UPF1

UPF1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2GJK, 2GK6, 2GK7, 2IYK, 2WJV, 2WJY, 2XZO, 2XZP
Ідентифікатори
Символи	UPF1, HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, RNA helicase and ATPase, UPF1 RNA helicase and ATPase, UTF
Зовнішні ІД	OMIM: 601430 MGI: 107995 HomoloGene: 2185 GeneCards: UPF1
Реагує на сполуку
Viroporin 3a
Viroporin 3a
Онтологія гена Молекулярна функція • nucleotide binding • DNA binding • telomeric DNA binding • zinc ion binding • chromatin binding • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • hydrolase activity • ATP binding • GO:0008026 helicase activity • RNA binding Клітинна компонента • гіалоплазма • P-body • exon-exon junction complex • supraspliceosomal complex • нуклеоплазма • Хроматин • цитоплазма • клітинне ядро Біологічний процес • regulation of translational termination • telomere maintenance via semi-conservative replication • positive regulation of mRNA catabolic process • mRNA export from nucleus • реплікація ДНК • nuclear-transcribed mRNA catabolic process • cellular response to interleukin-1 • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, endonucleolytic cleavage-dependent decay • histone mRNA catabolic process • dosage compensation by inactivation of X chromosome • cellular response to lipopolysaccharide • 3'-UTR-mediated mRNA destabilization • GO:0100026 Репарація ДНК • nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay • regulation of telomere maintenance • cell cycle phase transition • GO:0022415 viral process Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	5976	19704
Ensembl	ENSG00000005007	ENSMUSG00000058301
UniProt	Q92900	Q9EPU0
RefSeq (мРНК)	NM_002911 NM_001297549	NM_001122829 NM_030680
RefSeq (білок)	NP_001284478 NP_002902 NP_001284478.1	NP_001116301 NP_109605
Локус (UCSC)	Хр. 19: 18.83 – 18.87 Mb	Хр. 8: 70.78 – 70.81 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

UPF1 (англ. UPF1, RNA helicase and ATPase) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 19-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 129 амінокислот, а молекулярна маса — 124 345.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MSVEAYGPSS		QTLTFLDTEE		AELLGADTQG		SEFEFTDFTL		PSQTQTPPGG
PGGPGGGGAG		GPGGAGAGAA		AGQLDAQVGP		EGILQNGAVD		DSVAKTSQLL
AELNFEEDEE		DTYYTKDLPI		HACSYCGIHD		PACVVYCNTS		KKWFCNGRGN
TSGSHIVNHL		VRAKCKEVTL		HKDGPLGETV		LECYNCGCRN		VFLLGFIPAK
ADSVVVLLCR		QPCASQSSLK		DINWDSSQWQ		PLIQDRCFLS		WLVKIPSEQE
QLRARQITAQ		QINKLEELWK		ENPSATLEDL		EKPGVDEEPQ		HVLLRYEDAY
QYQNIFGPLV		KLEADYDKKL		KESQTQDNIT		VRWDLGLNKK		RIAYFTLPKT
DSGNEDLVII		WLRDMRLMQG		DEICLRYKGD		LAPLWKGIGH		VIKVPDNYGD
EIAIELRSSV		GAPVEVTHNF		QVDFVWKSTS		FDRMQSALKT		FAVDETSVSG
YIYHKLLGHE		VEDVIIKCQL		PKRFTAQGLP		DLNHSQVYAV		KTVLQRPLSL
IQGPPGTGKT		VTSATIVYHL		ARQGNGPVLV		CAPSNIAVDQ		LTEKIHQTGL
KVVRLCAKSR		EAIDSPVSFL		ALHNQIRNMD		SMPELQKLQQ		LKDETGELSS
ADEKRYRALK		RTAERELLMN		ADVICCTCVG		AGDPRLAKMQ		FRSILIDEST
QATEPECMVP		VVLGAKQLIL		VGDHCQLGPV		VMCKKAAKAG		LSQSLFERLV
VLGIRPIRLQ		VQYRMHPALS		AFPSNIFYEG		SLQNGVTAAD		RVKKGFDFQW
PQPDKPMFFY		VTQGQEEIAS		SGTSYLNRTE		AANVEKITTK		LLKAGAKPDQ
IGIITPYEGQ		RSYLVQYMQF		SGSLHTKLYQ		EVEIASVDAF		QGREKDFIIL
SCVRANEHQG		IGFLNDPRRL		NVALTRARYG		VIIVGNPKAL		SKQPLWNHLL
NYYKEQKVLV		EGPLNNLRES		LMQFSKPRKL		VNTINPGARF		MTTAMYDARE
AIIPGSVYDR		SSQGRPSSMY		FQTHDQIGMI		SAGPSHVAAM		NIPIPFNLVM
PPMPPPGYFG		QANGPAAGRG		TPKGKTGRGG		RQKNRFGLPG		PSQTNLPNSQ
ASQDVASQPF		SQGALTQGYI		SMSQPSQMSQ		PGLSQPELSQ		DSYLGDEFKS
QIDVALSQDS		TYQGERAYQH		GGVTGLSQY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ, фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

• Perlick H.A., Medghalchi S.M., Spencer F.A., Kendzior R.J. Jr., Dietz H.C. (1996). Mammalian orthologues of a yeast regulator of nonsense transcript stability. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93: 10928—10932. PMID 8855285 DOI:10.1073/pnas.93.20.10928
• Applequist S.E., Selg M., Raman C., Jaeck H.-M. (1997). Cloning and characterization of HUPF1, a human homolog of the Saccharomyces cerevisiae nonsense mRNA-reducing UPF1 protein. Nucleic Acids Res. 25: 814—821. PMID 9064659 DOI:10.1093/nar/25.4.814
• Page M.F., Carr B., Anders K.R., Grimson A., Anderson P. (1999). SMG-2 is a phosphorylated protein required for mRNA surveillance in Caenorhabditis elegans and related to Upf1p of yeast. Mol. Cell. Biol. 19: 5943—5951. PMID 10454541 DOI:10.1128/MCB.19.9.5943
• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2000). Human Upf proteins target an mRNA for nonsense-mediated decay when bound downstream of a termination codon. Cell. 103: 1121—1131. PMID 11163187 DOI:10.1016/S0092-8674(00)00214-2
• Mendell J.T., Medghalchi S.M., Lake R.G., Noensie E.N., Dietz H.C. (2000). Novel Upf2p orthologues suggest a functional link between translation initiation and nonsense surveillance complexes. Mol. Cell. Biol. 20: 8944—8957. PMID 11073994 DOI:10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000

Див. також

• Хромосома 19