Від 1998 до 1999 року очолював міністерство освіти Південної Кореї. На тій посаді він реформував систему вступу до коледжів.
У червні 2004 року, за президентства Но Му Хьона, Лі Хе Чхан очолив Уряд Республіки Корея. На початку березня 2006 року він був змушений подати у відставку, головним імпульсом до такого кроку для прем'єр-міністра став страйк працівників залізниці й метрополітену.