Хоча в сезоні 2008/09 «Сениця» виступала в 4-ій словацькій лізі, наступний сезон 2009/10 клуб розпочав уже в топ-дивізіоні. Це сталося внаслідок об'єднання клубу із братиславським «Інтером», який за підсумками сезону вийшов у топ-лігу. Новоутворений клуб мав би зберегти назву «Інтер», утім після тривалих дискусій у Виконавчому комітеті Футбольної Асоціації Словаччини було прийнято назву ФК «Сениця».