Ампліфікація ДНК-повторів: відмінності між версіями
[перевірена версія] | [перевірена версія] |
Немає опису редагування |
мНемає опису редагування |
||
Рядок 8: | Рядок 8: | ||
:::::::: 5'-GCCG/TGAT GGCGG/ACGG/ACGC/T G/ACGC/TCTTATCC/AGGCCTAC- 3' |
:::::::: 5'-GCCG/TGAT GGCGG/ACGG/ACGC/T G/ACGC/TCTTATCC/AGGCCTAC- 3' |
||
[[REP]] повтори локалізовані в міжгенних ділянках [[хромосома|хром]]осоми, які не |
[[REP]] повтори локалізовані в міжгенних ділянках [[хромосома|хром]]осоми, які не транслюються, в кількості від 500 до 11000 копій. Досить поширеними є і ентеробактеріальні ендогенні консенсусні повтори ([[ERIC]]), які також являють собою інвертовані повтори, та [[BOX-елементи]]. Висока консервативність цих повторів дозволила створити комплементарні їм [[Праймер (молекулярна біологія)|праймери]] для [[ампліфікація|ампліфі]]кації з допомогою [[ПЛР]] [[Локус (генетика)|локусів]] [[бактерії|бактеріальног]]о [[геном]]у, локалізованих між [[REP]] чи двома [[ERIC]] елементами. Результатом цієї реакції є утворення набору [[ДНК]] фрагментів від 200 п. о. до більш ніж 6 т. п. о., розділених в [[Гель-електрофорез#Розділення нуклеїнових кислот|агарозному гелі]], котрі відображають організацію геному даного мікроорганізму. |
||
== Значення і використання == |
== Значення і використання == |
Версія за 12:08, 14 червня 2014
Ампліфіка́ція ДНК повто́рів — це геномний фінгерпринтинг на основі ПЛР.
Суть методу
Прокаріотичний геном містить багато коротких послідовностей, що повторюються. Хоча функції їх повністю ще не відомі, вони використовуються як мішень для ідентифікації мікроорганізмів в навколишньому середовищі. Важливим підкласом цих елементів є міжгенні паліндромні повтори (REP) — висококонсервативні інвертовані повтори, що мають загальний вигляд:
- 5'-GCCG/TGAT GGCGG/ACGG/ACGC/T G/ACGC/TCTTATCC/AGGCCTAC- 3'
REP повтори локалізовані в міжгенних ділянках хромосоми, які не транслюються, в кількості від 500 до 11000 копій. Досить поширеними є і ентеробактеріальні ендогенні консенсусні повтори (ERIC), які також являють собою інвертовані повтори, та BOX-елементи. Висока консервативність цих повторів дозволила створити комплементарні їм праймери для ампліфікації з допомогою ПЛР локусів бактеріального геному, локалізованих між REP чи двома ERIC елементами. Результатом цієї реакції є утворення набору ДНК фрагментів від 200 п. о. до більш ніж 6 т. п. о., розділених в агарозному гелі, котрі відображають організацію геному даного мікроорганізму.
Значення і використання
REP-ПЛР широко використовується для ідентифікації патогенів, диференціації штамів, оцінки генетичного поліморфізму популяцій мікроорганізмів. Цей метод застосовують для досліджень в галузях медичної мікробіології, мікробної екології та генетики бактерій. Праймери, специфічні до REP, ERIC і BOX елементів можна використати для створення фінгерпринтів різних бактерій, в тому числі Г-, Г+ фітобактерій, також мікроорганізмів, що мають клінічне значення.
Література
- Lupski J. K., Wientsock G. M. Short interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genomes// J.Bacteriol. — 1992. — 174. — № 14. — p. 4525—4529.
- Versalovic J., Koeuth T., Lupski J. R. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes// Nucl. Acids Res. — 1991. — 19. — p. 6823 — 6831.
Це незавершена стаття з молекулярної біології. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |