У 2007 році він працював головним тренером івано-Франківського«Спартака»[2]. Пізніше тренував також аматорський клуб з Івано-Франківська «Тепловик»[3]. З 2015 року тренер аматорської команди «Галичина» (Івано-Франківськ)[4][5], працює також керівником технічного департаменту Івано-Франківської обласної федерації Футболу[6]. З 2 вересня 2015 року Микола Васильків залишив клуб «Галичина» та зосередився на роботі у штабі збірної Івано-Франківської області з футболу[7].