'. Biochem. Biophys. Res. Commun. 201: 1124—1131. PMID 7517666 DOI:10.1006/bbrc.1994.1822
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Tu Y., Li F., Wu C. (1998). Nck-2, a novel Src homology2/3-containing adaptor protein that interacts with the LIM-only protein PINCH and components of growth factor receptor kinase-signaling pathways. Mol. Biol. Cell. 9: 3367—3382. PMID 9843575 DOI:10.1091/mbc.9.12.3367
• Tu Y., Li F., Goicoechea S., Wu C. (1999). The LIM-only protein PINCH directly interacts with integrin-linked kinase and is recruited to integrin-rich sites in spreading cells. Mol. Cell. Biol. 19: 2425—2434. PMID 10022929 DOI:10.1128/MCB.19.3.2425
• Velyvis A., Yang Y., Wu C., Qin J. (2001). Solution structure of the focal adhesion adaptor PINCH LIM1 domain and characterization of its interaction with the integrin-linked kinase ankyrin repeat domain. J. Biol. Chem. 276: 4932—4939. PMID 11078733 DOI:10.1074/jbc.M007632200
• Chiswell B.P., Zhang R., Murphy J.W., Boggon T.J., Calderwood D.A. (2008). The structural basis of integrin-linked kinase-PINCH interactions. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105: 20677—20682. PMID 19074270 DOI:10.1073/pnas.0811415106

Див. також

• Хромосома 2