Річард Бонно
| Річард Бонно | |
|---|---|
| Країна |
 США |
| Діяльність | біохімік, науково-педагогічний працівник |
| Заклад | Нью-Йоркський університет[1] |
Річард Бонно — американський обчислювальний біолог і науковець з даних, основні дослідження якого проводяться в таких галузях: вивчення мереж на основі даних функціональної геноміки, передбачення та проектування білкової та пептидоміметичної структури та застосування науки даних до соціальних мереж. Професор Нью-Йоркського університету, він займає посади на кафедрі біології, Центрі науки про дані та Інституті математичних наук Куранта .
Біографія[ред. | ред. код]
Бонно є керівником групи системної біології в центрі обчислювальної біології Інституту Флетайрона[en]. Зараз він директор Центру науки про дані Нью-Йоркського університету[en].
Наукова робота[ред. | ред. код]
У галузі передбачення структури Бонно був одним із перших авторів коду Розетти, одного з перших кодів, який продемонстрував здатність передбачати структуру білка за відсутності гомології послідовності.[2][3] Використовуючи IBM World Community Grid для згортання цілих проте-омів, його група також застосувала передбачення структури до проблеми геному та анотації проте омів.[4][5][6]
Його група зробила ключовий внесок у галузі аналізу геномних даних, зосередившись на двох основних областях: 1. методи мережевого висновку, які розкривають динаміку та топологію з даних, і 2. методи, які вивчають залежні від умов спільно-регульовані групи з інтеграції різних геномів. типи даних.[7]
У 2013 році він та його колеги з Нью-Йоркського університету розпочали проект із вивчення впливу використання соціальних медіа на політичні настрої та участь шляхом застосування методів із низки академічних дисциплін. Проект — Соціальні медіа та політична участь (SMaPP) — спирається як на дані опитування, так і на загальнодоступні дані соціальних медіа для вирішення низки питань, що стосуються причинно-наслідкових процесів, які формують політичну участь.
Мережевий висновок і системна біологія[ред. | ред. код]
Разом з Вестьенном Торссоном, Девідом Рейссом і Нітіном Балігою він розробив Inferelator і cMonkey, два алгоритми, які були вирішальними для вивчення загальногеномної моделі регуляторної мережі Halobacterium . Баліга і Бонно використовували свою модель для прогнозування транскрипційної динаміки реакції клітини на нове середовище (публікація в Cell у грудні 2007 року). Ця робота являє собою першу повністю керовану даними реконструкцію регуляторної мережі клітин, що включає вивчення кінетичних/динамічних параметрів, а також топології мережі.
Посилання[ред. | ред. код]
- ↑ https://as.nyu.edu/biology/directory.richard-bonneau.html
- ↑ Renfrew PD, Campbell G, Strauss CEM, Bonneau R (2011) The 2010 Rosetta Developers Meeting: Macromolecular Prediction and Design Meets Reproducible Publishing. PLoS ONE 6(8): e22431
- ↑ Renfrew PD, Choi EJ, Bonneau R, Kuhlman B (2012) Incorporation of Noncanonical AminoAcids into Rosetta and Use in Computational Protein-Peptide Interface Design.PLoS ONE 7(3): e32637.
- ↑ Drew K, Winters P, Butterfoss GL, Berstis V, Uplinger K, Armstrong J, Riffle M, Schweighofer E, Bovermann B, Goodlett DR, Davis TN, Shasha D, Malmström L, Bonneau R., Genome Res. 2011 Nov; 21(11):1981-94.
- ↑ The proteome folding project: Proteome-scale prediction of structure and function (2011) Kevin Drew, Patrick Winters, GlennL. Butterfoss, Viktors Berstis, Keith Uplinger, Jonathan Armstrong, MichaelRiffle, Erik Schweighofer, Bill Bovermann, David R. Goodlett, Trisha N. Davis, Dennis Shasha, Lars Malmstrom, and Richard Bonneau. Genome Research, August 8, 2011)
- ↑ Bonneau, R, Facciotti, MT, Reiss, DJ, Madar A, Baliga, NS, et al. A predictive model for transcriptional control of physiology in a free living cell. (2007) Cell. Dec 131:1354-1365
- ↑ Maria Ciofani, Aviv Madar, Carolina Galan, MacLean Sellars, Kieran Mace, Florencia Pauli, Ashish Agarwal, Wendy Huang, Christopher N. Parkurst, Michael Muratet, Kim M. Newberry, Sarah Meadows, Alex Greenfield, Yi Yang, Preti Jain, Francis K. Kirigin, Carmen Birchmeier, Erwin F. Wagner, Kenneth M. Murphy, Richard M. Myers, Richard Bonneau, Dan R. Littman. Cell, October 12, 2012 (Vol. 151, Issue 2, pp. 289—303)
- Bonneau, R & Baker, D. (2001). Прогнозування структури білка Ab Initio: прогрес і перспективи. Анну. Рев. Біофіз. Біомол. Структура. 30, 173-89.
- Бонно Р., Ділан Чівіан, Чарлі Е. М. Штраус, Керол Рол, Девід Бейкер. (2002) Де Ново Прогноз тривимірних структур для основних білкових сімей. JMB, 322 (1): 65-78.
- Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Комплексне прогнозування структури de novo в контексті системної біології для археї Halobacterium sp. НРЦ-1. Біологія геному. 5(8): R52-68
- Майк Боксем, Золтан Маліга, Нільс Дж. Клітгорд, На Лі, Ірма Лемменс, Мієко Мана, Лоренцо Де Ліхтервельде, Йорам Мул, Дідерік ван де Пеут, Максим Девос, Ніколас Сімоніс, Анн-Лоре Шлайц, Мурат Кокол, Мухаммед А. Йілдірім, Тонг Хао, Чангю Фан, Ченвей Лінь, Майк Типсворд, Кевін Дрю, Матильда Галлі, Кан Ррісорракрай, Девід Дреч-сел, Девід Е. Хілл, Річард Бонне, Крістін К. Гунсалус, Фредерік П. Рот, Фабіо Піано, Ян Таверньє, Сандер ван ден Хейвел, Ентоні А. Хайман, Марк Відал. Інтерактомна мережа на основі білкового домену для C. elegans раннього ембріогенезу. (2008) Клетка, 134(3) с. 534 — 545.
- Andersen-Nissen E, Smith KD, Bonneau R, Strong RK, Aderem A. Збережена поверхня на Toll-подібному рецепторі 5 розпізнає бактеріальний флагелін. (2007) J Exp Med. 19 лютого; 204 (2): 393—403.
- Боно, Річард. Навчання біологічних мереж: від модулів до динаміки. Nature Chemical Biology 4, 658—664 (2008)
- Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) The Inferelator: процедура для вивчення економних регуляторних мереж із системно-біологічних наборів даних de novo. Геном біол. 7(5): R36.
- David J Reiss, Nitin S Baliga, Bonneau R. (2006) Інтегрована бікластеризація гетерогенних наборів даних по всьому геному. Біоінформатика BMC. 7(1):280.