Село Зеленківка знаходиться на лівому березі річки Коломак, вище за течією на відстані 0,5 км розташоване село Войнівка, нижче за течією на відстані 1,5 км розташоване село Тойбік, на протилежному березі — село Сторожове. Річка в цьому місці звивиста, утворює лимани, стариці та заболочені озера. Поруч проходить автомобільна дорога М03.