Після повномасштабного туру на підтримку попереднього альбому Yield, група зробила невелику перерву, після чого в кінці 1999 року почала роботу над новим альбомом. Під час виробництва альбому група зіткнулася з проблемами, такими як творча криза Едді Веддер а і лікування від наркотичної залежності гітариста Майка Маккріді.
Атмосферна музика, головним чином показує похмуру лірику, яка містить соціальну критику. Binaural став першим альбомом Pearl Jam який не досягне платинового статусу в Сполучених Штатах.
Подібно записи Yield, учасники групи працювали над матеріалом індивідуально перш, ніж почати сесії запису разом. Binaural був першим альбомом починаючи з дебюту групи, яка не продюсував Брендан О'Браєн. Стоун Госсард сказав, що група "відчувала, що прийшов час спробувати щось нове ". Замість цього група найняла виробника Чада Блейка, відомого з використання бінауральної запису. Бінауральний метод запису, полягає в тому, щоб використовувати два мікрофони, щоб створити 3D стереозвук, цей метод використовувався при записі кількох пісень, таких як «Of the Girl». Також це був перший альбом Pearl Jam з барабанщиком Меттом Камероном, який грав з групою ще під час «Yield Tour».
Binaural був записаний в кінці 1999-го і на початку 2000 року в Сієтлі, на «Studio Litho», яка належить гітаристу Стоуну Госсард. Альбом був спочатку мікшуватий на «Sunset Sound Factory» в Лос-Анджелес і, проте, групі не сподобався результат.
