Першим з європейців, хто побував на територіях, що нині належать до міста Флоренсія, був іспанський конкістадорЕрнан Перес де Кесада. Офіційно місто було засновано 25 грудня 1902 року ченцем ордена капуцинів, отцем Доротео де Пупіалесом (1876—1959). 1912 року Флоренсії було надано статус муніципії й того ж року відбулись перші вибори до міської ради. 14 березня 1950 року Флоренсія стала адміністративним центром департаменту Какета.
Місто розташовано в північно-західній частині департаменту, в передгір'ях хребта Східна Кордильєра, на лівому березі річки Ача (права притока річки Ортегуаса). За 360 кілометрів на північний схід розташована столиця країни, місто Богота.