Назву провінція отримала за іменем вождя одного з племен таїно. На території провінції 8 листопада1808 року відбулась битва при Пало-Інкадо, одна з найважливіших у відвоюванні східної частини острова іспанцями у французів. Провінція Ель-Сейбо існувала як територіальна одиниця і в колоніальні часи, але статус провінції вона отримала 6 листопада 1844 року відповідно до першої конституції незалежної держави. 1992 року з частини території Ель-Сейбо була створена нова провінція Ато-Майор.