Ампліфікація міжгенного спейсерного району, що транскрибується

Ампліфіка́ція міжге́нного спе́йсерного райо́ну, що транскрибу́ється (англ. ITS-PCR або ITS-ПЛР) це молекулярно-генетичний метод, що базується на ПЛР і використовується, для ідентифікації мікроорганізмів.

Суть методу

Для ITS-ПЛР аналізу застосовують консервативні праймери до 16S і 23S рибосомальних генів, в результаті чого ампліфікуються послідовності міжгенного спейсера (ITS). ITS райони між 16S і 23S генами рРНК можуть включати кілька генів тРНК і некодуючі ділянки. Вони знаходяться під меншим селективним тиском і тому значно варіабельніші ніж самі послідовності 23S і 16S рРНК генів.

Після реакції ПЛР з універсальними праймерами ідентифікація ізоляту проводиться на основі аналізу числа і довжини ампліфкованих ПЛР-продуктів. Поява більш ніж однієї лінії при аналізі одного бактеріального ізолята може бути результатом наявності різних рДНК варіабельних оперонів. А сама варіація серед оперонів мультиоперонного прокаріотичного геному може досягати значення варіабельності між близькородинними штамами, що є пересторогою для використання ITS аналізу для диференціації і ідентифікації родинних бактеріальних штамів.

Підвищення специфічності цього методу може досягатись за допомогою рестрикційного ферментативного аналізу (REA) ПЛР — ампліфікованих ITS продуктів (RISA) чи їх секвенування, а також поєднанням даного аналізу з RFLP (ITS-RFLP).

Література

1. Borneman J., Triplett E.W. Molecular microbial diversity in soils from eastern Amazonia: evidence for unusual microorganisms and microbial population shifts associated with deforestation// Appl. Environ Microbiol. — 1997. — 63. — p. 2647 — 2653.
2. Cho J-C, Tiedje J. M. Biogeography and degree of endemicity of fluorescent Pseudomonas strains in soil// Appl. Environ Microbiol. — 2000. — 66. — p. 5448 — 5456.
3. Jensen M. A. Webster J. A., Straus N. Rapid identification of bacteria on the basis on polymerase chain reaction-amplified ribosomal DNA spacer polymorphisms// Appl. Environ Microbiol. — 1993. — 59. — p. 945 — 952.
4. Li X. A., De Boer S. H. Selection of polymerase chain reaction primers from an RNA intergenic spacer region for specifis detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedenicus// Phytopathology. — 1995. — 85. — p. 837 — 842.