Розпочав тренерську кар'єру 1984 року, очоливши тренерський штаб клубу «Мільйонаріос», де пропрацював один рік. Після цього Пінто очолював близько десяти клубів, з якими не зміг домогтися гарних результатів.
2004 року очолив збірну Коста-Рики, якою керував на Кубку Америки в Перу, де костариканці дійшли до чвертьфіналу. Проте вже наступного року Хорхе звільнили і він повернувся в Колумбію, де керував місцевим «Кукута Депортіво». З ним Хорхе вперше в своїй кар'єрі виграв чемпіонат країни.