Thaumarchaeota: відмінності між версіями

Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
Перейти до навігації Перейти до пошуку
Інтерактивний перегляд історії
[перевірена версія][перевірена версія]
← Попереднє редагуванняНаступне редагування →
Вилучено вміст Додано вміст
ВізуальнийВікірозмітка
Рядок 15: Рядок 15:
== Історія ==
== Історія ==
Тип був виділений в 2008 році на основі філогенетичних даних, таких як послідовності генів [[рРНК]] цих організмів , а також утворення ними [[Топоізомераза|топоізомерази]] I типу, який раніше вважався унікальним для еукаріот. Ці положення були підтверджені додатковими аналізами, результати яких були опубліковані в 2010 році. У них перевірялися геноми архей ''[[Nitrosopumilus maritimus]]'' і ''[[Nitrososphaera gargensis]]''. За результатами цих досліджень було встановлено, що ці два види відрізняються від ''[[Cenarchaeum symbiosum]]'', який став першим описаним видом Thaumarchaeota.
Тип був виділений в 2008 році на основі філогенетичних даних, таких як послідовності генів [[рРНК]] цих організмів , а також утворення ними [[Топоізомераза|топоізомерази]] I типу, який раніше вважався унікальним для еукаріот. Ці положення були підтверджені додатковими аналізами, результати яких були опубліковані в 2010 році. У них перевірялися геноми архей ''[[Nitrosopumilus maritimus]]'' і ''[[Nitrososphaera gargensis]]''. За результатами цих досліджень було встановлено, що ці два види відрізняються від ''[[Cenarchaeum symbiosum]]'', який став першим описаним видом Thaumarchaeota.

== Класифікація ==

Клас [[Nitrososphaeria]] <ref name="Stieglmeier_2014">{{cite journal | author = Stieglmeier M, Klingl A, Alves RJ, Rittmann SK, Melcher M, Leisch N, Schleper C | display-authors = 6 | title = Nitrososphaera viennensis gen. nov., sp. nov., an aerobic and mesophilic, ammonia-oxidizing archaeon from soil and a member of the archaeal phylum Thaumarchaeota | journal = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology | volume = 64 | issue = Pt 8 | pages = 2738–52 | date = August 2014 | pmid = 24907263 | pmc = 4129164 | doi = 10.1099/ijs.0.063172-0 }}</ref>
*"''Candidatus'' [[Caldiarchaeum]]" <ref name="Nunoura_2011">{{cite journal | author = Nunoura T, Takaki Y, Kakuta J, Nishi S, Sugahara J, Kazama H, Chee GJ, Hattori M, Kanai A, Atomi H, Takai K, Takami H | display-authors = 6 | title = Insights into the evolution of Archaea and eukaryotic protein modifier systems revealed by the genome of a novel archaeal group | journal = Nucleic Acids Research | volume = 39 | issue = 8 | pages = 3204–23 | date = April 2011 | pmid = 21169198 | pmc = 3082918 | doi = 10.1093/nar/gkq1228 | url = }}</ref>
**"''Candidatus'' [[Caldiarchaeum subterraneum]]" <ref name="Nunoura_2011" />
*"''Candidatus'' [[Giganthauma]]" <ref name = "Muller_2010">{{cite journal | author = Muller F, Brissac T, Le Bris N, Felbeck H, Gros O | title = First description of giant Archaea (Thaumarchaeota) associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat. | journal = Environmental Microbiology | date = August 2010 | volume = 12 | issue = 8 | pages = 2371–83 | doi = 10.1111/j.1462-2920.2010.02309.x| pmid = 21966926 }}</ref>
**"''Candidatus'' [[Giganthauma insulaporcus]]" <ref name = "Muller_2010" />
**"''Candidatus'' [[Giganthauma karukerense]]" <ref name = "Muller_2010" />
*"''Candidatus'' [[Nitrosopelagicus]]" <ref name="Santoro_2014">{{cite journal | author = Santoro AE, Dupont CL, Richter RA, Craig MT, Carini P, McIlvin MR, Yang Y, Orsi WD, Moran DM, Saito MA | display-authors = 6 | title = Genomic and proteomic characterization of "Candidatus Nitrosopelagicus brevis": an ammonia-oxidizing archaeon from the open ocean | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 112 | issue = 4 | pages = 1173–8 | date = January 2015 | pmid = 25587132 | pmc = 4313803 | doi = 10.1073/pnas.1416223112 | bibcode = 2015PNAS..112.1173S }}</ref>
**"''Candidatus'' [[Nitrosopelagicus brevis]]" <ref name="Santoro_2014" />
*"''Candidatus'' [[Nitrosotalea]]" <ref name="Lehtovirta-Morley_2011">{{cite journal | author = Lehtovirta-Morley LE, Stoecker K, Vilcinskas A, Prosser JI, Nicol GW | title = Cultivation of an obligate acidophilic ammonia oxidizer from a nitrifying acid soil | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 108 | issue = 38 | pages = 15892–7 | date = September 2011 | pmid = 21896746 | pmc = 3179093 | doi = 10.1073/pnas.1107196108 | bibcode = 2011PNAS..10815892L }}</ref>
**"''Candidatus'' [[Nitrosotalea devanaterra]]" <ref name="Lehtovirta-Morley_2011" />
* ряд [[Cenarchaeales]] <ref name="Cavalier-Smith_2002">{{cite journal | author = Cavalier-Smith T | title = The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification | journal = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology | volume = 52 | issue = Pt 1 | pages = 7–76 | date = January 2002 | pmid = 11837318 | doi = 10.1099/00207713-52-1-7 }}</ref>
** родина "[[Cenarchaeaceae]]" <ref name="Preston_1996">{{cite journal | author = Preston CM, Wu KY, Molinski TF, DeLong EF | title = A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge: Cenarchaeum symbiosum gen. nov., sp. nov | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America | volume = 93 | issue = 13 | pages = 6241–6 | date = June 1996 | pmid = 8692799 | pmc = 39006 | doi = 10.1073/pnas.93.13.6241 | bibcode = 1996PNAS...93.6241P }}</ref>
***''[[Cenarchaeum]]'' ♠ <ref name="Preston_1996" />
****''[[Cenarchaeum symbiosum]]'' ♠ <ref name="Preston_1996" />
* ряд [[Nitrososphaerales]] <ref name="Stieglmeier_2014" />
** родина [[Nitrososphaeraceae]] <ref name="Stieglmeier_2014" />
***''[[Nitrososphaera]]'' <ref name="Stieglmeier_2014" />
****"''Candidatus'' [[Nitrososphaera evergladensis]]" <ref name="Zhalnina_2014">{{cite journal | author = Zhalnina KV, Dias R, Leonard MT, Dorr de Quadros P, Camargo FA, Drew JC, Farmerie WG, Daroub SH, Triplett EW | display-authors = 6 | title = Genome sequence of Candidatus Nitrososphaera evergladensis from group I.1b enriched from Everglades soil reveals novel genomic features of the ammonia-oxidizing archaea | journal = PLOS ONE | volume = 9 | issue = 7 | pages = e101648 | date = 7 July 2014 | pmid = 24999826 | pmc = 4084955 | doi = 10.1371/journal.pone.0101648 | bibcode = 2014PLoSO...9j1648Z }}</ref>
****"''Candidatus'' [[Nitrososphaera gargensis]]" <small>Hatzenpichler et al. 2008</small>
**** ''[[Nitrososphaera viennensis]]'' <ref name="Stieglmeier_2014" />
*"''Candidatus'' [[Nitrosopumilales]]" <ref name="Könneke_2005">{{cite journal | author = Könneke M, Bernhard AE, de la Torre JR, Walker CB, Waterbury JB, Stahl DA | title = Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon | journal = Nature | volume = 437 | issue = 7058 | pages = 543–6 | date = September 2005 | pmid = 16177789 | doi = 10.1038/nature03911 | url = | bibcode = 2005Natur.437..543K }}</ref>
**"''Candidatus'' [[Nitrosopumilaceae]]" <ref name="Könneke_2005" />
***"''Candidatus'' [[Nitrosoarchaeum]]" <ref name="Blainey_2011">{{cite journal | author = Blainey PC, Mosier AC, Potanina A, Francis CA, Quake SR | title = Genome of a low-salinity ammonia-oxidizing archaeon determined by single-cell and metagenomic analysis | journal = PLOS ONE | volume = 6 | issue = 2 | pages = e16626 | date = February 2011 | pmid = 21364937 | pmc = 3043068 | doi = 10.1371/journal.pone.0016626 | bibcode = 2011PLoSO...616626B }}</ref>
****"''Candidatus'' [[Nitrosoarchaeum koreensis]]" <ref name="Kim_2011">{{cite journal | author = Kim BK, Jung MY, Yu DS, Park SJ, Oh TK, Rhee SK, Kim JF | title = Genome sequence of an ammonia-oxidizing soil archaeon, "Candidatus Nitrosoarchaeum koreensis" MY1 | journal = Journal of Bacteriology | volume = 193 | issue = 19 | pages = 5539–40 | date = October 2011 | pmid = 21914867 | pmc = 3187385 | doi = 10.1128/JB.05717-11 }}</ref>
****"''Candidatus'' [[Nitrosoarchaeum limnia]]" <ref name="Blainey_2011" />
***"''Candidatus'' [[Nitrosotenuis]]" <ref name="Lebedeva_2013">{{cite journal | author = Lebedeva EV, Hatzenpichler R, Pelletier E, Schuster N, Hauzmayer S, Bulaev A, Grigor'eva NV, Galushko A, Schmid M, Palatinszky M, Le Paslier D, Daims H, Wagner M | title = Enrichment and genome sequence of the group I.1a ammonia-oxidizing Archaeon "Ca. Nitrosotenuis uzonensis" representing a clade globally distributed in thermal habitats | journal = PLOS ONE | volume = 8 | issue = 11 | pages = e80835 | date = 2013 | pmid = 24278328 | pmc = 3835317 | doi = 10.1371/journal.pone.0080835 | bibcode = 2013PLoSO...880835L }}</ref>
****"''Candidatus'' [[Nitrosotenuis uzonensis]]" <ref name="Lebedeva_2013" />
****"''Candidatus'' [[Nitrosotenuis cloacae]]" <ref name="Li_2016">{{cite journal | author = Li Y, Ding K, Wen X, Zhang B, Shen B, Yang Y | title = A novel ammonia-oxidizing archaeon from wastewater treatment plant: Its enrichment, physiological and genomic characteristics | journal = Scientific Reports | volume = 6 | issue = | pages = 23747 | date = March 2016 | pmid = 27030530 | pmc = 4814877 | doi = 10.1038/srep23747 | bibcode = 2016NatSR...623747L }}</ref>
***"''Candidatus'' [[Nitrosopumilus]]" <ref name="Könneke_2005" />
****"''Candidatus'' [[Nitrosopumilus koreensis]]" <ref name="Park_2012">{{cite journal | author = Park SJ, Kim JG, Jung MY, Kim SJ, Cha IT, Kwon K, Lee JH, Rhee SK | title = Draft genome sequence of an ammonia-oxidizing archaeon, "Candidatus Nitrosopumilus koreensis" AR1, from marine sediment | journal = Journal of Bacteriology | volume = 194 | issue = 24 | pages = 6940–1 | date = December 2012 | pmid = 23209206 | pmc = 3510587 | doi = 10.1128/JB.01857-12 }}</ref>
****"''Candidatus'' [[Nitrosopumilus salaria]]" <ref name="Mosier_2012">{{cite journal | author = Mosier AC, Allen EE, Kim M, Ferriera S, Francis CA | title = Genome sequence of "Candidatus Nitrosopumilus salaria" BD31, an ammonia-oxidizing archaeon from the San Francisco Bay estuary | journal = Journal of Bacteriology | volume = 194 | issue = 8 | pages = 2121–2 | date = April 2012 | pmid = 22461555 | pmc = 3318490 | doi = 10.1128/JB.00013-12 }}</ref>
****"''Candidatus'' [[Nitrosopumilus maritimus]]" <ref name="Könneke_2005" />
****"''Candidatus'' [[Nitrosopumilus adriaticus]]" <ref name="Bayer_2016">{{cite journal | author = Bayer B, Vojvoda J, Offre P, Alves RJ, Elisabeth NH, Garcia JA, Volland JM, Srivastava A, Schleper C, Herndl GJ | title = Physiological and genomic characterization of two novel marine thaumarchaeal strains indicates niche differentiation | journal = The ISME Journal | volume = 10 | issue = 5 | pages = 1051–63 | date = May 2016 | pmid = 26528837 | pmc = 4839502 | doi = 10.1038/ismej.2015.200 }}</ref>
****"''Candidatus'' [[Nitrosopumilus piranensis]]" <ref name="Bayer_2016" />

Версія за 11:01, 14 грудня 2019

Ця стаття в процесі редагування певний час.

Будь ласка, не редагуйте її, бо Ваші зміни можуть бути втрачені.

Якщо ця сторінка не редагувалася кілька днів, будь ласка, приберіть цей шаблон. Це повідомлення призначене для уникнення конфліктів редагування.

Останнє редагування зробив користувач Стефанко1982 (внесок, журнали) о 11:01 UTC (2359281 хвилину тому).
Thaumarchaeota
Біологічна класифікація
Домен: Археї (Archaea)
Царство: Proteoarchaeota
Тип: "Thaumarchaeota"
Brochier-Armanet, Boussau, Gribaldo & Forterre, 2008
Класи
Посилання
Віківиди: Thaumarchaeota
EOL: 10594366
ITIS: 951425

Thaumarchaeota — тип архей з царства Proteoarchaeota. Включає 3 підтверджених види та близько 20 кандидатів (Candidatus). Представники типу є хемолітотрофами і окислюють аміак.

Історія

Тип був виділений в 2008 році на основі філогенетичних даних, таких як послідовності генів рРНК цих організмів , а також утворення ними топоізомерази I типу, який раніше вважався унікальним для еукаріот. Ці положення були підтверджені додатковими аналізами, результати яких були опубліковані в 2010 році. У них перевірялися геноми архей Nitrosopumilus maritimus і Nitrososphaera gargensis. За результатами цих досліджень було встановлено, що ці два види відрізняються від Cenarchaeum symbiosum, який став першим описаним видом Thaumarchaeota.

Класифікація

Клас Nitrososphaeria [1]

  1. ↑ а б в г д е Stieglmeier M, Klingl A, Alves RJ, Rittmann SK, Melcher M, Leisch N, Schleper C (August 2014). Nitrososphaera viennensis gen. nov., sp. nov., an aerobic and mesophilic, ammonia-oxidizing archaeon from soil and a member of the archaeal phylum Thaumarchaeota. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 64 (Pt 8): 2738—52. doi:10.1099/ijs.0.063172-0. PMC 4129164. PMID 24907263. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  2. ↑ а б Nunoura T, Takaki Y, Kakuta J, Nishi S, Sugahara J, Kazama H, Chee GJ, Hattori M, Kanai A, Atomi H, Takai K, Takami H (April 2011). Insights into the evolution of Archaea and eukaryotic protein modifier systems revealed by the genome of a novel archaeal group. Nucleic Acids Research. 39 (8): 3204—23. doi:10.1093/nar/gkq1228. PMC 3082918. PMID 21169198. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  3. ↑ а б в Muller F, Brissac T, Le Bris N, Felbeck H, Gros O (August 2010). First description of giant Archaea (Thaumarchaeota) associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat. Environmental Microbiology. 12 (8): 2371—83. doi:10.1111/j.1462-2920.2010.02309.x. PMID 21966926.
  4. ↑ а б Santoro AE, Dupont CL, Richter RA, Craig MT, Carini P, McIlvin MR, Yang Y, Orsi WD, Moran DM, Saito MA (January 2015). Genomic and proteomic characterization of "Candidatus Nitrosopelagicus brevis": an ammonia-oxidizing archaeon from the open ocean. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112 (4): 1173—8. Bibcode:2015PNAS..112.1173S. doi:10.1073/pnas.1416223112. PMC 4313803. PMID 25587132. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)
  5. ↑ а б Lehtovirta-Morley LE, Stoecker K, Vilcinskas A, Prosser JI, Nicol GW (September 2011). Cultivation of an obligate acidophilic ammonia oxidizer from a nitrifying acid soil. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108 (38): 15892—7. Bibcode:2011PNAS..10815892L. doi:10.1073/pnas.1107196108. PMC 3179093. PMID 21896746.
  6. ↑ Cavalier-Smith T (January 2002). The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52 (Pt 1): 7—76. doi:10.1099/00207713-52-1-7. PMID 11837318.
  7. ↑ а б в Preston CM, Wu KY, Molinski TF, DeLong EF (June 1996). A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge: Cenarchaeum symbiosum gen. nov., sp. nov. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (13): 6241—6. Bibcode:1996PNAS...93.6241P. doi:10.1073/pnas.93.13.6241. PMC 39006. PMID 8692799.
  8. ↑ Zhalnina KV, Dias R, Leonard MT, Dorr de Quadros P, Camargo FA, Drew JC, Farmerie WG, Daroub SH, Triplett EW (7 July 2014). Genome sequence of Candidatus Nitrososphaera evergladensis from group I.1b enriched from Everglades soil reveals novel genomic features of the ammonia-oxidizing archaea. PLOS ONE. 9 (7): e101648. Bibcode:2014PLoSO...9j1648Z. doi:10.1371/journal.pone.0101648. PMC 4084955. PMID 24999826. {{cite journal}}: Недійсний |display-authors=6 (довідка)Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  9. ↑ а б в г Könneke M, Bernhard AE, de la Torre JR, Walker CB, Waterbury JB, Stahl DA (September 2005). Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon. Nature. 437 (7058): 543—6. Bibcode:2005Natur.437..543K. doi:10.1038/nature03911. PMID 16177789.
  10. ↑ а б Blainey PC, Mosier AC, Potanina A, Francis CA, Quake SR (February 2011). Genome of a low-salinity ammonia-oxidizing archaeon determined by single-cell and metagenomic analysis. PLOS ONE. 6 (2): e16626. Bibcode:2011PLoSO...616626B. doi:10.1371/journal.pone.0016626. PMC 3043068. PMID 21364937.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  11. ↑ Kim BK, Jung MY, Yu DS, Park SJ, Oh TK, Rhee SK, Kim JF (October 2011). Genome sequence of an ammonia-oxidizing soil archaeon, "Candidatus Nitrosoarchaeum koreensis" MY1. Journal of Bacteriology. 193 (19): 5539—40. doi:10.1128/JB.05717-11. PMC 3187385. PMID 21914867.
  12. ↑ а б Lebedeva EV, Hatzenpichler R, Pelletier E, Schuster N, Hauzmayer S, Bulaev A, Grigor'eva NV, Galushko A, Schmid M, Palatinszky M, Le Paslier D, Daims H, Wagner M (2013). Enrichment and genome sequence of the group I.1a ammonia-oxidizing Archaeon "Ca. Nitrosotenuis uzonensis" representing a clade globally distributed in thermal habitats. PLOS ONE. 8 (11): e80835. Bibcode:2013PLoSO...880835L. doi:10.1371/journal.pone.0080835. PMC 3835317. PMID 24278328.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
  13. ↑ Li Y, Ding K, Wen X, Zhang B, Shen B, Yang Y (March 2016). A novel ammonia-oxidizing archaeon from wastewater treatment plant: Its enrichment, physiological and genomic characteristics. Scientific Reports. 6: 23747. Bibcode:2016NatSR...623747L. doi:10.1038/srep23747. PMC 4814877. PMID 27030530.
  14. ↑ Park SJ, Kim JG, Jung MY, Kim SJ, Cha IT, Kwon K, Lee JH, Rhee SK (December 2012). Draft genome sequence of an ammonia-oxidizing archaeon, "Candidatus Nitrosopumilus koreensis" AR1, from marine sediment. Journal of Bacteriology. 194 (24): 6940—1. doi:10.1128/JB.01857-12. PMC 3510587. PMID 23209206.
  15. ↑ Mosier AC, Allen EE, Kim M, Ferriera S, Francis CA (April 2012). Genome sequence of "Candidatus Nitrosopumilus salaria" BD31, an ammonia-oxidizing archaeon from the San Francisco Bay estuary. Journal of Bacteriology. 194 (8): 2121—2. doi:10.1128/JB.00013-12. PMC 3318490. PMID 22461555.
  16. ↑ а б Bayer B, Vojvoda J, Offre P, Alves RJ, Elisabeth NH, Garcia JA, Volland JM, Srivastava A, Schleper C, Herndl GJ (May 2016). Physiological and genomic characterization of two novel marine thaumarchaeal strains indicates niche differentiation. The ISME Journal. 10 (5): 1051—63. doi:10.1038/ismej.2015.200. PMC 4839502. PMID 26528837.
Отримано з https://uk.wikipedia.org/w/index.php?title=Thaumarchaeota&oldid=26765549