До іспанського завоювання території сучасного міста заселяв народ, який ті ж іспанці називали чітарерос. Сучасне місто Памлона було засновано 1 листопада 1549 року конкістадорами Педро де Урсуа й Ортуном Веласко де Веласкесом. Памплона отримала свою назву на честь міста Памплони, столиціНаваррського королівство в Іспанії.