Ампліфікація ДНК-повторів

Ампліфікація ДНК повторів — це геномний фінгерпринтинг на основі ПЛР.

Суть методу

Прокаріотичний геном містить багато коротких послідовностей, що повторюються. Хоча функції їх повністю ще не відомі, вони використовуються як мішень для ідентифікації мікроорганізмів в навколишньому середовищі. Важливим підкласом цих елементів є міжгенні паліндромні повтори (REP) — висококонсервативні інвертовані повтори, що мають загальний вигляд:

5'-GCCG/TGAT GGCGG/ACGG/ACGC/T G/ACGC/TCTTATCC/AGGCCTAC- 3'

REP повтори локалізовані в міжгенних ділянках хромосоми, які не траслюються, в кількості від 500 до 11000 копій. Досить поширеними є і ентеробактеріальні ендогенні консенсусні повтори (ERIC), які також являють собою інвертовані повтори, та BOX-елементи. Висока консервативність цих повторів дозволила створити комплементарні їм праймери для ампліфікації з допомогою ПЛР локусів бактеріального геному, локалізованих між REP чи двома ERIC елементами. Результатом цієї реакції є утворення набору ДНК фрагментів від 200 п. о. до більш ніж 6 т. п. о., розділених в агарозному гелі, котрі відображають організацію геному даного мікроорганізму.

Значення і використання

RЕР-ПЛР широко використовується для ідентифікації патогенів, диференціації штамів, оцінки генетичного поліморфізму популяцій мікроорганізмів. Цей метод застосовують для досліджень в галузях медичної мікробіології, мікробної екології та генетики бактерій. Праймери, специфічні до REP, ERIC і BOX елементів можна використати для створeння фінгерпринтів різних бактерій, в тому числі Г-, Г+ фітобактерій, також мікроорганізмів, що мають клінічне значення.

Література

1. Lupski J. K., Wientsock G. M. Short interspersed repetitive DNA sequences in prokaryotic genomes// J.Bacteriol. – 1992. – 174. – №14. – p. 4525 -4529.
2. Versalovic J., Koeuth T., Lupski J. R. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes// Nucl. Acids Res. – 1991. – 19. – p. 6823 - 6831.