PUF60

PUF60
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2DNY, 2KXF, 2KXH, 2QFJ, 3DXB, 3UE2, 3US5, 3UWT
Ідентифікатори
Символи	PUF60, FIR, RoBPI, SIAHBP1, VRJS, poly(U) binding splicing factor 60KDa, poly(U) binding splicing factor 60
Зовнішні ІД	OMIM: 604819 MGI: 1915209 HomoloGene: 8614 GeneCards: PUF60
Пов'язані генетичні захворювання
syndromic intellectual disability, Verheij syndrome
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleic acid binding • DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • RNA binding • cadherin binding Клітинна компонента • Міжклітинні контакти • cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex • клітинне ядро • Нуклеоплазма Біологічний процес • mRNA processing • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • Сплайсинг РНК • GO:0097285 апоптоз • mRNA splicing, via spliceosome Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	22827	67959
Ensembl	ENSG00000179950 ENSG00000274081	ENSMUSG00000002524
UniProt	Q9UHX1	Q3UEB3
RefSeq (мРНК)	NM_001136033 NM_001271096 NM_001271097 NM_001271098 NM_001271099 NM_001271100 NM_014281 NM_078480 NM_001362895 NM_001362896 NM_001362897	NM_001164600 NM_028364 NM_133691 NM_001356629 NM_001378984 NM_001378985 NM_001378986
RefSeq (білок)	NP_001129505 NP_001258025 NP_001258026 NP_001258027 NP_001258028 NP_001258029 NP_055096 NP_510965 NP_001349824 NP_001349825 NP_001349826	NP_001158072 NP_082640 NP_598452 NP_001343558 NP_001365913 NP_001365914 NP_001365915 NP_001389972 NP_001389973 NP_001389974 NP_001389975
Локус (UCSC)	Хр. 8: 143.82 – 143.83 Mb	Хр. 15: 75.94 – 75.95 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

PUF60 (англ. Poly(U) binding splicing factor 60) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 559 амінокислот, а молекулярна маса — 59 875.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MATATIALQV		NGQQGGGSEP		AAAAAVVAAG		DKWKPPQGTD		SIKMENGQST
AAKLGLPPLT		PEQQEALQKA		KKYAMEQSIK		SVLVKQTIAH		QQQQLTNLQM
AAVTMGFGDP		LSPLQSMAAQ		RQRALAIMCR		VYVGSIYYEL		GEDTIRQAFA
PFGPIKSIDM		SWDSVTMKHK		GFAFVEYEVP		EAAQLALEQM		NSVMLGGRNI
KVGRPSNIGQ		AQPIIDQLAE		EARAFNRIYV		ASVHQDLSDD		DIKSVFEAFG
KIKSCTLARD		PTTGKHKGYG		FIEYEKAQSS		QDAVSSMNLF		DLGGQYLRVG
KAVTPPMPLL		TPATPGGLPP		AAAVAAAAAT		AKITAQEAVA		GAAVLGTLGT
PGLVSPALTL		AQPLGTLPQA		VMAAQAPGVI		TGVTPARPPI		PVTIPSVGVV
NPILASPPTL		GLLEPKKEKE		EEELFPESER		PEMLSEQEHM		SISGSSARHM
VMQKLLRKQE		STVMVLRNMV		DPKDIDDDLE		GEVTEECGKF		GAVNRVIIYQ
EKQGEEEDAE		IIVKIFVEFS		IASETHKAIQ		ALNGRWFAGR		KVVAEVYDQE
RFDNSDLSA

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, рибонуклеопротеїнів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як апоптоз, процесинг мРНК, сплайсинг мРНК, транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Bouffard P., Barbar E., Briere F., Boire G. (2000). Interaction cloning and characterization of RoBPI, a novel protein binding to human Ro ribonucleoproteins. RNA. 6: 66—78. PMID 10668799 DOI:10.1017/S1355838200990277
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Page-McCaw P.S., Amonlirdviman K., Sharp P.A. (1999). PUF60: a novel U2AF65-related splicing activity. RNA. 5: 1548—1560. PMID 10606266 DOI:10.1017/S1355838299991938
• Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
• Hastings M.L., Allemand E., Duelli D.M., Myers M.P., Krainer A.R. (2007). Control of pre-mRNA splicing by the general splicing factors PUF60 and U2AF. PLoS ONE. 2: E538—E538. PMID 17579712 DOI:10.1371/journal.pone.0000538

Див. також

• Хромосома 8