PHYLIP

PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) — програмне забезпечення для побудови філогенетичних дерев. Пакет складається з 35 програм, які не мають графічного інтерфейсу. Вхідні дані представлено у власному форматі PHYLIP. Файл outtree, що містить дерево, представлений в універсальному Ньюїк-форматі.

З вересня 1980 року, моменту першого виходу програми, має понад 28000 офіційно зареєстрованих користувачів.

Існує ряд програмних продуктів, що надають графічний інтерфейс до функціоналу PHYLIP. Російською мовою безкоштовно поширюється система UGENE, що дозволяє будувати дерева за алгоритмами PHYLIP, візуалізувати їх, а також зберігати у форматі Newick.

Програми PHYLIP

Назви програми	опис програми
protpars	Оцінює філогенію білкових послідовностей за допомогою методу максимальної ощадливості.
dnapars	Оцінює філогенію ДНК послідовностей за допомогою методу максимальної ощадливості.
dnapenny	ДНК метод гілок і меж. Шукає всі найбільш економні філогенії для амінокислотних послідовностей.
dnamove	Інтерактивна побудова філогенії з амінокислотних послідовностей, оцінка за допомогою методу максимальної економії для ДНК.
dnacomp	Оцінка філогенії за даними амінокислотних послідовностей за допомогою критерію сумісності.
dnaml	Оцінює філогенію по нуклеотидних послідовностях, використовуючи метод максимальної правдоподібності.
dnamlk	ДНК метод максимальної правдоподібності з молекулярними годинниками.
proml	Оцінює філогенію за послідовностями амінокислот за допомогою методу максимальної правдоподібності.
promlk	Метод максимальної правдоподібності з молекулярними годинниками для білкових послідовностей.
restml	Оцінка філогенії методом максимальної правдоподібності з використанням інформації про сайти рестрикції (присутність або відсутність індивідуальних сайтів).
dnainvar	Для даних про послідовності нуклеїнової кислоти за чотирма видами, обчислює філогенетичні інваріанти Lake's і Cavender's, які перевіряють альтернативну топологію дерева.
dnadist	Метод відстаней для ДНК, який обраховує по амінокислотних послідовностям 4 різні дистанції між особинами. Відстань потім може бути використано в програмах з матрицями відстаней.
protdist	Оцінка відстані по методу найбільшої правдоподібності.
restdist	Відстані, розраховані за даними про сайти рестрикції або даних про фрагменти рестрикції.
seqboot	Зчитує дані і видає набір даних за допомогою статистичного бутстрепа.
fitch	Метод матриці відстані Fitch-Margoliash. Оцінка філогенії за даними про матрицю відстані за допомогою «моделі сукупного дерева», згідно з якою відстані, як очікується, будуть дорівнювати сумам довжин гілок між видами.
kitsch	Метод матриці відстані Fitch-Margoliash з молекулярними годинниками. Оцінка філогенії за даними про матрицю відстані за допомогою «ультраметричної» моделі, яка збігається з моделлю сукупного дерева, за винятком того, що до уваги прийняті еволюційні годинники.
neighbor	Реалізація методу Neighbor-Joining (методу приєднання сусідів) і методу UPGMA (метод невиваженого попарного угруповання з усередненням).
contml	Оцінює філогенію за даними частоти генів методом максимальної правдоподібності (всі відмінності через дрейф генів під час відсутності нових мутацій). Ця програма також може проводити аналіз методом максимальної правдоподібності ознаки, які еволюціонують як модель броунівського руху, припускаючи, що ознаки еволюціонують з рівною швидкістю.
contrast	Читає дерево з файлу і видає незалежні відмінності для ознак, щоб потім використовувати їх в багатовимірній статистиці.
gendist	Програма генетичних відстаней, яка обраховує по одній з трьох формул генетичних відстаней використовуючи дані про частоту генів.
pars	Невпорядкований метод ощадливості з багатьма станами, який би розглядав окремі ознаки.
mix	Оцінка філогенії деякими методами ощадливості для дискретних ознак з двома станами (0 і 1). Дозволяє використовувати метод ощадливості Вагнера, метод ощадливості Camin-Sokal або їх довільну комбінацію.
penny	Поділ або зв'язування змішаних методів, які знаходять все більшу ощадливість філогенії для даних за окремими ознаками з двома станами, для методу Вагнера, Camin-Sokal, і змішаних критеріїв ощадливості використовується метод гілок-і-меж точного пошуку.
move	Інтерактивне конструювання філогенії від даних за окремими ознаками з двома станами (0 і 1). Оцінює ощадливість і критерії сумісності тієї філогенії і показує відновлені стани по всьому дереву.
dollop	Оцінка філогенії за допомогою Dollo або критеріями ощадливості поліморфізму даних про окремі ознаки з двома станами (0 і 1).
dolpenny	Знаходить усю більшість економної філогенії для даних окремих ознак з двома станами, для Dollo або критеріїв ощадливості поліморфізму, використовується метод гілок-і-меж точного пошуку.
dolmove	Інтерактивне конструювання філогенії за даними по окремій ознаці з двома станами (0 і 1) використовуючи Dollo або критерії ощадливості поліморфізму. Оцінює ощадливість і критерії сумісності філогенії і показує відновлені стани по всьому дереву.
clique	Знаходить найчисленніший пул взаємно сумісних знаків і філогенію, яку вони рекомендують для даних про окрему ознаку з двома станами (0 і 1). Найчисленніша пул (або всі пули в межах даного діапазону найбільшого розміру) знаходяться дуже швидким методом пошуку гілок і зв'язків.
factor	Перекодуюча програма ознаки, яка бере дискретні дані з багатьма станами з ознакою стану дерев і виробляє відповідний набір даних з двома станами (0 і 1).
drawtree	Програма малює не вкорінене дерево подібно до drawgram.
consense	Консенсусна програма дерева, яка обчислює консенсус дерева за допомогою методу majority-rule consensus tree, який також дозволяє легко знаходити строгий консенсус дерева.
treedist	Обчислює Robinson-Foulds симетричні відмінності відстаней між деревами, які допускають відмінності в топології дерева.
retree	Інтерактивна програма перебудови дерева, яка читає в дереві (з довжинами гілок, якщо необхідно) і дозволяє вам переукорінювати дерево, клацати гілками, змінювати імена видів і довжини гілок, і потім виписувати результат. Може використовуватися, щоб конвертувати вкорінені і не вкорінені дерева між собою.

Джерела

Література

• Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.: Felsenstein J. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. J Mol Evol. 1981; 17: 368—376.

Ресурси Інтернету

• http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html [Архівовано 11 січня 2006 у Wayback Machine.]