Пекела розташована за адресою 53°6′ пн. ш. 7°0′ сх. д. / 53,100° пн. ш. 7,000° сх. д. на південному сході провінції Гронінген на північному сході Нідерландів. Межує з муніципалітетами:
Олдамбт (на півночі)
Беллінгведде (на сході)
Стадсканаал (на півдні)
Вендам (на заході)
Ментервольде (на північному заході).
Річка Пекель-Аа перетинає муніципалітет з півночі на південь. Основними населеними пунктами муніципалітету є села Бовен Пекела [nl] (Верхня Пекела), Ньове Пекела (Нова Пекела) та Оуде Пекела (Стара Пекела). До складу муніципалітету також входить частина села Алтевер і села Бронсвін і Хоетмансмеер.
Загальна площа муніципалітету становить 50,20 км2 (19,38 кв. миль), з яких 49,04 км2 (18,93 кв. миль) — суша і 1,16 км2 (0,45 кв. миль) — вода.