Ascalaph Designer
Ascalaph Designer — програма молекулярного моделювання загального призначення. Вона дає графічний інтерфейс для консольних програм квантової і класичної механіки Firefly, CP2K s MDynaMix[1] [2], має можливості для конструювання молекулярних моделей, інформаційної оптимізації та молекулярної динаміки. Firefly/PC GAMESS[3][4][5] пропонує низку квантовохімічних методів.
Основні можливості[ред. | ред. код]
- Побудова молекулярної моделі (полімери, наноструктури, білки, нуклеїнові кислоти)
- Силові поля AMBER/OPLS
- Оптимізація конформації
- Молекулярна динаміка
- Квантова хімія
- Гнучка SPC модель води[6]
Область застосування[ред. | ред. код]
- Нуклеїнові кислоти [7]
- Білки
- Моделювання ліпідних мембран[8]
- Поліелектроліти[9]
- Іонні рідини[10][11]
- Термодинамічні властивості рідин[12]
- Розробка молекулярно-механічних силових полів[13]
Примітки[ред. | ред. код]
- ↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures. Computer Physics Communications. 128: 565—589.
- ↑ A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (1998). Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems. Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems. Lecture Notes in Computer Science. Т. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. с. 296—303. doi:10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.
- ↑ Computational Chemistry, David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix A. A.2.3 pg 334, GAMESS
- ↑ M.W. Schmidt та ін. (1993). General Atomic and Molecular Electronic Structure System. J. Comput. Chem. 14: 1347—1363. doi:10.1002/jcc.540141112.
{{cite journal}}: Явне використання «та ін.» у:|author=(довідка) - ↑ M. S. Gordon and M. W. Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later, in Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years, C. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim and G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
- ↑ Toukan K and Rahman A (1985). Molecular-dynamics study of atomic motions in water. Physical Review B. 31: 2643—2648.
- ↑ Y. Cheng, N. Korolev and L. Nordenskiöld (2006). Similarities and differences in interaction of K+ and Na+ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study. Nucleic Acids Research. 34: 686—696.
- ↑ C.-J. Högberg, A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev (2008). Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer. Journal of Computational Chemistry. 29: 2359—2369.
- ↑ A. Vishnyakov and A.V. Neimark (2008). Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study. J. Chem. Phys. 128: 164902.
- ↑ G. Raabe and J. Köhler (2008). Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation. J. Chem. Phys. 128: 154509.
- ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang and W. Wang (2005). Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF4] and acetonitrile by a refined force field. Phys. Chem. Chem. Phys. 7: 2771—2779.
- ↑ T. Kuznetsova and B. Kvamme (2002). Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system. Phys. Chem. Chem. Phys. 4: 937—941.
- ↑ A.M. Nikitin and A.P. Lyubartsev (2007). A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture. J. Comp. Chem. 28: 2020—2026.
Посилання[ред. | ред. код]
- Домашня сторінка [Архівовано 24 лютого 2010 у Wayback Machine.]
 | На цю статтю не посилаються інші статті Вікіпедії. Будь ласка розставте посилання відповідно до прийнятих рекомендацій. |