SSB (ген)

SSB
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 1OWX, 1S79, 1S7A, 1YTY, 1ZH5, 2VOD, 2VON, 2VOO, 2VOP
Ідентифікатори
Символи	SSB, LARP3, La, La/Sjogren syndrome antigen B, small RNA binding exonuclease protection factor La
Зовнішні ІД	OMIM: 109090 MGI: 98423 HomoloGene: 2366 GeneCards: SSB
Онтологія гена Молекулярна функція • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • mRNA binding • nucleic acid binding • tRNA binding • RNA binding • poly(U) RNA binding • protein homodimerization activity • sequence-specific mRNA binding Клітинна компонента • клітинне ядро • цитоплазма • Рибонуклеопротеїни Біологічний процес • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing • histone mRNA metabolic process • protein localization to cytoplasmic stress granule • tRNA modification • IRES-dependent viral translational initiation • tRNA 5'-leader removal • tRNA export from nucleus • tRNA processing • tRNA 3'-end processing • nuclear histone mRNA catabolic process Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6741	20823
Ensembl	ENSG00000138385	ENSMUSG00000068882
UniProt	P05455	P32067
RefSeq (мРНК)	NM_003142 NM_001294145	NM_001110145 NM_009278 NM_001355265
RefSeq (білок)	NP_001281074 NP_003133	NP_001103615 NP_033304 NP_001342194
Локус (UCSC)	Хр. 2: 169.79 – 169.81 Mb	Хр. 2: 69.69 – 69.7 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SSB (англ. Sjogren syndrome antigen B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 408 амінокислот, а молекулярна маса — 46 837.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAENGDNEKM		AALEAKICHQ		IEYYFGDFNL		PRDKFLKEQI		KLDEGWVPLE
IMIKFNRLNR		LTTDFNVIVE		ALSKSKAELM		EISEDKTKIR		RSPSKPLPEV
TDEYKNDVKN		RSVYIKGFPT		DATLDDIKEW		LEDKGQVLNI		QMRRTLHKAF
KGSIFVVFDS		IESAKKFVET		PGQKYKETDL		LILFKDDYFA		KKNEERKQNK
VEAKLRAKQE		QEAKQKLEED		AEMKSLEEKI		GCLLKFSGDL		DDQTCREDLH
ILFSNHGEIK		WIDFVRGAKE		GIILFKEKAK		EALGKAKDAN		NGNLQLRNKE
VTWEVLEGEV		EKEALKKIIE		DQQESLNKWK		SKGRRFKGKG		KGNKAAQPGS
GKGKVQFQGK		KTKFASDDEH		DEHDENGATG		PVKRAREETD		KEEPASKQQK
TENGAGDQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі як ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у ядрі.

Література

• Chan E.K.L., Sullivan K.F., Tan E.M. (1989). Ribonucleoprotein SS-B/La belongs to a protein family with consensus sequences for RNA-binding. Nucleic Acids Res. 17: 2233—2244. PMID 2468131 DOI:10.1093/nar/17.6.2233
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Chambers J.C., Keene J.D. (1985). Isolation and analysis of cDNA clones expressing human lupus La antigen. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82: 2115—2119. PMID 3856888 DOI:10.1073/pnas.82.7.2115
• Ray P.S., Das S. (2002). La autoantigen is required for the internal ribosome entry site-mediated translation of Coxsackievirus B3 RNA. Nucleic Acids Res. 30: 4500—4508. PMID 12384597 DOI:10.1093/nar/gkf583
• Kotik-Kogan O., Valentine E.R., Sanfelice D., Conte M.R., Curry S. (2008). Structural analysis reveals conformational plasticity in the recognition of RNA 3' ends by the human La protein. Structure. 16: 852—862. PMID 18547518 DOI:10.1016/j.str.2008.02.021
• Chambers J.C., Kenan D., Martin B.J., Keene J.D. (1988). Genomic structure and amino acid sequence domains of the human La autoantigen. J. Biol. Chem. 263: 18043—18051. PMID 3192525

Див. також

• Хромосома 2