VPS41

VPS41
Ідентифікатори
Символи	VPS41, HHVSP41, hVps41p, HOPS complex subunit, VPS41 subunit of HOPS complex, SCAR29
Зовнішні ІД	OMIM: 605485 MGI: 1929215 HomoloGene: 69165 GeneCards: VPS41
Онтологія гена Молекулярна функція • microtubule binding • зв'язування з іоном металу • protein self-association • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • GTPase binding Клітинна компонента • HOPS complex • AP-3 adaptor complex • гіалоплазма • ендосома • late endosome • комплекс Ґольджі • мембрана • late endosome membrane • microtubule cytoskeleton • Golgi-associated vesicle • Клатрин • lysosomal membrane • early endosome • CORVET complex • лізосома • endosome membrane • GO:0016023 cytoplasmic vesicle • clathrin-coated vesicle Біологічний процес • endosomal vesicle fusion • endosome to lysosome transport • late endosome to lysosome transport • Автофагія • Golgi vesicle transport • vacuole fusion, non-autophagic • protein transport • regulated exocytosis • protein targeting to vacuole • intracellular protein transport • regulation of SNARE complex assembly • vesicle-mediated transport • intracellular transport • GO:0015915 транспорт Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	27072	218035
Ensembl	ENSG00000006715	ENSMUSG00000041236
UniProt	P49754	Q5KU39
RefSeq (мРНК)	NM_014396 NM_080631	NM_172120
RefSeq (білок)	NP_055211 NP_542198	NP_742118
Локус (UCSC)	Хр. 7: 38.72 – 38.93 Mb	Хр. 13: 18.9 – 19.05 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

VPS41 (англ. VPS41, HOPS complex subunit) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 7-й хромосомі. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 854 амінокислот, а молекулярна маса — 98 566.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAEAEEQETG		SLEESTDESE		EEESEEEPKL		KYERLSNGVT		EILQKDAASC
MTVHDKFLAL		GTHYGKVYLL		DVQGNITQKF		DVSPVKINQI		SLDESGEHMG
VCSEDGKVQV		FGLYSGEEFH		ETFDCPIKII		AVHPHFVRSS		CKQFVTGGKK
LLLFERSWMN		RWKSAVLHEG		EGNIRSVKWR		GHLIAWANNM		GVKIFDIISK
QRITNVPRDD		ISLRPDMYPC		SLCWKDNVTL		IIGWGTSVKV		CSVKERHASE
MRDLPSRYVE		IVSQFETEFY		ISGLAPLCDQ		LVVLSYVKEI		SEKTEREYCA
RPRLDIIQPL		SETCEEISSD		ALTVRGFQEN		ECRDYHLEYS		EGESLFYIVS
PRDVVVAKER		DQDDHIDWLL		EKKKYEEALM		AAEISQKNIK		RHKILDIGLA
YINHLVERGD		YDIAARKCQK		ILGKNAALWE		YEVYKFKEIG		QLKAISPYLP
RGDPVLKPLI		YEMILHEFLE		SDYEGFATLI		REWPGDLYNN		SVIVQAVRDH
LKKDSQNKTL		LKTLAELYTY		DKNYGNALEI		YLTLRHKDVF		QLIHKHNLFS
SIKDKIVLLM		DFDSEKAVDM		LLDNEDKISI		KKVVEELEDR		PELQHVYLHK
LFKRDHHKGQ		RYHEKQISLY		AEYDRPNLLP		FLRDSTHCPL		EKALEICQQR
NFVEETVYLL		SRMGNSRSAL		KMIMEELHDV		DKAIEFAKEQ		DDGELWEDLI
LYSIDKPPFI		TGLLNNIGTH		VDPILLIHRI		KEGMEIPNLR		DSLVKILQDY
NLQILLREGC		KKILVADSLS		LLKKMHRTQM		KGVLVDEENI		CESCLSPILP
SDAAKPFSVV		VFHCRHMFHK		ECLPMPSMNS		AAQFCNICSA		KNRGPGSAIL
EMKK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах, як транспорт, транспорт білків, автофагія, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у мембрані, цитоплазматичних везикулах, лізосомі, апараті гольджі, ендосомах.

Література

• Radisky D.C., Snyder W.B., Emr S.D., Kaplan J. (1997). Characterization of VPS41, a gene required for vacuolar trafficking and high-affinity iron transport in yeast. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94: 5662—5666. PMID 9159129 DOI:10.1073/pnas.94.11.5662
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Poteryaev D., Datta S., Ackema K., Zerial M., Spang A. (2010). Identification of the switch in early-to-late endosome transition. Cell. 141: 497—508. PMID 20434987 DOI:10.1016/j.cell.2010.03.011
• Ruan Q., Harrington A.J., Caldwell K.A., Caldwell G.A., Standaert D.G. (2010). VPS41, a protein involved in lysosomal trafficking, is protective in Caenorhabditis elegans and mammalian cellular models of Parkinson's disease. Neurobiol. Dis. 37: 330—338. PMID 19850127 DOI:10.1016/j.nbd.2009.10.011
• Zlatic S.A., Tornieri K., L'Hernault S.W., Faundez V. (2011). Clathrin-dependent mechanisms modulate the subcellular distribution of class C Vps/HOPS tether subunits in polarized and nonpolarized cells. Mol. Biol. Cell. 22: 1699—1715. PMID 21411634 DOI:10.1091/mbc.E10-10-0799
• Harrington A.J., Yacoubian T.A., Slone S.R., Caldwell K.A., Caldwell G.A. (2012). Functional analysis of VPS41-mediated neuroprotection in Caenorhabditis elegans and mammalian models of Parkinson's disease. J. Neurosci. 32: 2142—2153. PMID 22323726 DOI:10.1523/JNEUROSCI.2606-11.2012

Див. також

• Хромосома 7