9 вересня 1941 року, після нападу нацистської Німеччини на Радянський Союз, єврейське населення було повністю знищено Третьою оперативною групою айнзатцгрупи A за участю литовських поліцейських: євреїв зігнали на околицю, вишикували в ряд вздовж спільної могили і розстріляли з кулеметів. Згідно зі звітом начальника Третьої опергрупи Карла Егера, протягом одного дня було вбито 740 євреїв — 67 чоловіків, 370 жінок і 303 дитини[2].
Cohen, Nathan. The Destruction of the Jews of Butrimonys as Described in a Farewell Letter from a Local Jew // Holocaust and Genocide Studies. — 1989. — Vol. 4, № 3. — ISSN 1476-7937.