Точний час заснування невідомий. Мечеть, що входить до складу ансамблю глинобитних будинків, була побудована за наказом імператора Манса Муса після його повернення з хаджу (близько 1327 року). Головний двір відтворює пропорції Кааби. Про високий стутус цього середньовічного навчального закладу свідчить величезна кількість збережених середньовічних рукописів: їхня кількість оцінюється на кілька сотень тисяч. Після переходу Тімбукту під владу Марокко 1591 року вчених почали переслідувати, багато хто залишив місто, і в Санкоре настав період занепаду.