Вихованець «Чезени», з якої у віці 17 років потрапив до «Аталанти», з якій він ще 2 роки грав на молодіжному рівні, вигравши юнацький чемпіонат Італії 2018/19. Вперше потрапив до заявки головної команди 14 січня 2019 року на матч Кубка Італії 2018/19 проти «Кальярі», але залишився на лавці запасних[2].
25 липня 2019 року Карнесеккі був відданий в оренду новачку Серії B«Трапані»[3], де і дебютував на дорослому рівні 22 вересня 2019 року у грі чемпіонату проти «Салернітани» (0:1), зігравши цілу гру[4]. Загалом за сезон зіграв 33 гри Серії В, але не зумів врятувати команду від вильоту.
Після оренди Марко повернувся до «Аталанти», де займав роль третього воротаря після П'єрлуїджі Голліні та Марко Спортьєлло, тому не зіграв жодного матчу і 5 січня 2021 року знову був відданий в оренду в клуб Серії В «Кремонезе» на решту сезону 2020/21[5]. До кінця сезону зіграв 20 ігор. Загалом за два з половиною сезони, проведених у цій команді, здебільшого був основним голкіпером і захищав її ворота у 85 іграх усіх турнірів.
У жовтні 2016 року Карнесеккі вперше був викликаний до юнацької збірної Італії до 17 років, а дебютував 14 грудня 2016 року в товариському матчі проти Угорщини[6]. У складі цієї збірної був учасником юнацького чемпіонату Європи 2017 року в Хорватії, але був дублером Сімоне Гідотті і на поле не виходив, а італійці не змогли подолати груповий етап.
Згодом він був основним воротарем збірної Італії до 19 років на юнацькому чемпіонаті Європи 2019 року у Вірменії, але команда вибула на груповому етапі.
Зі збірною до 20 років виступав на молодіжному чемпіонаті світу[7], де був дублером Алессандро Пліццарі, тому зіграв лише у двох матчах — на груповому етапі з Японією та в грі за третє місце проти Еквадору.
Італія
.svg){kind=small}
